研究成果

Achievements

当研究室の発表論文は以下を参照下さい.浜田研関係者は太字にしてあります.また学生の発表に関しては☆がついています./ See our published papers as follows, where persons of Hamada Lab. are marked as bold. (The star shows "student").

※ 浜田研では学生の積極的な学会・論文発表を推奨しており,そのためのサポートは可能な限り行っています./ Hamada Lab. encourages students to actively present academic conferences and papers, and provides support as much as possible.

プレプリント / Preprints:

  1. Morteza et al. (in revision)

  2. Zhang & Hamada (in revision)

  3. Fukunaga & Hamada, Fast RNA-RNA interaction prediction methods for interaction analysis of transcriptome-scale large datasets. Methods in Molecular Biology (invited review)

  4. Onoguchi et al (in preparation)

  5. Hamaguchi et al. (in preparation)

  6. Iuchi et al. (in preparation)

  7. Zeng et al. (in preparation)

  8. Takahashi et al. (in preparation)

2020年

学術論文 / Journal papers

  1. Taro Matsutani, Michiaki Hamada*, Parallelized latent Dirichlet allocation provides a novel interpretability of mutation signatures in cancer genomes, Genes, 2020 (in press)

  2. Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada*, PBSIM2: a simulator for long read sequencers with a novel generative model of quality scores, Bioinformatics (in press)

  3. Shun Sakuraba, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Tomoshi Kameda, Genichiro Tsuji, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Kiyoshi Asai*, Nearest-neighbor parameter for inosine-cytosine pairs through a combined experimental and computational approach, Journal of Chemical Theory and Computation, in press [BioRxiv]

  4. Chao Zeng*, Michiaki Hamada*, RNA-seq analysis reveals localization-associated alternative splicing across 13 cell lines, Genes, 2020 in press

  5. ☆Hosoda S, Nishijima S, Fukunaga T, Hattori M, Hamada M.*, Revealing microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation, Microbiome . 2020 Jun 23;8(1):95. doi: 10.1186/s40168-020-00864-3. [Biorxiv]

  6. ☆Ishida, Ryoga; Adachi, Tatsuo; ☆Yokota, Aya; Yoshihara, Hidehito; Aoki, Kazuteru; Nakamura, Yoshikazu; Hamada, Michiaki*, RaptRanker: in silico RNA aptamer selection from HT-SELEX experiment based on local sequence and structure information, Nucleic Acids Res. 2020 Jun 15:gkaa484. doi: 10.1093/nar/gkaa484.

  7. Yiqian Zhang and Michiaki Hamada*, MoAIMS: Efficient Software for Detection of Enriched Regions of MeRIP-Seq, BMC Bioinformatics. 2020 Mar 14;21(1):103. doi: 10.1186/s12859-020-3430-0.

  8. Chao Zeng, Michiaki Hamada*, Detection and characterization of ribosome-associated lncRNA, Methods in Molecular Biology [URL] (in press)

  9. Risa Fujita#, Tatsuro Yamamoto#, Yasuhiro Arimura, Saori Fujiwara, Hiroaki Tachiwana, Yuichi Ichikawa, Yuka Sakata, Liying Yang, Reo Maruyama, Michiaki Hamada, Mitsuyoshi Nakao, Noriko Saitoh* and Hitoshi Kurumizaka*, Nucleosome destabilization by nuclear-RNA, Commun Biol. 2020 Feb 11;3(1):60. doi: 10.1038/s42003-020-0784-9.

  10. Chawnshang Chang, Hangchuan Shi, Yin Sun, Miao He, Xiong Yang, Michiaki Hamada, Tsukasa Fukunaga, and Xiaoping Zhang, Targeting the TR4 nuclear receptor-mediated lncTASR/AXL signaling with Tretinoin increases the Sunitinib sensitivity to better suppress the RCC progression, Oncogene. 2020 Jan;39(3):530-545. doi: 10.1038/s41388-019-0962-8. Epub 2019 Sep 9.

招待講演・依頼講演

  1. 浜田道昭,核酸医薬品開発に向けたバイオインフォマティクス技術,第15回理研「バイオものづくり」シンポジウム,理化学研究所,オンライン

  2. 浜田道昭,AIアプタマー創薬の実現に向けた情報技術,NVIDIA GPU Technology Conference (GTC), 2020年10月5日ー9日,オンライン

  3. 浜田道昭,AIアプタマー創薬プロジェクト,CREST「人工知能」領域 第3回 成果展開シンポジウム,2020年9月23日,オンライン

  4. 浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明に向けたバイオインフォマティクス,ゲノム創薬・創発フォーラム 第 3 回シンポジウム (主要テーマ:RNA関連の基礎研究とその創薬応用), 2020 年 2 月 3 日 (月) 13:00 – 18:00,東京大学医科学研究所附属病院 A棟8階 トミーホール

研究発表 / Presentations

  1. Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada, Bioinformatic approaches for understanding RNA reincarnation,第43回分子生物学会,口頭発表

  2. 髙橋聡、野呂林太郎、吉川明子、中道真仁、菅野哲平、松本優、武内進、平尾真季子、松田久仁子、Chao Zeng浜田道昭、久保田馨、清家正博、弦間昭彦, ドライバー遺伝子異常肺癌の薬剤耐性機序における長鎖ノンコーディングRNAの意義/Significance of long non-coding RNA associated with drug resistance in lung cancer with driver mutation, 第60回日本呼吸器学会学術講演会, 2020/9/20~22, 神戸コンベンションセンター

  3. Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, PBSIM2: simulator for long read sequencers with a novel generative model of quality scores, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日(口頭発表)

  4. Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori, Michiaki Hamada, Revealing the microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日(ハイライトトラック)

  5. Saki Amatsu, Wataru Okada, Yu Hamaguchi, Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose, Michiaki Hamada, in silico解析によるarchitectural RNA共通特徴の発見, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日

  6. Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada, 脳における細胞種特異的なDNA制御領域としての転移因子の役割, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日

  7. Natsuki Iwano, Michiaki Hamada, 変分オートエンコーダとベイズ最適化を用いたアプタマー配列の選択, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日

  8. 岩野夏樹, 浜田道昭, 結合性試験を行うアプタマー候補配列の効率的な選択, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(口頭発表)

  9. 関根光太郎, 小野口真広, 浜田道昭, 脳における細胞種特異的なDNA制御領域としての転移因子の役割, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(口頭発表)

  10. 天津早貴, 岡田航, 浜口悠, 曽超, 小野口真広, 中條岳志, 廣瀬哲郎, 浜田道昭, in silico解析によるarchitectural RNA共通特徴の発見, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  11. 久保顕登, 福永津嵩, 浜田道昭, E-value計算を行う, 構造を考慮したRNA相同性検索ツールの開発, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  12. 武田淳志, 今津裕太, 野中大輔, 福永津嵩, 浜田道昭, Ab initioな反復配列の検出法による未知の反復配列の発見, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  13. 野崎安利紗, 小野口真広, 浜田道昭, エンハンサーRNAの機能解明に向けたRNA結合タンパク質との相互作用解析, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  14. 横山源太朗, 細田至温, 福永津嵩, 浜田道昭, 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  15. ⼤沼友樹, ⽚⼭研太, 浜⽥道昭, 佐藤政充, バイオイ ンフォマティクスに基づく機能性non-coding RNAの探索, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  16. Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, The role of transposons as cell type-specific regulatory DNA elements in the brain, 第43回日本神経科学大会, オンライン開催, 2020年7月29日〜31日

  17. Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, Identification of m6A-associated RNA binding proteins using an integrative computational framework, 2020/7/14, Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) Conference 2020, オンライン開催

  18. Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, The Jonckheere-Terpstra-Kendall based nonparametric algorithm to detect differentially expressed genes in time-series omics data, 2020/2/18~21, 8th Annual Winter q-bio conference, HI, US

  19. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Deciphering the effects of alternative splicing on RNA subcellular localization, Noncoding RNAs: Mechanism, Function and Therapies, 2020/1/12~16, Fairmont Chateau Whistler, Whistler, British Columbia, Canada

  20. Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada, Analysis and estimation of functional domains of lncRNAs using eCLIP data, Noncoding RNAs: Mechanism, Function and Therapies, 2020/1/12~16, Fairmont Chateau Whistler, Whistler, British Columbia, Canada

2019年

学術論文 / Journal papers

  1. ☆Taro Matsutani, ☆Yuki Ueno, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada*, Discovering novel mutation signatures by latent Dirichlet allocation with variational Bayes inference, Bioinformatics. 2019 Nov 1;35(22):4543-4552. doi: 10.1093/bioinformatics/btz266.

  2. Yuko Matsumura, Yasuhiko Ito, Yoshihiro Mezawa, Kaidiliayi Sulidan, Yataro Daigo, Toru Hiraga, Kaoru Mogushi, Nadila Wali, Urszula Polanska, Hiromu Suzuki, Takumi Itoh, Yohei Miyagi, Tomoyuki Yokose, Satoru Shimizu, Atsushi Takano, Yasuhisa Terao, Harumi Saeki, Masayuki Ozawa, Masaaki Abe, Satoru Takeda, Ko Okumura, Sonoko Habu, O Hino, Kazuyoshi Takeda, Michiaki Hamada, and Akira Orimo, Stromal fibroblasts induce metastatic tumor cell clusters via epithelial-mesenchymal plasticity, Life Sci Alliance. 2019 Jul 22;2(4). pii: e201900425. doi: 10.26508/lsa.201900425. Print 2019 Aug.

  3. ☆Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, and Michiaki Hamada*, Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data, IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2019 Sep-Oct;16(5):1645-1655. doi: 10.1109/TCBB.2018.2813388. Epub 2018 Mar 12.

  4. Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada*, LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data, Front Genet. 2019 May 28;10:462. doi: 10.3389/fgene.2019.00462. eCollection 2019.

  5. Tani H, Matsutani T, Aoki H, Nakamura K, Hamaguchi Y, Nakazato T, Hamada M., Identification of RNA biomarkers for chemical safety screening in neural cells derived from mouse embryonic stem cells using RNA deep sequencing analysis. Biochem Biophys Res Commun. 2019 May 14;512(4):641-646. doi: 10.1016/j.bbrc.2018.11.141. Epub 2018 Nov 26.

招待講演

  1. 浜田道昭,⻑鎖ノンコーディングRNAの 機能の解明に向けた バイオインフォマティクス技術【招待講演】,2019年度 RNAフロンティアミーティング,2019年9⽉24⽇ IBM 天城ホームステッド

  2. 浜田道昭, RNAバイオインフォマティクス:技術開発と応用,2019年度 第1回 核酸を標的とした低分子創薬研究会, 大阪大学 産業科学研究所 ,2019年8月6日(招待講演)

研究発表 / Presentations

  1. 曽超、浜田道昭, リボソームプロファイリングデータのin silico解析:事例紹介/In silico analysis of ribosome profiling data: case studies, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

  2. 韓晗, 山田俊理, 曽超, 浜田道昭, 鈴木穣, 秋光信佳, Role of MTR4, an RNA Decay Factor, in Nuclear mRNA Quality Control/RNA分解因子MTR4が核内mRNA品質管理に果たす役割の解明, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

  3. 浜口悠, 曽超, 浜田道昭, 長鎖非コードRNA研究におけるRNA-seq解析パイプラインの評価/Assessment of RNA-seq analysis pipelines for lncRNAs , 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

  4. 小野口真広、曽超、☆松丸綾子、浜田道昭, 転写産物中に存在する反復配列に結合するRNA結合タンパク質の解析 /Analysis of RNA binding proteins associated with repeat-derived RNAs, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

  5. Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Yu Hamaguchi, Michiaki Hamada, Detecting differentially expressed genomic regions from RNA-seq/RNA-seqデータより発現変動ゲノム領域の検出手法, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  6. 小野口真広、曽超、松丸綾子、浜田道昭, eCLIPデータを用いた機能性RNA反復配列の推定/Estimation of functional repeat-derived RNAs using eCLIP data, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  7. 若林佑太郎、寺内由希、石川公輔、曽超、小林雄太、浜田道昭、渡辺慎哉、仙波憲太郎, 小胞体ストレスに誘導されるlncESITに関する発現・機能解析/Expression and Function Analyses of lncESIT Induced by Endoplasmic Reticulum Stress, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  8. ☆深見 匠浜田 道昭, アフィンギャップを考慮した安全な個人ゲノム比較, 2019/12/3, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  9. ☆石田 遼我、安達 健朗、横田 彩、青木 一晃、浜田 道昭, HT-SELEXデータを用いた高結合親和性RNAアプタマー同, 2019/12/3, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  10. ☆Yiqian Zhang浜田 道昭, Developing efficient software for detection of enriched regions of MeRIP-Seq, 2019/12/4, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  11. ☆宮原 雅人浜田 道昭, IRMの階層化とがん解析への応用, 2019/12/5, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  12. ☆望月 万里名浜田 道昭, FICを用いたメタゲノムのビニング, 2019/12/5, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  13. 岩野 夏樹,浜⽥ 道昭,グラフニューラルネットワークを利用したSELEXデータからの結合性配列抽出,第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm

  14. 鈴木 ゆりあ曽 超, 浜⽥ 道昭,二次構造を考慮したCRISPR/Cas13 crRNAのデザインツール開発,第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm

  15. 細田 至温浜⽥ 道昭,MPPCAによるヒト腸内細菌叢の局所低次元構造の推定,第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm

  16. Tatsuo Adachi, Ryoga Ishida, Aya Yokota, Kazuteru Aoki, Yoshikazu Nakamura, Michiaki Hamada, A novel in silico approach for RNA aptamer identification from High Throughput SELEX data, FEBS 2019 (Biosystem Design: Computational and Experimental Approaches), 29 September - 7 October 2019 │ Spetses Island, Greece

  17. 韓晗, 山田俊理, 曽超, 浜田道昭, 鈴木穣, 秋光信佳, Role of MTR4, an RNA Degradation Factor, in Nuclear mRNA Quality Control (RNA分解因子MTR4が核内のmRNA品質管理に果たす役割の解明), RNA Frontier Meeting 2019, 2019/9/24~26, 静岡県伊豆市(IBM天城ホームステッド)

  18. 浜口 悠,曽 超,浜田 道昭,lncRNA研究におけるRNA-seq解析手法の評価,2019年度 RNAフロンティアミーティング,2019年9⽉24⽇ IBM 天城ホームステッド

  19. 吉次 なぎ浜田道昭,慢性炎症に関与するlncRNAの網羅的探索と機能推定,2019年度 RNAフロンティアミーティング,2019年9⽉24⽇ IBM 天城ホームステッド

  20. 折茂 彰 、伊藤 恭彦 、目澤 義弘 、醍醐 弥太郎 、樋野 興夫 、竹田 和由 、浜田 道昭 、松村 優子 , 癌関連線維芽細胞による中間型上皮間葉移行を呈した高転移性の乳癌 細胞クラスター形成, 第78回日本癌学会学術総会,2019年9月26日〜28日,国立京都国際会館

  21. ⽯⽥ 遼我,安達 健朗,☆横⽥ 彩,⻘⽊ ⼀晃,浜⽥ 道昭,HT-SELEX データを⽤いた⾼結合親和性 RNA アプタマー同定,第8回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2019), 東京工業大学,2019年9月9日〜11日

  22. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Identification and characterisation of ribosome-associated lncRNAs in human and mouse, RNA Informatics 2019 Wellcome Genome Campus Conference Centre, Hinxton, Cambridge 9 – 11 September

  23. 松谷太郎,浜田道昭,ベイズモデリングを用いた有効エピスタシス数の推定,日本育種学会 第136回講演会,近畿大学,2019年9月6日〜7日

  24. 望月万里名,FICを用いたメタゲノムのビニング,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  25. 関根光太郎,転移因子由来遺伝子調節領域に基づくニューロンサブタイプの再検討,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  26. 鈴木ゆりあ,二次構造を考慮したCRISPR/Cas13crRNAのデザインツール開発,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  27. 野崎安利紗,エンハンサーRNAの特徴抽出による機能解明,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  28. 今津裕太,Ab initioな反復配列の検出法による未知の反復配列の発見,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  29. 馬碩,Prediction,of interactions between long non coding RNA and chromatin,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  30. Yiqian Zhang,Developing an efficient software for MeRIP-Seq signal detection,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  31. 松谷太郎,機械学習と育種,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  32. 白鳥哲嗣,隠れ状態を含むモデルの情報量基準,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  33. 宮原雅人,木構造棒折り過程によるIRMの階層化,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  34. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Differentially Expressed Genomic REgion Estimation (DEGREE) for RNA-seq data, 先進ゲノム支援班会議, 2019/8/27-28, 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト/千葉

  35. 浜口悠, 曽超, 浜田道昭, lncRNA研究における転写産物レベルでのRNA-seq解析手法の評価, 先進ゲノム支援班会議, 2019/8/27-28, 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト/千葉

  36. ☆Taro Matsutani, Michiaki Hamada, Hierarchical LDA reveals reasonable profiles of mutation signatures in cancer genomes, ISMB/ECCB 2019, 2019/7/24, Congress Center Basel, Switzerland.

  37. ☆Shion Hosoda, Michiaki Hamada, Estimation of microbe viability from human oral to gut, ISMB/ECCB 2019, 2019/7/24, Congress Center Basel, Switzerland.

  38. ☆天津 早貴,☆岡⽥ 航 ,浜⼝ 悠,曽 超,⼩野⼝ 真広,中條 岳志,廣瀬 哲郎,浜⽥ 道昭,architectural RNA 配列の特徴抽出,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日

  39. ☆⽯⽥ 遼我,安達 健朗,☆横⽥ 彩,⻘⽊ ⼀晃,浜⽥ 道昭,HT-SELEX データを⽤いた⾼結合親和性 RNA アプタマー同定,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日

  40. ☆岩野 夏樹,浜⽥ 道昭,グラフニューラルネットワークを利⽤した SELEX データからの結合性配列抽出,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日

  41. 浜⼝ 悠,曽 超,浜⽥ 道昭,lncRNA 研究における RNA-seq 解析パイプラインの評価,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日

  42. 曽 超,浜⽥ 道昭,選択的スプライシングが RNA の細胞内局在に与える影響のゲノムワイド解析,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日

  43. 浜田道昭, 人工知能技術を用いた革新的アプタマー創薬システムの開発,JST CREST「人工知能」研究領域 成果展開シンポジウム 第2回,2019年6月24日(月)

  44. 細田至温浜田道昭,口内及び腸内細菌メタゲノムの確率モデリング,第123回MPS・第58回BIO合同研究発表会,沖縄科学技術大学院大学 (OIST),2019年6月19日

  45. 浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明を目指したバイオインフォマティクス技術,第6回 東京女子医科大学・早稲田大学 研究交流セミナー,2019/02/22,東京女子医科大学・早稲田大学連携 先端生命医科学研究教育施設

  46. Junichi Iwakiri, Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Computational analysis pipeline for recent RNA-seq methods involving induced-substitutions, Frontiers of genome science 2019, 2019/01/09-10

  47. ☆Shion Hosoda and Michiaki Hamada, A new model for predicting metagenomic functional profile from 16S rRNA gene amplicon sequencing data, The 17th Asia Pacific BioinformaticsConference, January 14-16, 2019 | Wuhan , China

  48. ☆深見匠, 浜田道昭, セキュアな個人ゲノム類似度計算, 2019年 暗号と情報セキュリティシンポジウム,2019年1月22日〜25日,びわ湖大津プリンスホテル

2018年

書籍 / Books

  1. 藤 博幸(編集), 岩部 直之(著), 川端 猛(著), 浜田 道昭(著), 門田 幸二(著), 須山 幹太(著), 光山 統泰(著), 黒川 顕(著), 森 宙史(著), 東 光一(著), 吉沢 明康(著), 片山 俊明(著), よくわかるバイオインフォマティクス入門(KS生命科学専門書), 講談社 (2018)

学術論文 / Journal Papers

  1. Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada*, Computational approaches for alternative and transient secondary structures of ribonucleic acids, Brief Funct Genomics. 2018 Jun 20;18(3):182-191. doi: 10.1093/bfgp/ely042. Review.

  2. Chao Zeng and Michiaki Hamada, Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA, BMC Genomics. 2018 Dec 31;19(Suppl 10):906. doi: 10.1186/s12864-018-5275-8.

  3. Yiqian Zhang and Michiaki Hamada*, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization of m6A-containing Sequences using Deep Learning, BMC Bioinformatics. 2018 Dec 31;19(Suppl 19):524. doi: 10.1186/s12859-018-2516-4.

  4. Tsukasa Fukunaga*, Michiaki Hamada*, A novel method for assessing the statistical significance of RNA-RNA interactions between two long RNAs, J Comput Biol. 2018 Sep;25(9):976-986. doi: 10.1089/cmb.2017.0260. Epub 2018 Jul 2.

  5. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Identification and analysis of ribosome-associated lncRNAs using ribosome profiling data, BMC Genomics. 2018 May 29;19(1):414. doi: 10.1186/s12864-018-4765-z.

  6. ☆Taikai Takeda and Michiaki Hamada*, Beyond similarity assessment: Selecting the optimal model for sequence alignment via the Factorized Asymptotic Bayesian algorithm, Bioinformatics. 2018 Feb 15;34(4):576-584. doi: 10.1093/bioinformatics/btx643

  7. Michiaki Hamada*, In silico approaches to RNA aptamer design, Biochimie. 2018 Feb;145:8-14. doi: 10.1016/j.biochi.2017.10.005.

  8. Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada*, Identification of transposable elements contributing to tissue-specific expression of long non-coding RNAs, Genes (Basel). 2018 Jan 9;9(1). pii: E23. doi: 10.3390/genes9010023

研究発表 / Research presentations

  1. 浜口 悠曽超浜田道昭,シュミレーションデータを用いた転写産物レベルでのRNA-seq解析手法の評価(Evaluation of RNA-seq analysis methods at transcript level using simulation data),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日

  2. 曽超浜田道昭,オミックスデータのDry解析 (Computational analyses for omics data),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日

  3. 曽超浜田道昭,選択的スプライシングがRNAの局在に与える影響に関する研究 (Study on the effects of alternative splicing on RNA localization),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日

  4. 片山 研太、浜田 道昭、佐藤 政充 機能性non-coding RNAの二次構造に基づく探索, 第41回日本分子生物学会年会@横浜

  5. 宮原 雅人, 木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  6. 細田 至温, 階層ベイズモデルによるメタ16S菌種組成情報を用いたメタゲノム遺伝子プロファイル予測, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  7. 天津 早貴, architectural RNA配列の特徴抽出, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  8. 岩野 夏樹, ディープラーニングを用いたSELEX法の解釈と可視化, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  9. Chao Zeng and Michiaki Hamada, Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA, BMC Genomics track, GIW 2018, December 3-5, 2018 in Kunming, China.

  10. ☆Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization of m6A-containing Sequences using Deep Learning, BMC Bioinformatics track, GIW 2018, December 3-5, 2018 in Kunming, China.

  11. 松谷 太郎,浜田 道昭,VB-LDAを用いた癌ゲノムにおける変異シグネチャー解析,第77回日本癌学会学術総会, 大阪,2018年9月27日〜29日

  12. 折茂 彰,伊藤 恭彦,目澤 義弘,Kadiliavi Sulidan,醍醐 太郎,Nadila Wali,樋野 興夫,竹田 和由,浜田 道昭,松村 優子,癌内線維芽細胞は中間型上皮間葉移行を呈した高転移性の乳癌細胞クラスター形成を誘導する,第77回日本癌学会学術総会, 大阪,2018年9月27日〜29日

  13. ☆島田 剛志 and 浜田 道昭 , 代謝ネットワーク再構築による海洋微生物群集の共生関係解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  14. ☆松丸 綾子 and 浜田 道昭 , eCLIPデータを用いたRNA結合タンパク質と転移因子の結合特異性解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  15. 木場 研吾 and 浜田 道昭 , Coupled HMMを用いたクロマチン状態の推定と機能解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  16. ☆Shotaro Hayakawa, Mako Okabe, Keiichi Hirono and Michiaki Hamada, トランスクリプトーム解析による川崎病に関与する長鎖ノンコーディングRNAの探索および機能解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  17. ☆深見 匠 and 浜田 道昭, 秘密分散を用いた安全な編集距離計算, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  18. ☆細田 至温 , 西嶋 傑 , 福永 津嵩 , 服部 正平 and 浜田 道昭 細菌群及び遺伝子群に基づいたヒト腸内細菌叢解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  19. ☆太郎 松谷 and 浜田 道昭 VPYLMを用いた、がんゲノム突然変異の文脈探索, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  20. Chao Zeng and Michiaki Hamada A comprehensive analysis of the effects of alternative splicing on RNA localization in human, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  21. ☆宮原 雅人 and 浜田 道昭 木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  22. ☆松谷太郎「VPYLMを用いた癌ゲノム突然変異の変異文脈探索」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  23. ☆宮原雅人「木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  24. ☆細田至温「LDAによる腸内細菌遺伝子の共起関係の推定」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  25. ☆石田 遼我「HT-SELEXデータからの高結合親和性アプタマー同定」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  26. ☆早川翔大郎「トランスクリプトーム解析による川崎病に関与する長鎖ノンコーディングRNAの探索および機能解析」

  27. ☆天津早貴「architectural RNA配列の特徴抽出と生物学的意義の解明」 ,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  28. ☆岩野夏樹「ディープラーニングを用いたSELEX実験結果の特徴抽出」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  29. 曽 超福永 津嵩浜田 道昭,リボソームプロファイリングデータを用いたリボソーム関連する長鎖 ノンコーディング RNA の同定と解析,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  30. 丸山 基世 、坂井 敦 、福永津嵩浜田道昭 、岡田尚巳 , 鈴木秀典,神経障害性疼痛及び軸索再生に対する Neat1 の関与,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  31. 岩切 淳一,フリス マーティン,浜田 道昭,浅井 潔,先進的 RNA-seq のデータ解析を改善するマッピングパラメータ学習,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  32. ☆Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization Sequences using Deep Neural Networks,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  33. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Alternative splicing determines subcellular localization of RNAs: a hypothesis,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  34. ☆Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, Prediction and Characterization of m6A-contained Sequences using Deep Neural Network, バイオ情報学研究会(IPSJ-BIO), 2018年6月15日@沖縄(OIST)

  35. Anju Pratap and Michiaki Hamada, SCAST:A cost effective diagnostic framework based on cancer associated significant transcript screening, AIST-RIKEN Joint Exchange Meeting for Computational Biology, Odaiba, Japan, March 2nd 2018 [poster]

  36. ☆Takafumi Chishima and Michiaki Hamada, Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  37. ☆Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada, Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  38. Anju Pratap and Michiaki Hamada, SCAST:Acosteffectivediagnosticframeworkbasedoncancerassociatedsignificanttranscriptscreening, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  39. ☆Taro Matsutani, ☆Yuki Ueno, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Learning mutation signatures of indels by Latent Dirichlet Allocation with Variational Bayes inference, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  40. 福永津嵩、岩切淳一、小野幸輝、浜田道昭、lncRRIdb: ヒトlncRNA-RNA相互作用データベース、先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]

  41. ☆Takafumi Chishima and Michiaki Hamada, Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs,先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]

  42. ☆Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada, Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation、先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]

2017年

受賞 / Awards

  1. ☆細田 至温、生命情報科学若手の会 第9回研究会 若手奨励賞

  2. 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017)研究奨励賞(M2の千島君が筆頭):O1-4 ☆Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada Identification of Transposable Elements which contribute to tissue specific expression of lncRNAs

  3. 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017)研究奨励賞(CBBD-OILの曽さんが筆頭):O2-2 Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada Integrative analysis of multiple ribosome profiling datasets reveals widespread lncRNA-ribosome interaction in mammals

  4. 浜田道昭、平成29年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞、2017年4月

学術論文 / Journal Papers

  1. Junichi Iwakiri*, Goro Terai, Michiaki Hamada, Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue specificity in human transcriptome, Biol Direct. 2017 Jun 8;12(1):15. doi: 10.1186/s13062-017-0183-4.

  2. Tsukasa Fukunaga* and Michiaki Hamada*, RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interaction analysis, Bioinformatics. 2017 Sep 1;33(17):2666-2674. doi: 10.1093/bioinformatics/btx287.

  3. Michiaki Hamada*, Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Martin C. Frith*, Training alignment parameters for arbitrary sequencers with last-train, Bioinformatics. 2017 Mar 15;33(6):926-928. doi: 10.1093/bioinformatics/btw742.

  4. Kotaro Ishii, Yusuke Kazama, Tomonari Hirano, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Mieko Yamada, Tomoko Abe, AMAP: A pipeline for whole-genome mutation detection in Arabidopsis thaliana, Genes & Genetic Systems (2017) Mar 17;91(4):229-233. doi: 10.1266/ggs.15-00078.

招待講演

  1. 浜田道昭,長鎖ノンコーディング RNA の機能の解明に向けた バイオインフォマティクス技術, EWE 三月会 11 月例会,日比谷市政会館,2017 年 11 月 20 日 [招待講演]

  2. 浜田道昭,生命情報科学と私,第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日 [招待講演]

対外発表 / Research Presentations

  1. 藤田 理紗、有村 泰宏、山本 達郎、浜田 道昭、斉藤 典子、胡桃坂 仁志、非コードRNA Eleanorはヌクレオソーム中のヒストンの交換を促進する、 2017年度生命科学系学会合同年次大会、2017年12月6日(水)〜9日(土)、神戸

  2. 片山 研太、田頭 将喜、浜田 道昭、佐藤 政充、non-coding RNAの二次構造による網羅的分類、 2017年度生命科学系学会合同年次大会、2017年12月6日(水)〜9日(土)、神戸

  3. ☆Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data, The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017, Seoul | Korea OCT 31 (Tue) - NOV 3 (Fri), 2017 [oral, reviewd]

  4. ☆松谷太郎, 浜田道昭, 因子化情報量基準を用いた LDA のモデル選択, 第 20 回情報論的学習理論ワーク ショップ, 2017.11.8~11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック]

  5. ☆細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, Latent Dirichlet Allocation を用いた腸内細菌叢 のコミュニティ解析, 第 20 回情報論的学習理論ワークショップ, 2017.11.8~11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック]

  6. 石川 詩苑(早稲田大学),田中 史子(早稲田大学),川上 泰雄(早稲田大学), 浜田 道昭(早稲田大学), ベイジアンネットワークによる生活習慣データの因果推論と特定項目の改善の提案, 第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日

  7. ☆Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Identification of Transposable Elements which contribute to tissue specific expression of lncRNAs, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, 口頭発表(札幌)

  8. ☆Mei Takeda, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Estimation of mapping parameters for PAR-CLIP data using LAST-TRAIN, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)

  9. ☆Yuta Arizono, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Classification of Chromatin States with Hierarchical Hidden Markov Model, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)

  10. ☆Wataru Okada, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose and Michiaki Hamada, Selection of novel arcRNA candidates from RNA-seq data and search for common local secondary structure motifs, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)

  11. ☆Yuki Takeda and Michiaki Hamada, Analysis of histone modifications using latent feature models, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)

  12. ☆Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Privacy-preserving profile HMM using homomorphic encrypt system toward secure genome analysis, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)

  13. ☆Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, Prediction of mRNA m6A sites in the mammalian genome, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)

  14. ☆松谷 太郎「トピックモデルを用いたがんゲノムの変異シグネチャー解析」 東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ロングトーク)

  15. ☆千島 崇史「lncRNAの組織特異的な発現に関与するTransposable Elementの同定」 東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ロングトーク)

  16. ☆武田 悠希「隠れ特徴モデル(LFM)によるヒストン修飾解析」東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ロングトーク)

  17. ☆石川 詩苑「生活習慣データを学習したベイジアンネットワークによる内臓脂肪型肥満の改善方法の提案」 東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ライトニングトーク)

  18. ☆宮原 雅人「無限木構造隠れMarkovモデルの生命情報解析への適用」 東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ライトニングトーク)

  19. ☆Zhang Yiqian「Prediction of mRNA N6-Methyladenosine(m6A) in mammalian genome」東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ライトニングトーク)

  20. ☆千島 崇史、岩切 淳一、浜田 道昭、lncRNA の組織特異的な発現に関与する Transposable Element の同定、第19回日本RNA学会(富山)、2017/07/19

  21. ☆松谷 太郎、宇恵野 雄貴、福永 津嵩、浜田 道昭.トピックモデルを用いた、がんゲノムの変異シグネチャー解析、SIGBIO(沖縄)

  22. ☆細田 至温、西嶋 傑、福永 津嵩、服部 正平、浜田 道昭.トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析 第五回NGS現場の会(仙台) 2017/05

  23. ☆松谷 太郎宇恵野 雄貴福永 津嵩浜田 道昭.トピックモデルを用いた、がんゲノムの変異シグネチャー解析 第五回NGS現場の会(仙台) 2017/05

  24. ☆細田至温、西嶋傑、福永津嵩、服部正平、浜田道昭、トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析、第11回日本ゲノム微生物学会年会、横浜、2017年3月4日

2016年(受賞2件、論文4件、研究発表17件)

受賞 / Awards

  1. 第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2016)ポスター賞:☆Ibuki Mishina and Michiaki Hamada. Implementation and evaluation of privacy-preserving HMM using homomorphic encryption toward disease risk estimation.

  2. 第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2016)ポスター賞:☆Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. RIblast: A high-speed RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interactome analysis.

学術論文 / Journal Papers

  1. Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, Improved accuracy in RNA-protein rigid body docking by incorporating force field for molecular dynamics simulation into the scoring function, J. Chem. Theory Comput. (2016), 12 (9), pp 4688–4697. DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00254. Publication Date (Web): August 5, 2016.

  2. Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai, Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences, Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W302-7. doi: 10.1093/nar/gkw337. Epub 2016 Apr 29.

  3. Goro Terai#, Junichi Iwakiri#, Tomoshi Kameda, Michiaki Hamada*, Kiyoshi Asai*, Comprehensive prediction of lncRNA–RNA interactions in human transcriptome, BMC Genomics. 2016 Jan 11;17 Suppl 1:12. doi: 10.1186/s12864-015-2307-5.

  4. Junichi Iwakiri#, Michiaki Hamada#, Kiyoshi Asai*, Bioinformatics tools for lncRNA research, Biochim Biophys Acta. 2016 Jan;1859(1):23-30. doi: 10.1016/j.bbagrm.2015.07.014. Epub 2015 Aug 10.

研究発表 / Research Presentations

  1. ☆宇恵野 雄貴、浜田 道昭、がんゲノムデータからのMutation Signaturesモデルの探索、第39回日本分子生物学会年会、横浜、2016年12月1日

  2. 藤田 理紗、有村 泰宏、浜田 道昭、斉藤 典子、胡桃坂 仁志、非コードRNAがクロマチンに与える影響の生化学的解析、第39回日本分子生物学会年会、横浜、2016年12月1日

  3. ☆Taikai Takeda, Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Models using Factorized Information Criterion, 第19回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2016), 2016.11.16~19 (京都大学 吉田キャンパス)

  4. ☆宇惠野雄貴,浜田道昭『がんゲノムデータからのMutation Signaturesモデルの探索』,生命情報科学若手の会 第8回研究会,2016 年 10 月 12 日〜 14 日(北海道伊達市大滝セミナーハウス)

  5. ☆Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Transposable element (TE) derived sequences in human lncRNAs, 第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  6. ☆Taikai Takeda and Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Model, IIBMP2016, Tokyo.

  7. ☆Yuki Ueno and Michiaki Hamda, Model selection for mutation signature, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  8. ☆Shimpei Nishida, Shun Sakuraba and Michiaki Hamada, Estimation of RNA free-energy parameters for Watson-Crick stacked base-pairs using both computational and experimental approaches, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  9. ☆Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 16S rRNA-based metagenomic analysis using Latent Dirichlet Allocation, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  10. ☆Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Implementation and evaluation of privacy-preserving HMM using homomorphic encryption toward disease risk estimation, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  11. ☆三品気吹・浜田道昭, 疾患リスクの評価へ向けた加法準同型性暗号によるプライバシー保護HMMの実装と評価, 第108回MPS・第46回BIO合同研究発表会, 2016年7月, 沖縄(口頭発表)

  12. ☆Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Search of the sequences common in human lncRNAs, RNA2016, Kyoto, Japan.

  13. ☆Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai, Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences, RNA2016, Kyoto, Japan.

  14. Junichi Iwakiri, Goro Terai, Michiaki Hamada, Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue-specificity of human transcripts, RNA2016, Kyoto, Japan.

  15. Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, Improved accuracy in RNA-protein rigid body docking by incorporating force eld for molecular dynamics simulation into the scoring function, RNA2016, Kyoto, Japan

  16. ☆Wataru Okada, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Investigation of evolutionarily conserved NEAT1-NEAT1 interactions, RNA2016, Kyoto, Japan.

  17. Michiaki Hamada, Comprehensive Prediction of lncRNA-RNA Interactions in Human Transcriptome, The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2016), San Francisco Bay Area, United States, Jan 11th-13th, 2016.

2015年(論文3件、研究発表11件)

学術論文

  1. Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Nuttapong Attrapadung, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai, Privacy-preserving search for chemical compound databases, BMC Bioinformatics (2015)16 Suppl 18:S6.

  2. Michiaki Hamada*, Yukiteru Ono, Ryohei Fujimaki, Kiyoshi Asai, Learning chromatin states with factorized information criteria, Bioinformatics (2015) 31 (15): 2426-2433.

  3. Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada*, A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction, Computational Biology and Chemistry (2015) 57: 72–79.

研究発表

  1. Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada (presenter), A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction, The thirteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2015), HsinChu, Taiwan, Jan 21th-23th, 2015.

  2. 由良 敬 , 岩切 淳一 , 浜田 道昭 , 浅井 潔, 亀田 倫史、第 29 回分子シミュレーション討論会、分子動力学計算を用いた蛋白質 RNA 複合体立体 構造予測、2015年11月30日(月)~2015年12月2日(水)、朱鷺メッセ(新潟コンベンションセンター)

  3. 亀田 倫史 , 岩切 淳一 , 浜田 道昭 , 由良 敬 , 浅井 潔, 蛋白質・RNA 複合体の立体構造予測 Three dimensional protein-RNA complex structure prediction, 第53回日本生物物理学会年会、金沢大学、2015年9月13日〜15日

  4. 河原 郁美、亀田 倫史、池端 悠介、芦原 悠太、古板 恭子、杉木 俊彦、浜田 道昭、藤原 敏道、河野 憲二、田中 好幸, 児嶋 長次郎, 小胞体ストレスセンサーIre1p RNaseドメインの基質認識機構, 第54回NMR討論会

  5. 寺井 悟朗、岩切 淳一、亀田 倫史、浜田 道昭、浅井 潔; ヒトトランスクリプトームにおける網羅的 lncRNA-RNA 相互作用予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル; ポスター発表

  6. 岩切 淳一、寺井 悟朗、亀田 倫史、浅井 潔 、浜田 道昭; RNA 発現量を用いた組織特異的 lncRNA-mRNA 相互作用予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル; ポスター発表

  7. 由良 敬、岩切 淳一、浜田 道昭、浅井 潔 、亀田 倫史; 分子動力学計算を用いた蛋白質・RNA 複合体立体構㐀予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル

  8. 浜田道昭; 早稲田大学理工学術院バイオインフォマティクス研究室におけるNGS関連研究の紹介; 第4回NGS現場の会; 2015年7月1日~3日; つくば国際会議場; ポスター発表

  9. Kotaro Ishii, Yusuke Kazama, Tomonari Hirano, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe, Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants in Arabidopsis thaliana, The 26th international conference on arabidopsis research

  10. 石井 公太郎,平野 智也,風間 裕介,浜田 道昭,小野 幸輝,阿部 知子, 全ゲノム変異解析のためのパイプラインの構築, 日本育種学会 第127回講演会プログラム 2015年春季 玉川大学

  11. Kotaro Ishii, Tomonari Hirano, Yusuke Kazama, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe, Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants. International Symposium on Genome Science 2015 P-43