研究成果
Achievements
当研究室の発表論文は以下を参照下さい.浜田研関係者は太字にしてあります.第一著者の学生に関しては☆がついています./ Our published papers are listed below. Members of Hamada Lab. are emphasized with bold text. (Star shows "the student who is the first auther".).
※ 浜田研では学生の積極的な学会・論文発表を推奨しておりそのためのサポートは可能な限り行っています./ Hamada Lab. encourages students to actively present academic conferences and papers, and provides supports as much as possible.
プレプリント / Preprints:
Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, The Lomb-Scargle periodogram-based differentially expressed gene detection along pseudotime, bioRxiv.org - the preprint server for Biology, 2024-08-20, doi:10.1101/2024.08.20.608497
Junna Kawasaki, Tadaki Suzuki, Michiaki Hamada, Hidden Challenges in Evaluating Spillover Risk of Zoonotic Viruses using Machine Learning Models, bioRxiv.org - the preprint server for Biology, 2024-04-29, doi:10.1101/2024.04.25.591033
Naoki Osato, Michiaki Hamada, Discovery of regulatory motifs associated with human insulator sites reveals the role of directional bias in insulator function, bioRxiv.org - the preprint server for Biology, 2024-01-23, doi:10.1101/2024.01.20.573595
☆Atsushi Takeda, Daisuke Nonaka, Yuta Imazu, Tsukasa Fukunaga*, Michiaki Hamada*, REPrise: de novo interspersed repeat detection using inexact seeding, bioRxiv.org - the preprint server for Biology, 2024-01-21, doi:10.1101/2024.01.21.576581
2024年
書籍 / Books
浜田道昭、RNA デザイン、Drug Delivery System, Vol.39 No.5 NOVEMBER 2024
浜田道昭、核酸医薬研究を加速する情報技術、核酸医薬(第6章)、株式会社NTS、2024年4月11日発行
由良敬,松永浩子,細川正人,和泉自泰,村松知成,福永津嵩,浜田道昭,馬場健史,竹山春子,善光龍哉編,辻川和丈編,"第1章 最新の疾患標的分子の探索・評価技術,第4節 シングルセル/微小組織マルチオミクス解析",実験医学増刊 Vol.42 No.2/あなたのラボから薬を生み出す アカデミア創薬の実践,All JAPAN体制の先端技術支援を利用した創薬の最前線,羊土社,2024-01-19
受賞 / Awards
浜田道昭,早稲田大学大隈記念学術褒賞【奨励賞】,人工知能技術を用いたアプタマー創薬 (AI アプタマー創薬)の研究,2024-11-14
☆小菅 将斗,Best Activator Award,生命情報科学若手の会 第16回研究会,2024-9-14/16
招待講演・依頼講演
Michiaki Hamada, Information technology accelerating RNA therapeutics, RNA and Developmental Biology A Symposium Commemorating the End of the 12-Year RNA Medical Science Laboratory, Oct. 25, 2024 @ IMSUT
Shunsuke Sumi, Michiaki Hamada, Hirohide Saito, Deep generative model for functional RNA design, BIOINFO 2024, Gyeongju Hwabaek International Convention Center(HICO), Gyeongju, Korea, 2024-10-23/25, KSBI
浜田道昭,RNAデータサイエンス, 一般社団法人 ゲノムテクノロジー研究会 第8回分科会「データサイエンス」, 東京大学、 2024年9月6日(金)
浜田道昭,RNAバイオインフォマティクスを用いた生命医薬学研究,公益財団法人ときわ会先端医学研究所セミナー,福島県いわき市,2024-09-10
浜田道昭,RNAデータサイエンス,一般社団法人ゲノムテクノロジー研究会第8回バイオインフォマティクス分科会「データサイエンス」,東京大学先端科学技術研究センター,2024-09-06
曽超,RNA標的創薬のための統合データベース,NGS EXPO 2024,大阪府立国際会議場,2024-09-04/05
浜田道昭,RNA創薬を加速する情報技術、[S41] 外来性RNAに対する防御機構解明が切り拓くRNA創薬のニューフロンティア、日本薬学会第144年会、 2024年3月30日(土) 13:15 〜 15:15
浜田道昭,核酸医薬研究を加速する情報技術の開発と応用,第453回CBI学会講演会「中分子創薬を革新する計算科学、情報科学の最前線」,2024年2月26日,13:00-16:40(オンライン)
浜田道昭,バイオインフォマティクス:情報科学で生命・医学・薬学研究にブレイクスルーを,早稲田大学校友会 稲門医師会 第8回総会 2024年2月3日 (如水会館)
プレスリリース
多機能キメラ核酸によるデングウイルス増殖抑制、2024年12月25日
異常な病的タンパク質を作らないために―mRNAの品質を管理する仕組みの発見―、2024年10月19日
機能性RNAの配列設計を支援する深層生成モデル“RfamGen”の開発、令和6年1月18日京都大学早稲田大学科学技術振興機構(JST)
学術論文 / Journal Papers
Ryo Amano, Masaki Takahashi, Kazumi Haga, Mizuki Yamamoto, Kaku Goto, Akiko Ichinose, Michiaki Hamada, Jin Gohda, Jun-ichiro Inoue, Yasushi Kawaguchi, Meng Ling Moi, Yoshikazu Nakamura, A chimeric RNA consisting of siRNA and aptamer for inhibiting dengue virus replication, NAR Molecular Medicine, Volume 1, Issue 4, October 2024, ugae025, https://doi.org/10.1093/narmme/ugae025 Published: 25 December 2024
Kenzui Taniue*, Anzu Sugawara, Chao Zeng, Han Han, Xinyue Gao, Yuki Shimoura, Atsuko Nakanishi Ozeki, Rena Onoguchi-Mizutani, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Michiaki Hamada, Nobuyoshi Akimitsu*, The MTR4/hnRNPK complex surveils aberrant polyadenylated RNAs with multiple exons, Nat. Commun., 2024-10-17, doi:10.1038/s41467-024-51981-8
☆Masato Kosuge, Jumpei Ito, Michiaki Hamada*, Landscape of Evolutionary Arms Races between Transposable Elements and KRAB-ZFP Family, Scientific Reports, 2024-10-07, doi:10.1038/s41598-024-73752-7
☆Kanami Yagimoto, Shion Hosoda, Miwa Sato, Michiaki Hamada*, Prediction of antibiotic resistance mechanisms using a protein language model, Bioinformatics, 2024-09-10, doi:10.1093/bioinformatics/btae550
Yutaro Wakabayashi, Aika Shimono, Yuki Terauchi, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Kentaro Semba, Shinya Watanabe, Kosuke Ishikawa*, Identification of a Novel Noncoding RNA Transcript TISPL Upregulated by Stressors that Stimulate ATF4, Gene, 2024-07-30, doi:10.1016/j.gene.2024.148464
Segewkal Hawaze Heruye, Jered Myslinski, Chao Zeng, Amy Zollman, Shinichi Makino, Azuma Nanamatsu, Quoseena Mir, Sarath Chandra Janga, Emma H. Doud, Michael T. Eadon, Bernhard Maier, Michiaki Hamada, Tuan M. Tran, Pierre C. Dagher, and Takashi Hato*, Inflammation primes the murine kidney for recovery by activating AZIN1 adenosine-to-inosine editing, The Journal of Clinical Investigation, 2024-07-02, doi:10.1172/JCI180117
Kazuyuki Kumagai, Keisuke Kamba, Takuya Suzuki, Yuto Sekikawa, Chisato Yuki, Michiaki Hamada, Kayoko Nagata, Akifumi Takaori-Kondo, Li Wan, Masato Katahira, Takashi Nagata, Taiichi Sakamoto, Selection and characterization of aptamers targeting the Vif-CBFβ-ELOB-ELOC-CUL5 complex, J. Biochem., 2024-05-13, doi:10.1093/jb/mvae040
Tatsuo Adachi, Shigetaka Nakamura, Akiya Michishita, Daiki Kawahara, Mizuki Yamamoto, Michiaki Hamada, Yoshikazu Nakamura, RaptGen-Assisted Generation of an RNA/DNA Hybrid Aptamer against SARS-CoV-2 Spike Protein, Biochemistry, 2024-03-08, doi:10.1021/acs.biochem.3c00596
☆Shunsuke Sumi, Michiaki Hamada*, Hirohide Saito*, Deep generative design of RNA family sequences, Nat. Methods., 2024-01-18, doi:10.1038/s41592-023-02148-8
研究発表 / Presentations
☆松本英倫,中野涼太,佐藤健吾,浜田道昭,拡散モデルによる選択的配列濃縮過程のモデリング,情報処理学会 第80回BIO研究発表会,早稲田大学西早稲田キャンパス,2024-12-04(一般口頭発表)
☆中野涼太,浜田道昭,拡散モデルを用いたRNA配列および二次構造の同時生成,情報処理学会 第80回BIO研究発表会,早稲田大学西早稲田キャンパス,2024-12-04(一般口頭発表)
福永津嵩,浜田道昭,Cap-R-G4: G4 構造を考慮した RNA 二次構造の構造プロファイル計算,情報処理学会 第80回BIO研究発表会,早稲田大学西早稲田キャンパス,2024-12-04(一般口頭発表)
小野口真広,足達俊吾,浜田道昭,LINE1のRNA機能エレメントと結合タンパク質複合体の網羅的解析,第47回日本分子生物学会年会,福岡国際会議場マリンメッセ福岡,2024-11-27/29(ポスター発表)
金子修士,藤原奈央子,中條岳志,曽超,浜田道昭,廣瀬 哲郎,血清飢餓ストレスによって誘導される新規難抽出性arcRNA SISTの解析,第47回日本分子生物学会年会,福岡国際会議場マリンメッセ福岡,2024-11-27/29(ポスター発表)
後藤覚,天野亮,一ノ瀬顕子,道下瑛陽,浜田道昭,中村義一,高橋 理貴,チクングニアウイルス中和アプタマーはE2を介した吸着を阻害する,第47回日本分子生物学会年会,福岡国際会議場マリンメッセ福岡,2024-11-27/29(ポスター発表)
天野亮,道下瑛陽,芳賀和美,中野涼太,一ノ瀬顕子,モイメイリン,浜田道昭,中村義一,高橋理貴,VLP-SELEX法とin silico解析を活用したデングウイルス中和アプタマーの創製とその有効性評価,第47回日本分子生物学会年会,福岡国際会議場マリンメッセ福岡,2024-11-27/29(ポスター発表)
小野口玲菜,小野口真広,川村猛,浜田道昭,秋光信佳,多因子間ネットワークが司る遺伝子発現ユニティー,第47回日本分子生物学会年会,福岡国際会議場マリンメッセ福岡,2024-11-27/29(一般口頭発表)
三森隆広,浜田道昭,GFlowNets による多様性制御生成モデルの学習,第27回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2024),ソニックシティ(さいたま),オンライン,2024/11/04-07,電子情報通信学会 情報論的学習理論と機械学習研究会(ポスター発表)
木村祐太,須賀幹太,木村康明,浜田道昭,阿部洋,ベイズ最適化によるCap2型mRNA生産の最適条件の探索,第55回 中部化学関係学協会支部連合秋季大会,名古屋工業大学,2024-11-02/03(一般口頭発表)
Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, The Lomb-Scargle periodogram based differentially expressed gene detection along pseudotime, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster)
☆Shohei Ogino, Junna Kawasaki, Michiaki Hamada, Landscape of Virusesʼ RNA Secondary Structure to Find New Viruses, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster)
☆Masato Kosuge, Jumpei Ito, Michiaki Hamada, Landscape of Evolutionary Arms Races between Transposable Elements and KRAB-ZFP Family, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster, oral)
Masahiro Onoguchi, Shungo Adachi, Michiaki Hamada, Comprehensive analysis of the LINE1-associated protein complexes reveals putative functional elements of LINE1 RNA, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster)
☆Tomohiro Nishimura, Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, A fast RNA secondary structure prediction method using homologous sequence information, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster)
Junna Kawasaki, Tadaki Suzuki, Michiaki Hamada, Progress and Pitfalls in Genome-Based Machine Learning Models for Zoonotic Virus Prediction, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster, oral)
☆Atsushi Takeda, Daisuke Nonaka, Yuta Imazu, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, De novo interspersed repeat detection using inexact seeding, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster)
☆Zhijie Yang, Michiaki Hamada, Cellular heterogeneity guided molecule generation, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, JAPBioNET, ISCB, JSBi (poster)
Takahiro Mimori, Michiaki Hamada, Structure-conditioned generative modeling for RNA design, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster)
☆Shunsuke Sumi, Tatsuo Adachi, Hirohide Saito, Michiaki Hamada, RaptCouple: a versatile tool for characterization of de novo RNA discovered by SELEX, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster)
☆Kazuma Hashimoto, Kenta Suga, Keisuke Yamada, Michiaki Hamada, Conditional Variational AutoEncoder for Multi-Objective Controlled 5'UTR Design, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster)
☆Ibuki Kaburagi, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Deep Learning-based ncRNA Detection: Surpassing RNAz with Advanced MSA Transformer Models, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster)
Junichi Iwakiri, Takumi Otagaki, Kazuteru Yamamura, Shunsuke Sumi, Ikuo Kurisaki, Michiaki Hamada, Jiro Kondo, Kengo Sato, Participation Report on RNA 3D structure prediction at CASP16: Usage and limitations of AlphaFold3, 1st Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha Cultural Arts Theater NAHArt, Okinawa, Japan, 2024-10-22/25, APBioNET, ISCB, JSBi (poster)
☆小菅将斗,伊東潤平,浜田道昭,トランスポゾンとKRAB-ZFPの進化的軍拡競争,生命情報科学若手の会 第16回年会,ニューウェルシティ湯河原,2024-09-14/16(ポスター発表)
☆武田淳志,福永津嵩,浜田道昭,大規模ゲノムに適用可能なde novo散在反復配列検出手法の開発,生命情報科学若手の会 第16回年会,ニューウェルシティ湯河原,2024-09-14/16(ポスター発表)
☆横山源太朗,浜田道昭,Prefix-tuned RNA言語モデルによる新規タンパク質結合RNA配列の生成,生命情報科学若手の会 第16回年会,ニューウェルシティ湯河原,2024-09-14/16(ポスター発表)
☆山本晃大,小菅将斗,武田淳志,福永津嵩,浜田道昭,トランスポゾンのサブファミリー分類手法の確立,生命情報科学若手の会 第16回年会,ニューウェルシティ湯河原,2024-09-14/16(ポスター発表)
☆川崎千晶,井内仁志,浜田道昭,タンパク質言語モデルを用いたコロナウイルスの宿主予測,生命情報科学若手の会 第16回年会,ニューウェルシティ湯河原,2024-09-14/16(ポスター発表)
☆Atsushi Takeda, Daisuke Nonaka, Yuta Imazu, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, De novo interspersed repeat detection using inexact seed, ISMB2024, the Palais des Congrès de Montréal in Montreal, Quebec, Canada, 2024/07/12-16, ISCB (poster)
☆Kanta Suga, Michiaki Hamada, Deciphering the relationship between 5'UTR and 3'UTR sequence of mRNA, 第25回日本RNA学会, 東京大学安田講堂, 2024/06/26-28(ポスター発表)
☆Shunsuke Sumi, Tatsuyuki Yoshii2, Tatsuo Adachi, Hirohide Saito, Michiaki Hamada, A universal tool for characterization of RNA discovered by SELEX, 第25回日本RNA学会, 東京大学安田講堂, 2024/06/26-28(ポスター発表)
☆Ryoma Yamawaki, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Sequence characterization and prediction of semi-extractable RNAs, 第25回日本RNA学会, 東京大学安田講堂, 2024/06/26-28(ポスター発表)
Xinyue Gao, Kenzui Taniue, Anzu Sugawara, Chao Zeng, Han Han, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Michiaki Hamada, Nobuyoshi Akimitsu, The MTR4/hRNPK complex-mediated degradation of aberrant polyadenylated RNAs with multiple exons, 第25回日本RNA学会, 東京大学安田講堂, 2024/06/26-28(ポスター発表)
Chao Zeng, Michiaki Hamada, Comprehensive Database for RNA-Targeting Drug Discovery, 第25回日本RNA学会, 東京大学安田講堂, 2024/06/26-28(ポスター発表)
Saki Fujiwara, Naoko Fujiwara, Takeshi Chujo, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Tetsuro Hirose, Exploring architectural RNAs associated to cellular senescence, 第25回日本RNA学会, 東京大学安田講堂, 2024/06/26-28(ポスター発表)
Ryotaro Yanoshita, Eito Ichihash, Mai Kubora, Chao Zeng, Michaki Hamada, Masayuki Sakurai, Identify the effect of R-lop on transcriptional regulatory mechanisms, 第25回日本RNA学会, 東京大学安田講堂, 2024/06/26-28(ポスター発表)
Naoki Osato, Michiaki Hamada, Systematic discovery of regulatory motifs associated with human insulator sites, Human Genome Meeting 2024, Sapienza University of Rome, Rome, Italy, 2024-04-08/10, Human Genome Organisation, (poster)
加藤晃代,西河佑馬,中野秀雄,横山源太朗,浜田道昭,本野千恵,大腸菌における翻訳促進新生ペプチドの網羅的探索,日本農芸化学会2024年度大会,東京農業大学世田谷キャンパス,2024-03-25,(一般口頭発表)
Shunsuke Sumi, Michiaki Hamada, Hirohide Saito, Deep generative design of RNA family sequences, Winter Q-bio 2025, Four Seasons Oahu, Ko Olina, U.S.A., 2024-02-19/24
2023年
書籍 / Books
石野史敏,川崎純菜,小嶋将平,小林(石原)美栄,月刊実験医学 2023年9月号 特集/ ヒトゲノムに残されたフロンティア 内在性ウイルス様配列 EVE,羊土社,2023-08-18
岩野夏樹,浜田道昭,清水秀幸編,第 12 章 発展編①:機械学習を用いた アプタマー配列の解析と創薬,実験医学別冊 Pythonで実践 生命科学データの機械学習,羊土社,2023-03-28
受賞 / Awards
☆角俊輔,浜田道昭,齊藤博英,学生発表賞,Deep generative design of RNA family sequences,第61回日本生物物理学会年会,2023/11/14-16
☆小菅将斗,PacBio / トミーデジタルバイオロジー賞(Best Activator Award),生命情報科学若手の会 第15回研究会,2023-10-7/9
☆小菅将斗,BIOTA賞(Best NGS Award),生命情報科学若手の会 第15回研究会,2023-10-7/9
☆柳本香菜美,細田至温,佐藤美和,浜田道昭,優秀ポスター賞,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),2023-9-7/9
☆小菅将斗,伊東潤平,浜田 道昭,優秀ポスター賞,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),2023-9-7/9
☆道下瑛陽,☆角俊輔,☆岩野夏樹,浜田道昭,優秀プレゼンテーション賞,頻度情報を考慮したアプタマー生成モデルの開発,第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会,2023-07-01
浜田道昭,曽超 ,早稲田大学ティーチングアワード,2023
○川崎純菜,浜田道昭 ,ポスター賞(異分野プレゼン部門),2023年度生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー, "ウイルス遺伝子配列からヒト感染リスクを評価する深層学習モデルの構築"
川崎純菜,第12期アーリーバード,若手研究者奨励賞,2023-3-24
招待講演・依頼講演
浜田道昭,バイオインフォマティクス:情報科学で生命・医学・薬学研究にブレイクスルーを,先進技術研究会,2023-11-28
浜田道昭,情報科学を用いたmRNA・核酸医薬研究,第8回 mRNA薬検討会,2023-9-19,(オンライン)
川崎 純菜, ウイルスパンデミック 公共データ利用,NGS EXPO 2023,大阪国際会議場,2023-11-15
浜田道昭,mRNAのトータルデザインに向けた情報技術,日本核酸医薬学会第8回年会 mRNAシンポジウム,名古屋大学,2023-7-11
浜田道昭,RNAバイオインフォマティクスを用いた核酸医薬研究,日本核酸医薬学会第8回年会 教育セッション(生物),名古屋大学,2023-7-11
浜田道昭,栗崎以久男,RNA構造予測ソフトウエアの紹介と比較,NPO法人mRNAターゲット創薬研究機構 2023年度 第1回講演会,ペリエホール,2023-6-27
川崎 純菜, 若手研究者が考えるキャリアパス:3つの研究室と1つの就職先を経験して,2023年度生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー,2023-6-24
浜田道昭,バイオインフォマティクス:情報科学で生命・医学・薬学研究にブレイクスルーを,千代田稲門会2023年度定時総会講演会,帝国ホテル,2023-6-9
井内仁志,モデルに依存しない時系列オミクスデータ解析手法の開発,質量分析インフォマティクス研究会・第8回公開ワークショップ,理化学研究所横浜事業所,2023-5-12
プレスリリース
動くDNAが脳の進化に貢献, 2023年6月22日
転移因子多型の疾患リスクを解明,2023年5月12日
Unraveling the Mystery of Semi-extractable RNAs From Human Cell Lines, 2023年7月19日
5種類のヒト培養細胞から新たな1,074種類の難溶性RNAを同定, 2023年7月19日
学術論文 / Journal Papers
Takahiro Mimori, Michiaki Hamada, GeoPhy: Differentiable Phylogenetic Inference via Geometric Gradients of Tree Topologies, NeurIPS 2023, 2023-12-12, doi:10.48550/arXiv.2307.03675
☆Kaisei Hara, Natsuki Iwano, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, DeepRaccess: High-speed RNA accessibility prediction using deep learning, Front. Bioinform., 2023-10-10, vol. 3, doi :10.3389/fbinf.2023.1275787
Motoyo Maruyama, Atsushi Sakai, Tsukasa Fukunaga, Yoshitaka Miyagawa, Takashi Okada, Michiaki Hamada, Hidenori Suzuki, Neat1 lncRNA organizes the inflammatory gene expressions in the dorsal root ganglion in neuropathic pain caused by nerve injury, Front. Immunol. (Sec. Inflammation), 2023-08-08, vol. 14, doi:10.3389/fimmu.2023.1185322
Chao Zeng, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose*, Michiaki Hamada*, Landscape of semi-extractable RNAs across five human cell lines, Nucleic Acids Research, 2023-08-25, vol. 51, Issue 15, pp. 7820–7831, doi:10.1093/nar/gkad567
☆Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi*, Michiaki Hamada*, Transposons contribute to the acquisition of cell type-specific cis-elements in the brain, Commun Biol, 2023-06-10, vol. 6, doi:10.1038/s42003-023-04989-7
Kengo Sato, Michiaki Hamada, Recent trends in RNA informatics: a review of machine learning and deep learning for RNA secondary structure prediction and RNA drug discovery, Briefings in Bioinformatics, 2023-05-25, vol. 24, Issue 4, doi:10.1093/bib/bbad186
Shohei Kojima, Satoshi Koyama, Mirei Ka, Yuka Saito, Erica H. Parrish, Mikiko Endo, Sadaaki Takata, Misaki Mizukoshi, Keiko Hikino, Atsushi Takeda, Asami F. Gelinas, Steven M. Heaton, Rie Koide, Anselmo J. Kamada, Michiya Noguchi, Michiaki Hamada, Biobank Japan Project Consortium, Yoichiro Kamatani, Yasuhiro Murakawa, Kazuyoshi Ishigaki, Yukio Nakamura, Kaoru Ito, Chikashi Terao, Yukihide Momozawa, Nicholas F. Parrish, Mobile element variation contributes to population-specific genome diversification, gene regulation and disease risk, Nature Genetics, 2023-05-11, vol.55, pp. 939–951, doi:10.1038/s41588-023-01390-2
Hitoshi Iuchi, Junna Kawasaki, Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga, Koki Hokao, Gentaro Yokoyama, Akiko Ichinose, Kanta Suga, Michiaki Hamada, Bioinformatics approaches for unveiling virus-host interactions, Computational and Structural Biotechnology Journal, 2023-02-27, Volume 21, pp. 1774-1784, doi:10.1016/j.csbj.2023.02.044
Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Web Services for RNA-RNA Interaction Prediction, RNA Structure Prediction, 2023-01-28, vol. 2586, pp. 175-195, doi:10.1007/978-1-0716-2768-6_11
Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Fast RNA-RNA Interaction Prediction Methods for Interaction Analysis of Transcriptome-Scale Large Datasets, RNA Structure Prediction, 2023-01-28, vol. 2586, pp. 163-173, doi:10.1007/978-1-0716-2768-6_10
日本語総説 / Japanese Reviews
川崎純菜*,伊東潤平*,COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展,JSBi Bioinformatics Review,2023-06-03,4 巻,1 号,pp.10-25,doi:10.11234/jsbibr.2023.primer2
研究発表 / Presentations
Takahiro Mimori, Michiaki Hamada, GeoPhy: Differentiable Phylogenetic Inference via Geometric Gradients of Tree Topologies, NeurIPS 2023, the Ernest N. Morial Convention Center, New Orleans, U.S.A., 2023-12-11/14, (poster)
若林佑太郎,下野愛夏,石川公輔,曽超,浜田道昭,渡辺慎哉,仙波憲太郎,小胞体ストレスに応答する新規lncRNA TISPLの転写メカニズムおよび機能の解明,第46回日本分子生物学会年会,神戸国際展示場 1号館1階,2023-12-8,(ポスター発表)
金子修士,藤原奈央子,曽超,浜田道昭,廣瀬哲郎,中條岳志,血清飢餓ストレスによって誘導される新規難溶性architectural RNA SISTの解析,第46回日本分子生物学会年会,神戸国際展示場 1号館1階,2023-12-7,(ポスター発表)
小野口真広,足達俊吾,浜田道昭,LINE1 RNAと相互作用するタンパク質の網羅的解析とクロマチン制御機構の解明,第46回日本分子生物学会年会,神戸国際展示場 1号館1階,2023-12-7,(ポスター発表)
小野口真広,足達俊吾,浜田道昭,LINE1 RNAと相互作用するタンパク質の網羅的解析とクロマチン制御機構の解明,第46回日本分子生物学会年会,神戸ポートピアホテル 本館 B1F 布引,2023-12-7,(一般口頭発表)
☆小菅将斗,伊東潤平,浜田道昭,転移因子とKRAB-ZFPファミリーの進化的軍拡競争とco-option,第46回日本分子生物学会年会,神戸国際展示場 1号館1階,2023-12-7,(ポスター発表)
☆武田淳志,野中大輔,今津裕太,福永津嵩,浜田道昭,REPrise:inexact seedを用いた散在反復配列検出,第46回日本分子生物学会年会,神戸国際展示場 1号館1階,2023-12-7,(ポスター発表)
後藤覚,天野亮,⼀ノ瀬顕⼦,道下瑛陽,浜⽥道昭,中村義⼀,⾼橋理貴,チクングニアウイルス中和RNAアプタマー作⽤機序解析,第46回日本分子生物学会年会,神戸国際展示場 1号館1階,2023-12-7,(ポスター発表)
天野亮,道下瑛陽,中野涼太,⼀ノ瀬顕⼦,芳賀和美,メイリンモイ,浜⽥道昭,中村義⼀,⾼橋理貴,VLP-SELEXとin silico解析によるデングウイルス中和アプタマーの創製と有効性評価,第46回日本分子生物学会年会,神戸国際展示場 1号館1階,2023-12-7,(ポスター発表)
大里直樹,浜⽥道昭,ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わるDNA 結合タンパク質の予測と発見,第46回日本分子生物学会年会,神戸国際展示場 1号館1階,2023-12-7,(ポスター発表)
☆角俊輔,浜田道昭,齊藤博英,RNAファミリー配列の深層生成設計,第61回生物物理学会,名古屋国際会議場,2023-11-14/16,(一般口頭発表)
☆西村友宏,久保顕登,福永津嵩,浜田道昭,A fast RNA secondary structure prediction method using homologous sequence information, 第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学柏キャンパス,2023-10-14,(ショートトーク)
☆外尾航季,三森隆広,松井啓隆,浜田道昭,Development of an Interpretable Anomaly Detection Model for Blood Cell Imaging,第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学柏キャンパス,2023-10-14,(ロングトーク)
☆村松栞,小野口真広,浜田道昭,Elucidation for features of mRNAs driving stress granule formation,第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学柏キャンパス,2023-10-14,(ショートトーク)
☆道下瑛陽,角俊輔,岩野夏樹,安達健朗,浜田道昭,An Aptamer Generating Model Using RNA Secondary Structure Information,第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学柏キャンパス,2023-10-14,(ショートトーク)
☆楊之介,浜田道昭,Small molecule generation with Cellular heterogeneity,第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学柏キャンパス,2023-10-14,(ショートトーク)
☆山脇龍馬,曽超,浜田道昭,Sequence characterization and prediction of semi-extractable RNAs ,第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学柏キャンパス,2023-10-14,(ショートトーク)
☆川崎千晶,井内仁志,川崎純菜,浜田道昭,Prediction of coronavirus hosts using a protein language model,第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学柏キャンパス,2023-10-14,(ショートトーク)
☆高山直也,小野口真広,浜田道昭,Analysis of the relasionship between cancer-related lncRNAs and transposable elements,第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学柏キャンパス,2023-10-14,(ショートトーク)
☆橋本和磨,須賀幹太,山田啓介,浜田道昭,Conditional Variational AutoEncoder for Multi-Objective Controlled 5'UTR Design ,第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学柏キャンパス,2023-10-14,(ショートトーク)
☆針生理来,浜田道昭,Comprehensive search for lncRNA-mRNA interactions that contribute to mRNA translation regulation,第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学柏キャンパス,2023-10-14,(ショートトーク)
☆道下瑛陽,角俊輔,岩野夏樹,安達健朗,浜田道昭,二次構造情報を考慮したアプタマー生成モデルの開発,生命情報科学若手の会 第15回研究会,2023-10-7/9
☆小菅将斗,伊東淳平,浜田道昭,大規模ChIP-seq解析による転移因子とKRAB-ZFPファミリーの進化的軍拡競争とco-optionの解明,生命情報科学若手の会 第15回研究会,料亭旅館 松濤軒,2023-10-7/9
☆横山源太朗,浜田道昭,機械学習と統計学的アプローチを組み合わせたタンパク質設計手法の提案,生命情報科学若手の会 第15回研究会,料亭旅館 松濤軒,2023-10-7/9
☆西村友宏,久保顕登,福永津嵩,浜田道昭,相同配列情報を考慮した高速なRNA二次構造予測ツール,生命情報科学若手の会 第15回研究会,料亭旅館 松濤軒,2023-10-7/9
☆伊藤恵理,小野口真広,浜田道昭,哺乳類の脳細胞において特異的に機能するトランスポゾン由来エンハンサーの同定,生命情報科学若手の会 第15回研究会,料亭旅館 松濤軒,2023-10-7/9
☆荻野祥平,川崎純菜,浜田道昭,RNA2次構造に基づく未知デルタウイルスの探索,生命情報科学若手の会 第15回研究会,料亭旅館 松濤軒,2023-10-7/9
☆楊之介,浜田道昭,細胞の不均一性を考慮した小分子の作用予測,生命情報科学若手の会 第15回研究会,料亭旅館 松濤軒,2023-10-7/9
☆武田淳志,野中大輔,今津裕太,福永津嵩,浜田道昭,De novo repeat detection using inexact seed,生命情報科学若手の会 第15回研究会,料亭旅館 松濤軒,2023-10-7/9
☆砂金美月,浜田道昭,ターゲットリポジショニングによる疾患治療標的の高精度な予測,生命情報科学若手の会 第15回研究会,料亭旅館 松濤軒,2023-10-7/9
Naoki Osato, Michiaki Hamada,Systematic discovery of regulatory motifs associated with human insulator sites reveals the roles of directional bias and regulation in alternative transcription,第14回国際ゲノム会議,一橋講堂,2023-10-4/6,(poster)
☆角俊輔,浜田道昭,齊藤博英,深層生成モデルによる RNA ファミリー配列設計,「細胞を創る」研究会 16.0,東京大学駒場キャンパス 21 Komaba Center for Educational Excellence (KOMCEE),2023-9-25/26,(ポスター発表)
酒井俊輔,武田淳志,今野直輝,大会企画セッション 「若手の会企画: 『研究室マネジメント』について話し合おう!」,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9
川崎純菜,伊東潤平,ウイルス感染症の制圧はなぜ難しいか?,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(ワークショップ)
☆小菅将斗,伊東潤平,浜田道昭,大規模 ChIP-seq 解析による転移因子と KRAB-ZFP ファミリーの進化的軍拡競争と co-option の解明 Large-scale ChIP-seq analysis reveals evolutionary arms races between transposable elements and KRAB-ZFP family and co-option,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(ワークショップ)
木村晃,安達健朗,浜田道昭,条件付き変分オートエンコーダーを用いたRNAアプタマーの生成 sRNA aptamer generation using conditional variational autoencoder,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(一般口頭発表)
三森隆広,浜田道昭,Differentiable phylogenetic inference via geometric gradients of tree topologies 微分可能な樹形表現による系統樹推定手法の開発,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(一般口頭発表)
川崎純菜,ナイトセッション「君たちはどう生きるか?」パネリスト,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(一般口頭発表)
川崎純菜,浜田道昭,Assessment of viral infectivity to humans using nucleotide language models,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(ポスター発表)
木村晃,安達健朗,浜田道昭,条件付き変分オートエンコーダーを用いたRNA アプタマーの生成 RNA aptamer generation using conditional variational autoencoder,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(ポスター発表)
大里直樹,浜田道昭,ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見 Systematic discovery of regulatory motifs associated with human insulator sites reveals the role of directional bias,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(ポスター発表)
☆内藤詩菜,松谷太郎,浜田道昭,The analysis of mutational signatures for understanding carcinogenesis considering temporal heterogeneity,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(ポスター発表)
☆道下瑛陽,角俊輔,岩野夏樹,安達健朗,浜田道昭,An Aptamer Generating Model Using RNA Secondary Structure Information,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(ポスター発表)
☆柳本香菜美,細田至温,佐藤美和,浜田道昭,Prediction of antibiotic resistance genes using protein language models,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(ポスター発表)
☆小菅将斗,伊東潤平,浜田道昭,大規模 ChIP-seq 解析による転移因子と KRAB-ZFP ファミリーの進化的軍拡競争と co- option の解明 Large-scale ChIP-seq analysis reveals evolutionary arms races between transposable elements and KRAB-ZFP family and co-option,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(ポスター発表)
三森隆広,浜田道昭,Differentiable phylogenetic inference via geometric gradients of tree topologies 微分可能な樹形表現による系統樹推定手法の開発,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2023),柏の葉カンファレンスセンター,2023-9-7/9,(ポスター発表)
Toshiyuki Shimono, Multiplying the absolute values from Student’s t-distribution of two degrees produces the Bradley-Terry model, ICIAM 2023, Tokyo, Japan, 2023-8-20/25, (poster)
浜田道昭,RNAを「理解」し「活用」する,NAインフォマティクス研究会,神戸,2023-8-19
栗崎以久男,生体分子機械の動作機序解明に向けた実効的シミュレーション手法の開発,RNAインフォマティクス研究会,神戸,2023-8-18
Naoki Osato, Michiaki Hamada, Systematic discovery of directional regulatory motifs associated with human insulator sites, ISMB/ECCB 2023, Lyon, France, 2023-7-23/27, (poster)
Takahiro Mimori, Michiaki Hamada, A fully differentiable approach to Bayesian phylogenetic inference, ISMB/ECCB 2023, Lyon, France, 2023-7-23/27, (poster)
Takahiro Mimori, Michiaki Hamada, GeoPhy: Differentiable Phylogenetic Inference via Geometric Gradients of Tree Topologies, ICML 2023 Workshop on Differentiable Almost Everything: Differentiable Relaxations, Algorithms, Operators, and Simulators, Honolulu, Hawaii, 2023-7-28, hybrid, (poster)
外尾航季,三森隆広,松井啓隆,浜田道昭,血球画像を対象とした解釈性のある異常検知モデルの開発,MIRU2023,浜松,2023-7-25/28,(ポスター発表)
山田啓介,☆須賀幹太,浜田道昭,多目的ベイズ最適化によるヒト5’UTR配列デザイン,日本核酸医薬学会 第8回年会(若手シンポジウム),名古屋大学,2023-7-11/14
高橋理貴,天野亮,後藤覚,道下瑛陽,一ノ瀬顕子,芳賀和美,Meng Ling Moi,浜田道昭,中村義一,VLP-SELEX法によるウイルス中和核酸抗体の創製,日本核酸医薬学会 第8回年会,名古屋大学,2023-7-11/14,(ポスター発表)
山田啓介,須賀幹太,浜田道昭,多目的ベイズ最適化によるヒト 5'UTR配列デザイン,日本核酸医薬学会 第8回年会,名古屋大学,2023-7-11/14,(ポスター発表 )
☆道下瑛陽,角俊輔,岩野夏樹,浜田道昭,頻度情報を考慮したアプタマー生成モデルの開発,日本核酸医薬学会 第8回年会,名古屋大学,2023-7-11/14,ポスター発表
Chao Zeng, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose, Michiaki Hamada,Landscape of semi-extractable RNAs across five human cell lines,第24回日本RNA学会年会,那覇, 2023-7-5/7
Shushi Kaneko, Naoko Fujiwara, Takeshi Chujo, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Tetsuro Hirose,Analysis of SIST lncRNAs that form nuclear bodies upon serum starvation stress,第24回日本RNA学会年会,那覇,2023-7-5/7,(ポスター発表)
Masaki Takahashi, Ryo Amano, Kaku Goto, ☆Akiya Michishita, Akiko Ichinose, Kazumi Haga, Meng Ling Moi, Michiaki Hamada, Yoshikazu Nakamura,Generation of virus-neutralizing aptamers by VLP-SELEX,第24回日本RNA学会年会, 那覇, 2023-7-5/7, (ポスター発表)
Masahiro Onoguchi, Shungo Adachi, Michiaki Hamada,Comprehensive analysis of the LINE1-associated proteins and estimation of novel regulators of LINE1,第24回日本RNA学会年会,那覇,2023-7-5/7,(ポスター発表)
Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada,The Lomb-Scargle Periodogram-Based Algorithm to Detect Differentially Expressed Genes Along Pseudotime,第24回日本RNA学会年会,那覇,2023-7-5/7,(ポスター発表)
☆柳本香菜美,細田至温,佐藤美和,浜田道昭,タンパク質言語モデルを利用した抗生物質耐性メカニズムの予測,第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会,沖縄科学技術大学院大学 (OIST) ,2023-7-1
☆道下瑛陽,角俊輔,岩野夏樹,浜田道昭,頻度情報を考慮したアプタマー生成モデルの開発,第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会,沖縄科学技術大学院大学 (OIST),2023-7-1
三森隆広,浜田道昭,微分可能な樹形表現による系統樹推定手法の開発,第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会,沖縄科学技術大学院大学 (OIST),2023-7-1
Chao Zeng, Michiaki Hamada, Integrated database for RNA-targeting drug discovery, Cold Spring Harbor Asia Conference: The Now and Future of RNA Therapeutics, 2023-6-19/23, Awaji, (poster)
☆武田淳志,福永津嵩,浜田道昭,グラフ表現による,構造変異を考慮した転移因子解析基盤の開発,第21回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会,2023-6-14,オンライン開催, (ポスター発表)
☆横山源太朗,細田至温,福永津嵩,浜田道昭,隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定,第21回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会,2023-6-14,オンライン開催,(ポスター発表)
☆小菅将斗,伊東潤平,浜田道昭,KZFP 遺伝⼦群の転移因⼦を介した遺伝⼦発現への寄与の解明,第21回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会,2023-6-14,オンライン開催,(ポスター発表)
Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, The Lomb-Scargle Periodogram-Based Algorithm to Detect Differentially Expressed Genes Along Pseudotime, BIOINFORMATICS 2023, 2023-2-16/18, Lisbon, Portugal
Naoki Osato, Michiaki Hamada, Systematic discovery of regulatory motifs associated with an insulator function for human enhancer-promoter interactions international symposium on chromatin architecture: structure and function. ERATO International Symposium on Chromatin Architecture: Structure and Function, Virtual, 2023-1-24/25
Chao Zeng, Michiaki Hamada, Landscape of semi-extractable RNAs across five human cell lines / 5種類のヒト細胞株における難溶性RNAのランドスケープ,先進ゲノム支援2022年度拡大班会議,パシフィコ横浜,2023-1-19
2022年
受賞 / Awards
Junna Kawasaki, 優秀ポスター賞, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022)
☆Shunsuke Sumi, 優秀ポスター賞, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022)
☆久保 顕登,Best Activator Award,生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日
☆武田 淳志,横山 源太朗,小菅 将斗,道下 瑛陽,久保 顕登,Best NGS Award,生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日
☆角 俊輔,年会特別賞(ポスター発表),第23回日本RNA学会年会
浜田道昭,早稲田大学 次代の中核研究者 2022
招待講演・依頼講演
Michiaki Hamada, AI aptamer drug discovery, Special session invited talk, GIW / ISCB-Asia 2022, Dec 14, 2022, Tainan, Taiwan
浜田道昭,AIアプタマー創薬プロジェクト,2022年度CREST「バイオDX」領域キックオフシンポジウム,ハイブリッド開催,2022年11月20日
浜田道昭,情報科学を用いた核酸医薬・mRNA医薬研究,第31回WAKO Web受託セミナー RNA合成の進展,ウェビナー,2022年11月22日
浜田道昭,RNAバイオインフォマティクス研究の最前線,千葉工業大学大学院 最先端生命科学特論 講演会 ,千葉工業大学,2022年9月27日
浜田道昭,RNA 情報学を用いた医薬学研究,特定非営利活動法人 mRNAターゲット創薬研究機構 2022年度第2回講演会,オンライン開催,2022年8月31日(水) 15:30~17:00
浜田道昭,AIアプタマー創薬 ―人工知能技術を用いたRNAアプタマー創薬の加速―,日本コンピュータ化学会20周年記念シンポジウム,東京工業大学,2022年6月1日
浜田道昭, RNA情報学を基軸とした創薬基盤研究, 千里ライフサイエンスセミナー,2022 年5月 24 日
Michiaki Hamada, AI aptamer drug discovery project, China-Japan Artificial Intelligence for Social Innovation Conference, 御茶ノ水ソラシティカンファレンスセンター, 22 March, 2022
浜田道昭, 【RNA研究の最前線】RNA情報学を基軸とした生命科学・医薬学研究,日本医科大学 講演会,2022年2月3日
浜田道昭, RNAを基軸とした創薬研究,EWE講演会,2022年1月17日(月),オンライン開催
プレスリリース
細胞の性分化を阻止する長鎖ノンコーディングRNAを発見,2022年10月21日
人工知能技術を応用した基盤情報技術RaptGenを開発,2022年6月3日
学術論文 / Journal Papers
Yukiteru Ono, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, PBSIM3: a simulator for all types of PacBio and ONT long reads, NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 4, Issue 4, December 2022, lqac092, https://doi.org/10.1093/nargab/lqac092
Yu Ono, Kenta Katayama, Tomoki Onuma, ☆Kento Kubo, Hayato Tsuyuzaki, Michiaki Hamada, Masamitsu Sato, Structure-based screening for functional non-coding RNAs in fission yeast identifies a factor repressing untimely initiation of sexual differentiation, Nucleic Acids Research, Volume 50, Issue 19, 28 October 2022, Pages 11229-11242, https://doi.org/10.1093/nar/gkac825
Tsukasa Fukunaga*, Michiaki Hamada, LinAliFold and CentroidLinAliFold: Fast RNA consensus secondary structure prediction for aligned sequences using beam search methods, Bioinformatics Advances, vbac078, https://doi.org/10.1093/bioadv/vbac078 Published: 22 October 2022
Chao Zeng*, ☆Atsushi Takeda, ☆Kotaro Sekine, Naoki Osato, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada*, Bioinformatics Approaches for Determining the Functional Impact of Repetitive Elements on Non-coding RNAs, Methods in Molecular Biology, 2509:315-340, 2022. doi: 10.1007/978-1-0716-2380-0_19
☆Natsuki Iwano, Tatsuo Adachi, Kazuteru Aoki, Yoshikazu Nakamura, Michiaki Hamada*, Generative aptamer discovery using RaptGen, Nature Computational Science, volume 2, pages378–386 (2022).
☆Keisuke Yamada, Michiaki Hamada, Prediction of RNA-protein interactions using a nucleotide language model, Bioinformatics Advances, Volume 2, Issue 1, 2022, vbac023, https://doi.org/10.1093/bioadv/vbac023, 07 April 2022
Mako Okabe, Shinya Takarada, Nariaki Miyao, Hideyuki Nakaoka, Keijiro Ibuki, Sayaka Ozawa, Kazuhiro Watanabe, Harue Tsuji, Ikuo Hashimoto, Kiyoshi Hatasaki, Shotaro Hayakawa, Yu Hamaguchi, Michiaki Hamada, Fukiko Ichida & Keiichi Hirono, G0S2 regulates innate immunity in Kawasaki disease via lncRNA HSD11B1-AS1, Pediatric Research, 15 March 2022. https://doi.org/10.1038/s41390-022-01999-9
Mukherjee, S.; Murata, A.; Ishida, R.; Sugai, A.; Dohno, C.; Hamada, M.; Krishna, S.; Nakatani, HT-SELEX based identification of binding pre-miRNA hairpin-motif for small molecule, Mol. Ther. Nucleic Acids, Volume 27, 8 March 2022, Pages 165-174. https://doi.org/10.1016/j.omtn.2021.11.021
研究発表 / Presentations
Masahiro Onoguchi, Shungo Adachi, and Michiaki Hamada, Comprehensive analysis of the LINE1-associated proteins and estimation of novel regulators of LINE1, Cold Spring Harhor Asia RNA Biology, December 5-9, 2022, AWAJI, JAPAN
Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Yahiro Mukai, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie, ウイルス考古学:生物ゲノムからウイルスの分子化石を発掘する(ワークショップ), 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ
Aika Shimono, Yutaro Wakabayashi, Kosuke Ishikawa, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Shinya Watanabe, Kentaro Semba, 小胞体ストレスに応答する新規IncRNA TISPLの転写メカニズムの解明, 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ
Ryo Amano, ☆Akiya Michishita, ☆Ryota Nakano, Akiko Ichinose, Michiaki Hamada, Yoshikazu Nakamura, Masaki Takahashi, Multi-VLP SELEXとin silico解析によるデングウイルス中和アプタマーの創製戦略, 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ
Naoki Osato, Michiaki Hamada, ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見(ワークショップ), 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ
☆SHUO MA, Michiaki Hamada, Sequence based analysis about chromatin associated long non-coding RNAs, 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ
Masahiro Onoguchi, Shungo Adachi, Michiaki Hamada, LINE1配列と相互作用するタンパク質の網羅的解析と新規制御因子の探索, 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ
Kaku Goto, Ryo Amano, Michiaki Hamada, Yoshikazu Nakamura, Masaki Takahashi, RNA aptamers impeding chikungunya virus entry, 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ
☆武田 淳志, 野中 大輔, 今津 裕太, 福永 津嵩, 浜田 道昭, Inexact seedを用いた散在反復配列検出手法の開発, (ショートトーク), 情報処理学会 第72回バイオ情報学研究発表会(sigbio72), 東京工業大学大岡山キャンパス, 2022年11月29日
☆久保顕登,福永津嵩,浜田道昭,A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure,(ショートトーク)第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,慶應義塾大学矢上キャンパス,2022年10月15日
☆須賀幹太,山田啓介,浜田道昭,5'UTR sequence generation using natural language processing model,(ショートトーク)第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,慶應義塾大学矢上キャンパス,2022年10月15日
☆道下瑛陽,角俊輔,岩野夏樹,浜田道昭,An Aptamer Generating Model Using RNA Secondary Structure Information,(ショートトーク)第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,慶應義塾大学矢上キャンパス,2022年10月15日
☆川崎千晶,井内仁志,川崎純菜,浜田道昭,Prediction of coronavirus hosts using a protein language model,(ショートトーク)第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,慶應義塾大学矢上キャンパス,2022年10月15日
☆横山源太朗,細田至温,福永津嵩,浜田道昭,隠れマルコフモデルを用いた腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定,(ショートトーク)第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,慶應義塾大学矢上キャンパス,2022年10月15日
☆鏑木惟蕗,福永津嵩,浜田道昭,A neural network model for sequence comparison applicable to multiple RNA families,(ショートトーク)第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,慶應義塾大学矢上キャンパス,2022年10月15日
☆山脇龍馬,曽超,浜田道昭,Research on RNA:RBP interactions considering RNA secondary structure,(ショートトーク)第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,慶應義塾大学矢上キャンパス,2022年10月15日
☆武田淳志 ,川崎 純菜,齋藤 裕,本野 千恵,倪 聖亮,Martin C Frith,浜田 道昭,Virus protein fossils in vertebrate genomes,(ショートトーク)第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,慶應義塾大学矢上キャンパス,2022年10月15日
☆原快成,岩野夏樹,福永津嵩,浜田道昭,Accelerating RNA accessibility prediction by deep learning,(ロングトーク)第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,慶應義塾大学矢上キャンパス,2022年10月15日
☆柳本香菜美,細田至温,浜田道昭,Prediction of antibiotic resistance genes using BERT,(ロングトーク)第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,慶應義塾大学矢上キャンパス,2022年10月15日
大里直樹, 浜田道昭, ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見, 日本遺伝学会第94回大会, ハイブリッド開催(オンライン発表), 2022/9/14-16, 北海道大学
☆Kaisei Hara, Natsuki Iwano, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 深層学習を用いたRNAアクセシビリティ予測の高速化, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
☆Miyako Ishihara, Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, ニューロンにおける転移因子の転移異常と統合失調症発症の関係, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
☆Shiina Naito, ☆Taro Matsutani and Michiaki Hamada, 時間的異質性を考慮した,がんの発生原因解明に向けた変異シグネチャの解析, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
☆Akiya Michishita, ☆Shunsuke Sumi, Natsuki Iwano and Michiaki Hamada, 二次構造情報を考慮したアプタマー生成モデルの開発, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
☆Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, E-value計算を行う,構造を考慮した高速なRNA相同性検索ツールの開発, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
☆Gentaro Yokoyama, Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Keizo Tomonaga and Masayuki Horie, 公共データの再利用によるRNAウイルス配列の大規模調査, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
☆Kanami Yagimoto, Shion Hosoda and Michiaki Hamada, 遠位配列の相互作用を考慮した抗生物質耐性メカニズム分類手法の提案, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
Yukiteru Ono, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai, PBSIM3: a simulator for all types of PacBio and ONT long reads, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
☆Nagi Yoshitsugu, Chao Zeng and Michiaki Hamada, レファレンスフリーツールを含む発現変動解析ツールの比較, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
Takahiro Mimori and Michiaki Hamada, Phylogenetic Inference in Continuous Space, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
☆Taro Matsutani and Michiaki Hamada, 単細胞シーケンシングデータを利用した変異シグネチャーに基づく高精度な腫瘍進化史推定ツールの開発, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
☆Atsushi Takeda, Daisuke Nonaka, Yuta Imazu, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, De novo repeat detection using inexact seed, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
☆Shunsuke Sumi, Hirohide Saito and Michiaki Hamada, 機能性RNA設計のための深層生成モデルの開発, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 高速なRNA共通二次構造予測手法LinAliFold及びCentroidLinAliFoldの開発, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
Naoki Osato and Michiaki Hamada, ヒトのクロマチン相互作用のインシュレータ機能と関わる転写因子の網羅的な解析と 発見, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター
☆横山 源太朗,隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定,生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日
☆山田 啓介,潜在表現の多目的最適化によるヒト5'UTR配列生成,生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日
☆道下 瑛陽,二次構造情報を考慮したアプタマー生成モデルの開発,生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日
☆武田 淳志,ゲノムの未知領域を探索する,生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日
☆小菅 将斗,KRAB-ZFP遺伝子群の組織特異的遺伝子発現への寄与の解明,生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日
☆久保 顕登,E-value計算を行う,構造を考慮した高速なRNA相同性検索ツールの開発,生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日
Naoki Osato, Michiaki Hamada, Systematic discovery of regulatory motifs associated with the insulator function of human enhancer-promoter interactions. Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2022/7/10-14. Madison, Wisconsin, USA, ハイブリッド開催(口頭発表)
☆Shunsuke Sumi, Michiaki Hamada, Hirohide Saito, A novel deep learning architecture enables efficient functional RNA design, 第23回日本RNA学会年会, 2022/7/20~22, 京都
Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, LinAliFold and CentroidLinAliFold: Fast RNA consensus secondary structure prediction tools based on beam search methods, 第23回日本RNA学会年会, 2022/7/20~22, 京都
Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, Fast Fourier transform-based detection of differentially expressed genes associated with pseudotime in scRNA-seq, 第23回日本RNA学会年会, 2022/7/20~22, 京都
Chao Zeng, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose, Michiaki Hamada, De novo assembly and characterization of semi-extractable RNAs, 第23回日本RNA学会年会, 2022/7/20~22, 京都
Eito Ichihashi, Mai Kubota, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Kazuko Nisikura, Yusuke Siromoto, Masayuki Sakurai, Identify the effect of R-loop on transcriptional regulatory mechanisms, 第23回日本RNA学会年会, 2022/7/20~22, 京都
☆武田 淳志, 野中 大輔, 今津 裕太, 福永 津嵩, 浜田 道昭, データベースを用いない高感度散在反復配列検出手法の開発, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン
☆石原 京, 関根 光太郎, 小野口 真広, 浜田 道昭, ニューロンにおける転移因子の転移異常と統合失調症発症の関係, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン
☆松谷 太郎, 浜田 道昭, 階層ベイズモデルによる変異シグネチャーとSingle-cell WGSデータを用いた腫瘍内不均一性の推定, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン
☆久保 顕登, 福永 津嵩, 浜田 道昭, 構造を考慮した高速なRNA相同性検索ツールの開発, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン
☆小菅 将斗, KRAB-ZFP遺伝子群の組織特異的遺伝子発現への寄与の解明, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン
☆原 快成, 岩野 夏樹, 福永 津嵩, 浜田 道昭, 深層学習を用いたRNAアクセシビリティ予測の高速化, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン
☆横山源太朗, 細田至温, 福永 津嵩, 浜田 道昭, 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン
日本語総説・著書 / Japanese Reviews or Books
井内仁志, DeepLとGrammarlyを使って最速で英文を執筆する ─ 無料の翻訳/英文校正サービスを使って高品質な英文を作成する(第5章, 5), 実験医学増刊 Vol.40 No.17.
☆松谷太郎, がんゲノム研究における変異シグネチャー解析の展開, JSBi Bioinformatics Review 3巻(2022)2号 pp.75-87.
大里直樹, 浜田道昭, 機械学習による遺伝子転写制御に関わる因子の探索, 月刊細胞(ニューサイエンス社)2022年11月号(特集 翻訳制御の最前線), 62-64.
浜田道昭,RNA情報科学・AI技術を融合したAIアプタマー創薬技術の開発,革新的AI創薬最前線(第5章,第5節),株式会社NTS (in press)
2021年
招待講演・依頼講演
浜田道昭, AIアプタマー創薬,分子生物学会ワークショップ1PWS1-09 12月1日(水)15:45~17:15 アプタマー研究の最前線
浜田道昭,ゲノム社会とバイオインフォマティクス,日本バイオインフォマティクス学会・日本オミックス医学会 合同シンポジウム, IIBMP2021, 2021年9月28日
浜田道昭,AIアプタマー創薬プロジェクト,日本医科大学・早稲田大学合同シンポジウム, 2021年6月19日, オンライン
浜田道昭,RNA情報学の最前線,生命情報科学勉強会@宮崎大学,2021年5月26日 17:00~18:30, オンライン
浜田道昭,RNAバイオインフォマティクスの最前線,名古屋大学,2021年1月19日(火),オンライン
受賞 / Awards
浜田道昭,早稲田大学リサーチアワード(国際研究発信力),2021年12月7日
☆道下瑛陽,生命情報科学若手の会 第13回研究会,Best Helper Award(3rd place)
学術論文 / Journal Papers
Shitao Zhao*, Michiaki Hamada*, Multi-resBind: a residual network-based multi-label classifier for in vivo RNA binding prediction and preference visualization, BMC Bioinformatics volume 22, Article number: 554 (2021). https://doi.org/10.1186/s12859-021-04430-y
Yu Hamaguchi*, Chao Zeng, Michiaki Hamada*, Impact of human gene annotations on RNA-seq differential expression analysis, BMC Genomics, 22:730, 2021. doi: 10.1186/s12864-021-08038-7
☆Taro Matsutani, Michiaki Hamada, Clone decomposition based on mutation signatures provides novel insights into mutational processes, NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 3, Issue 4, December 2021, lqab093, https://doi.org/10.1093/nargab/lqab093
Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Ayako Matsumaru, Michiaki Hamada*, Binding patterns of RNA binding proteins to repeat-derived RNA sequences reveal putative functional RNA elements, NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 3, Issue 3, September 2021, lqab055, https://doi.org/10.1093/nargab/lqab055
Hitoshi Iuchi*, Taro Matsutani, Keisuke Yamada, Natsuki Iwano, Shunsuke Sumi, Shion Hosoda, Shitao Zhao, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada*, Representation learning applications in biological sequence analysis, Computational and Structural Biotechnology Journal, Volume 19, 2021, Pages 3198-3208
☆Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model, Volume 37, Issue Supplement_1, July 2021, Pages i16–i24, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab287 (accepted in ISMB/ECCB2022 to be published in Bioinformatics)
Satoshi Takahashi, Rintaro Noro, Masahiro Seike*, Chao Zeng, Masaru Matsumoto, Akiko Yoshikawa, Shinji Nakamichi, Teppei Sugano, Mariko Hirao, Kuniko Matsuda, Michiaki Hamada, Akihiko Gemma, Long Non-Coding RNA CRNDE is Involved in Resistance to EGFR Tyrosine Kinase Inhibitor in EGFR-Mutant Lung Cancer via eIF4A3/MUC1/EGFR Signaling, International Journal of Molecular Sciences, 22(8):4005, 2021. doi: 10.3390/ijms22084005
Morteza M. Saber, Marziyeh Karimiavargani, Takanori Uzawa, Nilmini Hettiarachchi, Michiaki Hamada, Yoshihiro Ito, Naruya Saitou, Possible roles for the hominoid-specific DSCR4 gene in human cells, Genes & Genetic Systems, Article ID: 20-00012, https://doi.org/10.1266/ggs.20-00012
Hitoshi Iuchi* and Michiaki Hamada*, Jonckheere-Terpstra-Kendall-based nonparametric analysis of temporal differential gene expression, NAR Genomics and Bioinformatics Volume 3, Issue 1, March 2021, lqab021, https://doi.org/10.1093/nargab/lqab021
Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, Identification of m6A-associated RNA binding proteins using an integrative computational framework, Frontiers in Genetics, 12:625797, 2021. doi: 10.3389/fgene.2021.625797
Chao Zeng*, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada*, Association analysis of repetitive elements and R-loop formation across species, Mobile DNA, 12(3), 2021. doi: 10.1186/s13100-021-00231-5. [bioRxiv] [preLights]
Chao Zeng, Michiaki Hamada*, Detection and characterization of ribosome-associated lncRNA, Methods in Molecular Biology. 2021, 2254:179-194. doi: 10.1007/978-1-0716-1158-6_11. [URL]
研究発表 / Presentations
松永 浩子,牧野 祐樹,杉山 夏緒里,我妻 竜太,山﨑 美輝,鈴木 直子,浜口 悠,浜田 道昭,竹山 春子, 組織空間的な転写産物解析による新生児マウス心機能発現制御機構の解析,第44回日本分子生物学会年会,横浜,2021年12月1日〜3日
松永 浩子,牧野 祐樹,杉山 夏緒里,我妻 竜太,山﨑 美輝,鈴木 直子,浜口 悠,浜田 道昭,竹山 春子,組織空間的な転写産物解析によるマウス心機能発現制御機構の解析,第73回 日本生物工学会大会,オンライン開催,2021年10月27日〜29日
大里直樹、浜田道昭, ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発, 第44回日本分子生物学会年会, 2021/12/1-3, パシフィコ横浜, オンライン開催(ハイブリッド開催)
大里直樹、浜田道昭, ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発, 第68回バイオ情報学研究会, 2021/11/30, オンライン開催
大里直樹、浜田道昭, 深層学習を用いた、ヒトのエンハンサー・遺伝子相互作用に影響する転写因子の解析, JST CREST 「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」 キックオフシンポジウム「バイオDXの最前線」, 2021/11/21-22, オンライン開催(口頭発表)
大里直樹、浜田道昭, 深層学習の予測結果に寄与する因子の大規模な解析に伴うノイズの影響の低減, 第24回情報論的学習理論ワークショップ, 2021/11/10-13, オンライン開催
大里直樹、浜田道昭, ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発, 第67回バイオ情報学研究会, 2021/9/30, オンライン開催
Naoki Osato, Systematic discovery of directional chromatin-associated regulatory motifs affecting human gene transcription, CSHL meeting Mechanisms of Eukaryotic Transcription, 2021/8/31-9/3, オンライン開催
Naoki Osato, Systematic discovery of directional chromatin-associated regulatory motifs affecting human gene transcription, Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2021/7/25-30, オンライン開催
☆柳本香菜美, Classification of antibiotic resistance mechanisms considering the interaction of distal sequences, (ショートトーク)第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2021年11月13日
☆道下瑛陽, 二次構造情報を考慮したアプタマー生成モデル, (ショートトーク)第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2021年11月13日
☆内藤詩菜, The analysis of mutational signatures for understanding carcinogenesis considering temporal heterogeneity, (ショートトーク)第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2021年11月13日
☆久保顕登, A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure, (ショートトーク)第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2021年11月13日
☆武田淳志, De novo repeat detection using inexact seed, (ショートトーク)第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2021年11月13日
☆関根光太郎, The function of transposons as cell-type specific gene regulatory regions in the adult mouse brain, (ロングトーク)第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2021年11月13日
☆横山源太朗, Estimation of Stability of State Transition of Human Gut Microbiota Using Hidden Markov Model, (ロングトーク)第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2021年11月13日
☆横山 源太朗,隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定,生命情報科学若手の会 第13回研究会,オンライン開催,2021年10月22日〜24日
☆山田 啓介,BERTを用いた長鎖RNA配列の特徴表現,生命情報科学若手の会 第13回研究会,オンライン開催,2021年10月22日〜24日
☆柳本 香菜美,遠位配列の相互作用を考慮した抗生物質耐性メカニズム分類手法の提案,生命情報科学若手の会 第13回研究会,オンライン開催,2021年10月22日〜24日
☆道下 瑛陽,RNAアプタマー生成モデルの開発,生命情報科学若手の会 第13回研究会,オンライン開催,2021年10月22日〜24日
☆内藤 詩菜,がんにおける変異シグネチャの解析,生命情報科学若手の会 第13回研究会,オンライン開催,2021年10月22日〜24日
☆武田 淳志,inexact seedを用いた散在反復配列検出,生命情報科学若手の会 第13回研究会,オンライン開催,2021年10月22日〜24日
☆久保 顕登,RNA向け相同性検索ツールの開発,生命情報科学若手の会 第13回研究会,オンライン開催,2021年10月22日〜24日
☆Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催 (ハイライト https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab287)
☆Keisuke Yamada and Michiaki Hamada, Prediction of RNA-protein interactions using a nucleotide language model, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催 (ハイライト https://doi.org/10.1101/2021.04.27.441365)
☆Taro Matsutani and Michiaki Hamada, 変異アレル頻度を考慮したヒトがんゲノムの変異シグネチャー解析, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催 (ハイライト https://doi.org/10.1101/2021.05.08.443215)
☆Natsuki Iwano, Tatsuo Adachi, Kazuteru Aoki, Yoshikazu Nakamura and Michiaki Hamada, RaptGen: A variational autoencoder with profile hidden Markov model for generative aptamer discovery, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催 (ハイライト https://doi.org/10.1101/2021.02.17.431338)
Hitoshi Iuchi and Michiaki Hamada, Jonckheere-Terpstra-Kendall-based non-parametric analysis of temporal differential gene expression, 2021/9/27~29, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), オンライン開催 (ハイライト https://doi.org/10.1093/nargab/lqab021)
☆Atsushi Takeda, Yuta Imazu, Daisuke Nonaka, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, De novo Repeat Detection using Inexact Seed, 2021/9/27~29, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), オンライン開催 (口頭発表)
☆横山 源太朗、☆細田 至温、福永 津嵩、浜田 道昭, 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Taro Matsutani and Michiaki Hamada, 変異クラスに依存しない階層ベイズモデルに基づくがんゲノムのIndelシグネチャー決定, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, 脳における細胞種特異的なDNA結合モチーフとしての転移因子の機能, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Arisa Nozaki, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, 液-液相分離の現象に着目したエンハンサーRNAの機能解析, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Miyako Ishihara, ☆Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, ニューロンにおける転移因子の転移異常と統合失調症発症の関係, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Risa Akita, ☆Taro Matsutani and Michiaki Hamada, IS-divergenceを用いた非負値行列因子分解による変異シグネチャ抽出ツールの改善, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Kaisei Hara, Natsuki Iwano, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 深層学習を用いたRNAアクセシビリティ予測の高速化, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Shion Hosoda and Michiaki Hamada, 細菌叢データにおける系統樹に基づいた回帰のためのベイジアンモデルの提案, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Ryo Niwa, Chao Zeng and Michiaki Hamada, 転写因子結合部位として働く反復配列の発見とその機能の解明, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Chisato Yuki and Michiaki Hamada, 塩基対確率に基づくRNA二次構造検索ツールの開発, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Risa Maemura, ☆Shion Hosoda and Michiaki Hamada, LDAを使用した微生物-代謝物相互作用の推定, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure with E-value calculation, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
大里 直樹、浜田 道昭, ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の発見, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
曽 超、浜田 道昭, リピート配列由来の機能エレメントの探索, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada and Tsukasa Fukunaga, E.coli K-12 MG1655株の機能未知遺伝子群y-omeの特徴解析及びその機能予測可能性の検証, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
Yu Hamaguchi, Chao Zeng and Michiaki Hamada, ヒト遺伝子アノテーションがRNA-seq解析に与える影響の評価, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催
☆Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada, The function of transposons as regulatory DNA elements in excitatory neurons, 第44回日本神経科学大会・CJK第1回国際会議, オンライン開催, 2021年7月28日〜31日
☆Miyako Ishihara, Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada, Relationship between abnormal retrotransposition and development of schizophrenia in neurons, 第44回日本神経科学大会・CJK第1回国際会議, オンライン開催, 2021年7月28日〜31日
☆Keisuke Yamada, Michiaki Hamada, Prediction of RNA-Protein Interactions Using a Nucleotide Language Model, The 2021 ICML Workshop on Computational Biology, 2021/7/24, オンライン開催
Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, Jonckheere–Terpstra–Kendall-based non-parametric analysis of temporal differential gene expression, 第22回日本RNA学会年会, 2021/7/7~9, オンライン開催
Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Ayako Matsumaru, Michiaki Hamada, Binding Patterns of RNA Binding Proteins To Repeat-Derived RNA Sequences Reveal Putative Functional RNA Elements, 第22回日本RNA学会年会, 2021/7/7~9, オンライン開催
☆Keisuke Yamada, Michiaki Hamada, Prediction of RNA-Protein Interactions Using a Nucleotide Language Model, 第22回日本RNA学会年会, 2021/7/7~9, オンライン開催(口頭発表)
Chao Zeng, Michiaki Hamada, Searching for Repeat-derived Functional Elements in RNAs, 第22回日本RNA学会年会, 2021/7/7~9, オンライン開催
Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada, Binding patterns of RNA binding proteins to repeat-derived RNA sequences reveal putative functional RNA elements, Noncoding RNAs: Biology and Applications (Keystone Symposia), 2021/5/11~14, Virtual
日本語総説・著書 / Japanese Reviews or Books
大里直樹, 浜田道昭 実験データ解析と機械学習による転写制御因子の探索, 月刊細胞(ニューサイエンス社)2021年12月号(特集 エピトランスクリプトミクス), 67-71.
2020年
学術論文 / Journal papers
☆Taro Matsutani, Michiaki Hamada*, Parallelized latent Dirichlet allocation provides a novel interpretability of mutation signatures in cancer genomes, Genes (Basel). 2020 Sep 25;11(10):E1127. doi: 10.3390/genes11101127.
Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada*, PBSIM2: a simulator for long read sequencers with a novel generative model of quality scores, Bioinformatics. 2020 Sep 25:btaa835. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa835.
Shun Sakuraba, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Tomoshi Kameda, Genichiro Tsuji, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Kiyoshi Asai*, Nearest-neighbor parameter for inosine-cytosine pairs through a combined experimental and computational approach, Journal of Chemical Theory and Computation, J Chem Theory Comput. 2020 Sep 8;16(9):5923-5935. doi: 10.1021/acs.jctc.0c00270. Epub 2020 Aug 18. [BioRxiv]
Chao Zeng*, Michiaki Hamada*, RNA-seq analysis reveals localization-associated alternative splicing across 13 cell lines, Genes (Basel). 2020 Jul 18;11(7):820. doi: 10.3390/genes11070820.
☆Hosoda S, Nishijima S, Fukunaga T, Hattori M, Hamada M.*, Revealing microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation, Microbiome . 2020 Jun 23;8(1):95. doi: 10.1186/s40168-020-00864-3. [Biorxiv]
☆Ishida, Ryoga; Adachi, Tatsuo; ☆Yokota, Aya; Yoshihara, Hidehito; Aoki, Kazuteru; Nakamura, Yoshikazu; Hamada, Michiaki*, RaptRanker: in silico RNA aptamer selection from HT-SELEX experiment based on local sequence and structure information, Nucleic Acids Res. 2020 Jun 15:gkaa484. doi: 10.1093/nar/gkaa484.
☆Yiqian Zhang and Michiaki Hamada*, MoAIMS: Efficient Software for Detection of Enriched Regions of MeRIP-Seq, BMC Bioinformatics. 2020 Mar 14;21(1):103. doi: 10.1186/s12859-020-3430-0.
Risa Fujita#, Tatsuro Yamamoto#, Yasuhiro Arimura, Saori Fujiwara, Hiroaki Tachiwana, Yuichi Ichikawa, Yuka Sakata, Liying Yang, Reo Maruyama, Michiaki Hamada, Mitsuyoshi Nakao, Noriko Saitoh* and Hitoshi Kurumizaka*, Nucleosome destabilization by nuclear-RNA, Commun Biol. 2020 Feb 11;3(1):60. doi: 10.1038/s42003-020-0784-9.
Chawnshang Chang, Hangchuan Shi, Yin Sun, Miao He, Xiong Yang, Michiaki Hamada, Tsukasa Fukunaga, and Xiaoping Zhang, Targeting the TR4 nuclear receptor-mediated lncTASR/AXL signaling with Tretinoin increases the Sunitinib sensitivity to better suppress the RCC progression, Oncogene. 2020 Jan;39(3):530-545. doi: 10.1038/s41388-019-0962-8. Epub 2019 Sep 9.
招待講演・依頼講演
浜田道昭,核酸医薬品開発に向けたバイオインフォマティクス技術,第15回理研「バイオものづくり」シンポジウム,理化学研究所,2020年12月4日,オンライン
浜田道昭,AIアプタマー創薬の実現に向けた情報技術,NVIDIA GPU Technology Conference (GTC), 2020年10月5日ー9日,オンライン
浜田道昭,AIアプタマー創薬プロジェクト,CREST「人工知能」領域 第3回 成果展開シンポジウム,2020年9月23日,オンライン
浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明に向けたバイオインフォマティクス,ゲノム創薬・創発フォーラム 第 3 回シンポジウム (主要テーマ:RNA関連の基礎研究とその創薬応用), 2020 年 2 月 3 日 (月) 13:00 – 18:00,東京大学医科学研究所附属病院 A棟8階 トミーホール
ワークショップ
秋光 信佳 ,浜田 道昭,第43回日本分子生物学会 ワークショップ 1PW-03 / RNAリインカネーション 2020/12/02 15:30~18:00 Ch 03
研究発表 / Presentations
天野 亮 ,一ノ瀬 顕子 ,浜田 道昭 ,中村 義一 ,高橋 理貴,ウイルス様粒子とin silico解析を用いたデングウイルス中和アプタマーの創製,第43回日本分子生物学会
関根 光太郎 ,小野口 真広 ,浜田 道昭,興奮性ニューロンにおける調節DNA要素としてのトランスポゾンの機能,第43回日本分子生物学会
小野口 真広 ,浜田 道昭,LINE1配列に結合するRNA結合タンパク質の同定とRNA機能エレメントの推定,第43回日本分子生物学会
Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada, Bioinformatic approaches for understanding RNA reincarnation,第43回日本分子生物学会,口頭発表
☆石井裕也,In silico prediction of shortened aptamers from HT-SELEX data,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ライトニングトーク)
☆武田淳志,De novo repeat detection using inexact seed,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ライトニングトーク)
☆久保顕登,A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure with E-value calculation,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ライトニングトーク)
☆石原京,Investigation of schizophrenia based on DNA demethylation of transposable elements,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ライトニングトーク)
☆関根光太郎,The role of transposons as cell type-specific regulatory DNA elements in the brain,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ライトニングトーク)
☆岩野夏樹,変分オートエンコーダとベイズ最適化を利用した候補アプタマー選択の効率化,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ロングトーク)
☆細田至温,環境の変動を考慮した確率モデルに基づく細菌間相互作用推定手法の開発,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ロングトーク)
Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Risa Maemura☆, Michiaki Hamada, Sequence characterization of R-loop-forming RNAs in mammals, Transposable Elements (CSHL meeting), 2020/10/6~9, Online
髙橋聡、野呂林太郎、吉川明子、中道真仁、菅野哲平、松本優、武内進、平尾真季子、松田久仁子、Chao Zeng、浜田道昭、久保田馨、清家正博、弦間昭彦, ドライバー遺伝子異常肺癌の薬剤耐性機序における長鎖ノンコーディングRNAの意義/Significance of long non-coding RNA associated with drug resistance in lung cancer with driver mutation, 第60回日本呼吸器学会学術講演会, 2020/9/20~22, 神戸コンベンションセンター
Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, PBSIM2: simulator for long read sequencers with a novel generative model of quality scores, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日(口頭発表)
☆Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori, Michiaki Hamada, Revealing the microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日(ハイライトトラック)
☆Saki Amatsu, ☆Wataru Okada, Yu Hamaguchi, Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose, Michiaki Hamada, in silico解析によるarchitectural RNA共通特徴の発見, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日
☆Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada, 脳における細胞種特異的なDNA制御領域としての転移因子の役割, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日
☆Natsuki Iwano, Michiaki Hamada, 変分オートエンコーダとベイズ最適化を用いたアプタマー配列の選択, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日
☆岩野夏樹, 浜田道昭, 結合性試験を行うアプタマー候補配列の効率的な選択, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(口頭発表)
☆関根光太郎, 小野口真広, 浜田道昭, 脳における細胞種特異的なDNA制御領域としての転移因子の役割, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(口頭発表)
☆天津早貴, 岡田航, 浜口悠, 曽超, 小野口真広, 中條岳志, 廣瀬哲郎, 浜田道昭, in silico解析によるarchitectural RNA共通特徴の発見, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)
☆久保顕登, 福永津嵩, 浜田道昭, E-value計算を行う, 構造を考慮したRNA相同性検索ツールの開発, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)
☆武田淳志, 今津裕太, 野中大輔, 福永津嵩, 浜田道昭, Ab initioな反復配列の検出法による未知の反復配列の発見, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)
☆野崎安利紗, 小野口真広, 浜田道昭, エンハンサーRNAの機能解明に向けたRNA結合タンパク質との相互作用解析, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)
☆横山源太朗, 細田至温, 福永津嵩, 浜田道昭, 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)
⼤沼友樹, ⽚⼭研太, 浜⽥道昭, 佐藤政充, バイオイ ンフォマティクスに基づく機能性non-coding RNAの探索, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)
☆Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, The role of transposons as cell type-specific regulatory DNA elements in the brain, 第43回日本神経科学大会, オンライン開催, 2020年7月29日〜31日
Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, Identification of m6A-associated RNA binding proteins using an integrative computational framework, 2020/7/14, Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) Conference 2020, オンライン開催
Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, The Jonckheere-Terpstra-Kendall based nonparametric algorithm to detect differentially expressed genes in time-series omics data, 2020/2/18~21, 8th Annual Winter q-bio conference, HI, US
Chao Zeng, Michiaki Hamada, Deciphering the effects of alternative splicing on RNA subcellular localization, Noncoding RNAs: Mechanism, Function and Therapies, 2020/1/12~16, Fairmont Chateau Whistler, Whistler, British Columbia, Canada
Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada, Analysis and estimation of functional domains of lncRNAs using eCLIP data, Noncoding RNAs: Mechanism, Function and Therapies, 2020/1/12~16, Fairmont Chateau Whistler, Whistler, British Columbia, Canada
2019年
学術論文 / Journal papers
☆Taro Matsutani, ☆Yuki Ueno, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada*, Discovering novel mutation signatures by latent Dirichlet allocation with variational Bayes inference, Bioinformatics. 2019 Nov 1;35(22):4543-4552. doi: 10.1093/bioinformatics/btz266.
Yuko Matsumura, Yasuhiko Ito, Yoshihiro Mezawa, Kaidiliayi Sulidan, Yataro Daigo, Toru Hiraga, Kaoru Mogushi, Nadila Wali, Urszula Polanska, Hiromu Suzuki, Takumi Itoh, Yohei Miyagi, Tomoyuki Yokose, Satoru Shimizu, Atsushi Takano, Yasuhisa Terao, Harumi Saeki, Masayuki Ozawa, Masaaki Abe, Satoru Takeda, Ko Okumura, Sonoko Habu, O Hino, Kazuyoshi Takeda, Michiaki Hamada, and Akira Orimo, Stromal fibroblasts induce metastatic tumor cell clusters via epithelial-mesenchymal plasticity, Life Sci Alliance. 2019 Jul 22;2(4). pii: e201900425. doi: 10.26508/lsa.201900425. Print 2019 Aug.
☆Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, and Michiaki Hamada*, Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data, IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2019 Sep-Oct;16(5):1645-1655. doi: 10.1109/TCBB.2018.2813388. Epub 2018 Mar 12.
Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada*, LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data, Front Genet. 2019 May 28;10:462. doi: 10.3389/fgene.2019.00462. eCollection 2019.
Tani H, Matsutani T, Aoki H, Nakamura K, Hamaguchi Y, Nakazato T, Hamada M., Identification of RNA biomarkers for chemical safety screening in neural cells derived from mouse embryonic stem cells using RNA deep sequencing analysis. Biochem Biophys Res Commun. 2019 May 14;512(4):641-646. doi: 10.1016/j.bbrc.2018.11.141. Epub 2018 Nov 26.
招待講演
浜田道昭,⻑鎖ノンコーディングRNAの 機能の解明に向けた バイオインフォマティクス技術【招待講演】,2019年度 RNAフロンティアミーティング,2019年9⽉24⽇ IBM 天城ホームステッド
浜田道昭, RNAバイオインフォマティクス:技術開発と応用,2019年度 第1回 核酸を標的とした低分子創薬研究会, 大阪大学 産業科学研究所 ,2019年8月6日(招待講演)
研究発表 / Presentations
曽超、浜田道昭, リボソームプロファイリングデータのin silico解析:事例紹介/In silico analysis of ribosome profiling data: case studies, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋
韓晗, 山田俊理, 曽超, 浜田道昭, 鈴木穣, 秋光信佳, Role of MTR4, an RNA Decay Factor, in Nuclear mRNA Quality Control/RNA分解因子MTR4が核内mRNA品質管理に果たす役割の解明, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋
浜口悠, 曽超, 浜田道昭, 長鎖非コードRNA研究におけるRNA-seq解析パイプラインの評価/Assessment of RNA-seq analysis pipelines for lncRNAs , 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋
小野口真広、曽超、☆松丸綾子、浜田道昭, 転写産物中に存在する反復配列に結合するRNA結合タンパク質の解析 /Analysis of RNA binding proteins associated with repeat-derived RNAs, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋
Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Yu Hamaguchi, Michiaki Hamada, Detecting differentially expressed genomic regions from RNA-seq/RNA-seqデータより発現変動ゲノム領域の検出手法, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
小野口真広、曽超、松丸綾子、浜田道昭, eCLIPデータを用いた機能性RNA反復配列の推定/Estimation of functional repeat-derived RNAs using eCLIP data, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
若林佑太郎、寺内由希、石川公輔、曽超、小林雄太、浜田道昭、渡辺慎哉、仙波憲太郎, 小胞体ストレスに誘導されるlncESITに関する発現・機能解析/Expression and Function Analyses of lncESIT Induced by Endoplasmic Reticulum Stress, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
☆深見 匠、浜田 道昭, アフィンギャップを考慮した安全な個人ゲノム比較, 2019/12/3, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
☆石田 遼我、安達 健朗、横田 彩、青木 一晃、浜田 道昭, HT-SELEXデータを用いた高結合親和性RNAアプタマー同, 2019/12/3, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
☆Yiqian Zhang、浜田 道昭, Developing efficient software for detection of enriched regions of MeRIP-Seq, 2019/12/4, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
☆宮原 雅人、浜田 道昭, IRMの階層化とがん解析への応用, 2019/12/5, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
☆望月 万里名、浜田 道昭, FICを用いたメタゲノムのビニング, 2019/12/5, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
☆岩野 夏樹,浜⽥ 道昭,グラフニューラルネットワークを利用したSELEXデータからの結合性配列抽出,第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm
☆鈴木 ゆりあ,曽 超, 浜⽥ 道昭,二次構造を考慮したCRISPR/Cas13 crRNAのデザインツール開発,第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm
☆細田 至温,浜⽥ 道昭,MPPCAによるヒト腸内細菌叢の局所低次元構造の推定,第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm
Tatsuo Adachi, Ryoga Ishida, Aya Yokota, Kazuteru Aoki, Yoshikazu Nakamura, Michiaki Hamada, A novel in silico approach for RNA aptamer identification from High Throughput SELEX data, FEBS 2019 (Biosystem Design: Computational and Experimental Approaches), 29 September - 7 October 2019 │ Spetses Island, Greece
韓晗, 山田俊理, 曽超, 浜田道昭, 鈴木穣, 秋光信佳, Role of MTR4, an RNA Degradation Factor, in Nuclear mRNA Quality Control (RNA分解因子MTR4が核内のmRNA品質管理に果たす役割の解明), RNA Frontier Meeting 2019, 2019/9/24~26, 静岡県伊豆市(IBM天城ホームステッド)
浜口 悠,曽 超,浜田 道昭,lncRNA研究におけるRNA-seq解析手法の評価,2019年度 RNAフロンティアミーティング,2019年9⽉24⽇ IBM 天城ホームステッド
☆吉次 なぎ,浜田道昭,慢性炎症に関与するlncRNAの網羅的探索と機能推定,2019年度 RNAフロンティアミーティング,2019年9⽉24⽇ IBM 天城ホームステッド
折茂 彰 、伊藤 恭彦 、目澤 義弘 、醍醐 弥太郎 、樋野 興夫 、竹田 和由 、浜田 道昭 、松村 優子 , 癌関連線維芽細胞による中間型上皮間葉移行を呈した高転移性の乳癌 細胞クラスター形成, 第78回日本癌学会学術総会,2019年9月26日〜28日,国立京都国際会館
☆⽯⽥ 遼我,安達 健朗,☆横⽥ 彩,⻘⽊ ⼀晃,浜⽥ 道昭,HT-SELEX データを⽤いた⾼結合親和性 RNA アプタマー同定,第8回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2019), 東京工業大学,2019年9月9日〜11日
Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Identification and characterisation of ribosome-associated lncRNAs in human and mouse, RNA Informatics 2019 Wellcome Genome Campus Conference Centre, Hinxton, Cambridge 9 – 11 September
☆松谷太郎,浜田道昭,ベイズモデリングを用いた有効エピスタシス数の推定,日本育種学会 第136回講演会,近畿大学,2019年9月6日〜7日
☆望月万里名,FICを用いたメタゲノムのビニング,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日
☆関根光太郎,転移因子由来遺伝子調節領域に基づくニューロンサブタイプの再検討,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日
☆鈴木ゆりあ,二次構造を考慮したCRISPR/Cas13crRNAのデザインツール開発,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日
☆野崎安利紗,エンハンサーRNAの特徴抽出による機能解明,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日
☆今津裕太,Ab initioな反復配列の検出法による未知の反復配列の発見,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日
☆馬碩,Prediction,of interactions between long non coding RNA and chromatin,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日
☆Yiqian Zhang,Developing an efficient software for MeRIP-Seq signal detection,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日
☆松谷太郎,機械学習と育種,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日
☆白鳥哲嗣,隠れ状態を含むモデルの情報量基準,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日
☆宮原雅人,木構造棒折り過程によるIRMの階層化,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日
Chao Zeng, Michiaki Hamada, Differentially Expressed Genomic REgion Estimation (DEGREE) for RNA-seq data, 先進ゲノム支援班会議, 2019/8/27-28, 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト/千葉
浜口悠, 曽超, 浜田道昭, lncRNA研究における転写産物レベルでのRNA-seq解析手法の評価, 先進ゲノム支援班会議, 2019/8/27-28, 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト/千葉
☆Taro Matsutani, Michiaki Hamada, Hierarchical LDA reveals reasonable profiles of mutation signatures in cancer genomes, ISMB/ECCB 2019, 2019/7/24, Congress Center Basel, Switzerland.
☆Shion Hosoda, Michiaki Hamada, Estimation of microbe viability from human oral to gut, ISMB/ECCB 2019, 2019/7/24, Congress Center Basel, Switzerland.
☆天津 早貴,☆岡⽥ 航 ,浜⼝ 悠,曽 超,⼩野⼝ 真広,中條 岳志,廣瀬 哲郎,浜⽥ 道昭,architectural RNA 配列の特徴抽出,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日
☆⽯⽥ 遼我,安達 健朗,☆横⽥ 彩,⻘⽊ ⼀晃,浜⽥ 道昭,HT-SELEX データを⽤いた⾼結合親和性 RNA アプタマー同定,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日
☆岩野 夏樹,浜⽥ 道昭,グラフニューラルネットワークを利⽤した SELEX データからの結合性配列抽出,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日
浜⼝ 悠,曽 超,浜⽥ 道昭,lncRNA 研究における RNA-seq 解析パイプラインの評価,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日
曽 超,浜⽥ 道昭,選択的スプライシングが RNA の細胞内局在に与える影響のゲノムワイド解析,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日
浜田道昭, 人工知能技術を用いた革新的アプタマー創薬システムの開発,JST CREST「人工知能」研究領域 成果展開シンポジウム 第2回,2019年6月24日(月)
細田至温,浜田道昭,口内及び腸内細菌メタゲノムの確率モデリング,第123回MPS・第58回BIO合同研究発表会,沖縄科学技術大学院大学 (OIST),2019年6月19日
浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明を目指したバイオインフォマティクス技術,第6回 東京女子医科大学・早稲田大学 研究交流セミナー,2019/02/22,東京女子医科大学・早稲田大学連携 先端生命医科学研究教育施設
Junichi Iwakiri, Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Computational analysis pipeline for recent RNA-seq methods involving induced-substitutions, Frontiers of genome science 2019, 2019/01/09-10
☆Shion Hosoda and Michiaki Hamada, A new model for predicting metagenomic functional profile from 16S rRNA gene amplicon sequencing data, The 17th Asia Pacific BioinformaticsConference, January 14-16, 2019 | Wuhan , China
☆深見匠, 浜田道昭, セキュアな個人ゲノム類似度計算, 2019年 暗号と情報セキュリティシンポジウム,2019年1月22日〜25日,びわ湖大津プリンスホテル
2018年
書籍 / Books
藤 博幸(編集), 岩部 直之(著), 川端 猛(著), 浜田 道昭(著), 門田 幸二(著), 須山 幹太(著), 光山 統泰(著), 黒川 顕(著), 森 宙史(著), 東 光一(著), 吉沢 明康(著), 片山 俊明(著), よくわかるバイオインフォマティクス入門(KS生命科学専門書), 講談社 (2018)
招待講演
浜田道昭,Model Learning meets Biology ー生物データの背後に潜む「構造」を情報科学で明らかにするー,第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
学術論文 / Journal Papers
Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada*, Computational approaches for alternative and transient secondary structures of ribonucleic acids, Brief Funct Genomics. 2018 Jun 20;18(3):182-191. doi: 10.1093/bfgp/ely042. Review.
Chao Zeng and Michiaki Hamada, Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA, BMC Genomics. 2018 Dec 31;19(Suppl 10):906. doi: 10.1186/s12864-018-5275-8.
☆Yiqian Zhang and Michiaki Hamada*, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization of m6A-containing Sequences using Deep Learning, BMC Bioinformatics. 2018 Dec 31;19(Suppl 19):524. doi: 10.1186/s12859-018-2516-4.
Tsukasa Fukunaga*, Michiaki Hamada*, A novel method for assessing the statistical significance of RNA-RNA interactions between two long RNAs, J Comput Biol. 2018 Sep;25(9):976-986. doi: 10.1089/cmb.2017.0260. Epub 2018 Jul 2.
Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Identification and analysis of ribosome-associated lncRNAs using ribosome profiling data, BMC Genomics. 2018 May 29;19(1):414. doi: 10.1186/s12864-018-4765-z.
☆Taikai Takeda and Michiaki Hamada*, Beyond similarity assessment: Selecting the optimal model for sequence alignment via the Factorized Asymptotic Bayesian algorithm, Bioinformatics. 2018 Feb 15;34(4):576-584. doi: 10.1093/bioinformatics/btx643
Michiaki Hamada*, In silico approaches to RNA aptamer design, Biochimie. 2018 Feb;145:8-14. doi: 10.1016/j.biochi.2017.10.005.
☆Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada*, Identification of transposable elements contributing to tissue-specific expression of long non-coding RNAs, Genes (Basel). 2018 Jan 9;9(1). pii: E23. doi: 10.3390/genes9010023
研究発表 / Research presentations
浜口 悠,曽超,浜田道昭,シュミレーションデータを用いた転写産物レベルでのRNA-seq解析手法の評価(Evaluation of RNA-seq analysis methods at transcript level using simulation data),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日
曽超,浜田道昭,オミックスデータのDry解析 (Computational analyses for omics data),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日
曽超,浜田道昭,選択的スプライシングがRNAの局在に与える影響に関する研究 (Study on the effects of alternative splicing on RNA localization),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日
片山 研太、浜田 道昭、佐藤 政充 機能性non-coding RNAの二次構造に基づく探索, 第41回日本分子生物学会年会@横浜
宮原 雅人, 木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日
細田 至温, 階層ベイズモデルによるメタ16S菌種組成情報を用いたメタゲノム遺伝子プロファイル予測, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日
天津 早貴, architectural RNA配列の特徴抽出, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日
岩野 夏樹, ディープラーニングを用いたSELEX法の解釈と可視化, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日
Chao Zeng and Michiaki Hamada, Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA, BMC Genomics track, GIW 2018, December 3-5, 2018 in Kunming, China.
☆Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization of m6A-containing Sequences using Deep Learning, BMC Bioinformatics track, GIW 2018, December 3-5, 2018 in Kunming, China.
松谷 太郎,浜田 道昭,VB-LDAを用いた癌ゲノムにおける変異シグネチャー解析,第77回日本癌学会学術総会, 大阪,2018年9月27日〜29日
折茂 彰,伊藤 恭彦,目澤 義弘,Kadiliavi Sulidan,醍醐 太郎,Nadila Wali,樋野 興夫,竹田 和由,浜田 道昭,松村 優子,癌内線維芽細胞は中間型上皮間葉移行を呈した高転移性の乳癌細胞クラスター形成を誘導する,第77回日本癌学会学術総会, 大阪,2018年9月27日〜29日
☆島田 剛志 and 浜田 道昭 , 代謝ネットワーク再構築による海洋微生物群集の共生関係解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
☆松丸 綾子 and 浜田 道昭 , eCLIPデータを用いたRNA結合タンパク質と転移因子の結合特異性解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
☆木場 研吾 and 浜田 道昭 , Coupled HMMを用いたクロマチン状態の推定と機能解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
☆Shotaro Hayakawa, Mako Okabe, Keiichi Hirono and Michiaki Hamada, トランスクリプトーム解析による川崎病に関与する長鎖ノンコーディングRNAの探索および機能解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
☆深見 匠 and 浜田 道昭, 秘密分散を用いた安全な編集距離計算, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
☆細田 至温 , 西嶋 傑 , 福永 津嵩 , 服部 正平 and 浜田 道昭 細菌群及び遺伝子群に基づいたヒト腸内細菌叢解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
☆松谷太郎 and 浜田 道昭 VPYLMを用いた、がんゲノム突然変異の文脈探索, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
Chao Zeng and Michiaki Hamada A comprehensive analysis of the effects of alternative splicing on RNA localization in human, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
☆宮原 雅人 and 浜田 道昭 木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
☆松谷太郎「VPYLMを用いた癌ゲノム突然変異の変異文脈探索」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス
☆宮原雅人「木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス
☆細田至温「LDAによる腸内細菌遺伝子の共起関係の推定」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス
☆石田 遼我「HT-SELEXデータからの高結合親和性アプタマー同定」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス
☆早川翔大郎「トランスクリプトーム解析による川崎病に関与する長鎖ノンコーディングRNAの探索および機能解析」
☆天津早貴「architectural RNA配列の特徴抽出と生物学的意義の解明」 ,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス
☆岩野夏樹「ディープラーニングを用いたSELEX実験結果の特徴抽出」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス
曽 超,福永 津嵩,浜田 道昭,リボソームプロファイリングデータを用いたリボソーム関連する長鎖 ノンコーディング RNA の同定と解析,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪
丸山 基世 、坂井 敦 、福永津嵩 、浜田道昭 、岡田尚巳 , 鈴木秀典,神経障害性疼痛及び軸索再生に対する Neat1 の関与,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪
岩切 淳一,フリス マーティン,浜田 道昭,浅井 潔,先進的 RNA-seq のデータ解析を改善するマッピングパラメータ学習,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪
☆Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization Sequences using Deep Neural Networks,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪
Chao Zeng, Michiaki Hamada, Alternative splicing determines subcellular localization of RNAs: a hypothesis,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪
☆Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, Prediction and Characterization of m6A-contained Sequences using Deep Neural Network, バイオ情報学研究会(IPSJ-BIO), 2018年6月15日@沖縄(OIST)
Anju Pratap and Michiaki Hamada, SCAST:A cost effective diagnostic framework based on cancer associated significant transcript screening, AIST-RIKEN Joint Exchange Meeting for Computational Biology, Odaiba, Japan, March 2nd 2018 [poster]
☆Takafumi Chishima and Michiaki Hamada, Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]
☆Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada, Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]
Anju Pratap and Michiaki Hamada, SCAST:Acosteffectivediagnosticframeworkbasedoncancerassociatedsignificanttranscriptscreening, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]
☆Taro Matsutani, ☆Yuki Ueno, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Learning mutation signatures of indels by Latent Dirichlet Allocation with Variational Bayes inference, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]
福永津嵩、岩切淳一、小野幸輝、浜田道昭、lncRRIdb: ヒトlncRNA-RNA相互作用データベース、先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]
☆Takafumi Chishima and Michiaki Hamada, Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs,先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]
☆Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada, Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation、先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]
2017年
受賞 / Awards
☆細田 至温、生命情報科学若手の会 第9回研究会 若手奨励賞
第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017)研究奨励賞(M2の千島君が筆頭):O1-4 ☆Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada Identification of Transposable Elements which contribute to tissue specific expression of lncRNAs
第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017)研究奨励賞(CBBD-OILの曽さんが筆頭):O2-2 Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada Integrative analysis of multiple ribosome profiling datasets reveals widespread lncRNA-ribosome interaction in mammals
浜田道昭、平成29年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞、2017年4月
学術論文 / Journal Papers
Junichi Iwakiri*, Goro Terai, Michiaki Hamada, Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue specificity in human transcriptome, Biol Direct. 2017 Jun 8;12(1):15. doi: 10.1186/s13062-017-0183-4.
Tsukasa Fukunaga* and Michiaki Hamada*, RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interaction analysis, Bioinformatics. 2017 Sep 1;33(17):2666-2674. doi: 10.1093/bioinformatics/btx287.
Michiaki Hamada*, Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Martin C. Frith*, Training alignment parameters for arbitrary sequencers with last-train, Bioinformatics. 2017 Mar 15;33(6):926-928. doi: 10.1093/bioinformatics/btw742.
Kotaro Ishii, Yusuke Kazama, Tomonari Hirano, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Mieko Yamada, Tomoko Abe, AMAP: A pipeline for whole-genome mutation detection in Arabidopsis thaliana, Genes & Genetic Systems (2017) Mar 17;91(4):229-233. doi: 10.1266/ggs.15-00078.
招待講演
浜田道昭,長鎖ノンコーディング RNA の機能の解明に向けた バイオインフォマティクス技術, EWE 三月会 11 月例会,日比谷市政会館,2017 年 11 月 20 日 [招待講演]
浜田道昭,生命情報科学と私,第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日 [招待講演]
対外発表 / Research Presentations
藤田 理紗、有村 泰宏、山本 達郎、浜田 道昭、斉藤 典子、胡桃坂 仁志、非コードRNA Eleanorはヌクレオソーム中のヒストンの交換を促進する、 2017年度生命科学系学会合同年次大会、2017年12月6日(水)〜9日(土)、神戸
片山 研太、田頭 将喜、浜田 道昭、佐藤 政充、non-coding RNAの二次構造による網羅的分類、 2017年度生命科学系学会合同年次大会、2017年12月6日(水)〜9日(土)、神戸
☆Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data, The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017, Seoul | Korea OCT 31 (Tue) - NOV 3 (Fri), 2017 [oral, reviewd]
☆松谷太郎, 浜田道昭, 因子化情報量基準を用いた LDA のモデル選択, 第 20 回情報論的学習理論ワーク ショップ, 2017.11.8~11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック]
☆細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, Latent Dirichlet Allocation を用いた腸内細菌叢 のコミュニティ解析, 第 20 回情報論的学習理論ワークショップ, 2017.11.8~11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック]
石川 詩苑(早稲田大学),田中 史子(早稲田大学),川上 泰雄(早稲田大学), 浜田 道昭(早稲田大学), ベイジアンネットワークによる生活習慣データの因果推論と特定項目の改善の提案, 第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日
☆Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Identification of Transposable Elements which contribute to tissue specific expression of lncRNAs, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, 口頭発表(札幌)
☆Mei Takeda, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Estimation of mapping parameters for PAR-CLIP data using LAST-TRAIN, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)
☆Yuta Arizono, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Classification of Chromatin States with Hierarchical Hidden Markov Model, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)
☆Wataru Okada, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose and Michiaki Hamada, Selection of novel arcRNA candidates from RNA-seq data and search for common local secondary structure motifs, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)
☆Yuki Takeda and Michiaki Hamada, Analysis of histone modifications using latent feature models, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)
☆Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Privacy-preserving profile HMM using homomorphic encrypt system toward secure genome analysis, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)
☆Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, Prediction of mRNA m6A sites in the mammalian genome, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表(札幌)
☆松谷 太郎「トピックモデルを用いたがんゲノムの変異シグネチャー解析」 東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ロングトーク)
☆千島 崇史「lncRNAの組織特異的な発現に関与するTransposable Elementの同定」 東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ロングトーク)
☆武田 悠希「隠れ特徴モデル(LFM)によるヒストン修飾解析」東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ロングトーク)
☆石川 詩苑「生活習慣データを学習したベイジアンネットワークによる内臓脂肪型肥満の改善方法の提案」 東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ライトニングトーク)
☆宮原 雅人「無限木構造隠れMarkovモデルの生命情報解析への適用」 東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ライトニングトーク)
☆Zhang Yiqian「Prediction of mRNA N6-Methyladenosine(m6A) in mammalian genome」東京バイオインフォマティクスミーティング, 2017/08/09, 早稲田大学(ライトニングトーク)
☆千島 崇史、岩切 淳一、浜田 道昭、lncRNA の組織特異的な発現に関与する Transposable Element の同定、第19回日本RNA学会(富山)、2017/07/19
☆松谷 太郎、宇恵野 雄貴、福永 津嵩、浜田 道昭.トピックモデルを用いた、がんゲノムの変異シグネチャー解析、SIGBIO(沖縄)
☆細田 至温、西嶋 傑、福永 津嵩、服部 正平、浜田 道昭.トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析 第五回NGS現場の会(仙台) 2017/05
☆松谷 太郎、宇恵野 雄貴、福永 津嵩、浜田 道昭.トピックモデルを用いた、がんゲノムの変異シグネチャー解析 第五回NGS現場の会(仙台) 2017/05
☆細田至温、西嶋傑、福永津嵩、服部正平、浜田道昭、トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析、第11回日本ゲノム微生物学会年会、横浜、2017年3月4日
2016年(受賞2件、論文4件、研究発表17件)
受賞 / Awards
第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2016)ポスター賞:☆Ibuki Mishina and Michiaki Hamada. Implementation and evaluation of privacy-preserving HMM using homomorphic encryption toward disease risk estimation.
第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2016)ポスター賞:☆Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. RIblast: A high-speed RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interactome analysis.
学術論文 / Journal Papers
Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, Improved accuracy in RNA-protein rigid body docking by incorporating force field for molecular dynamics simulation into the scoring function, J. Chem. Theory Comput. (2016), 12 (9), pp 4688–4697. DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00254. Publication Date (Web): August 5, 2016.
Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai, Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences, Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W302-7. doi: 10.1093/nar/gkw337. Epub 2016 Apr 29.
Goro Terai#, Junichi Iwakiri#, Tomoshi Kameda, Michiaki Hamada*, Kiyoshi Asai*, Comprehensive prediction of lncRNA–RNA interactions in human transcriptome, BMC Genomics. 2016 Jan 11;17 Suppl 1:12. doi: 10.1186/s12864-015-2307-5.
Junichi Iwakiri#, Michiaki Hamada#, Kiyoshi Asai*, Bioinformatics tools for lncRNA research, Biochim Biophys Acta. 2016 Jan;1859(1):23-30. doi: 10.1016/j.bbagrm.2015.07.014. Epub 2015 Aug 10.
研究発表 / Research Presentations
☆宇恵野 雄貴、浜田 道昭、がんゲノムデータからのMutation Signaturesモデルの探索、第39回日本分子生物学会年会、横浜、2016年12月1日
藤田 理紗、有村 泰宏、浜田 道昭、斉藤 典子、胡桃坂 仁志、非コードRNAがクロマチンに与える影響の生化学的解析、第39回日本分子生物学会年会、横浜、2016年12月1日
☆Taikai Takeda, Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Models using Factorized Information Criterion, 第19回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2016), 2016.11.16~19 (京都大学 吉田キャンパス)
☆宇惠野雄貴,浜田道昭『がんゲノムデータからのMutation Signaturesモデルの探索』,生命情報科学若手の会 第8回研究会,2016 年 10 月 12 日〜 14 日(北海道伊達市大滝セミナーハウス)
☆Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Transposable element (TE) derived sequences in human lncRNAs, 第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.
☆Taikai Takeda and Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Model, IIBMP2016, Tokyo.
☆Yuki Ueno and Michiaki Hamda, Model selection for mutation signature, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.
☆Shimpei Nishida, Shun Sakuraba and Michiaki Hamada, Estimation of RNA free-energy parameters for Watson-Crick stacked base-pairs using both computational and experimental approaches, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.
☆Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 16S rRNA-based metagenomic analysis using Latent Dirichlet Allocation, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.
☆Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Implementation and evaluation of privacy-preserving HMM using homomorphic encryption toward disease risk estimation, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.
☆三品気吹・浜田道昭, 疾患リスクの評価へ向けた加法準同型性暗号によるプライバシー保護HMMの実装と評価, 第108回MPS・第46回BIO合同研究発表会, 2016年7月, 沖縄(口頭発表)
☆Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Search of the sequences common in human lncRNAs, RNA2016, Kyoto, Japan.
☆Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai, Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences, RNA2016, Kyoto, Japan.
Junichi Iwakiri, Goro Terai, Michiaki Hamada, Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue-specificity of human transcripts, RNA2016, Kyoto, Japan.
Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, Improved accuracy in RNA-protein rigid body docking by incorporating force eld for molecular dynamics simulation into the scoring function, RNA2016, Kyoto, Japan
☆Wataru Okada, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Investigation of evolutionarily conserved NEAT1-NEAT1 interactions, RNA2016, Kyoto, Japan.
Michiaki Hamada, Comprehensive Prediction of lncRNA-RNA Interactions in Human Transcriptome, The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2016), San Francisco Bay Area, United States, Jan 11th-13th, 2016.
2015年(論文3件、研究発表11件)
学術論文
Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Nuttapong Attrapadung, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai, Privacy-preserving search for chemical compound databases, BMC Bioinformatics (2015)16 Suppl 18:S6.
Michiaki Hamada*, Yukiteru Ono, Ryohei Fujimaki, Kiyoshi Asai, Learning chromatin states with factorized information criteria, Bioinformatics (2015) 31 (15): 2426-2433.
Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada*, A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction, Computational Biology and Chemistry (2015) 57: 72–79.
研究発表
Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada (presenter), A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction, The thirteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2015), HsinChu, Taiwan, Jan 21th-23th, 2015.
由良 敬 , 岩切 淳一 , 浜田 道昭 , 浅井 潔, 亀田 倫史、第 29 回分子シミュレーション討論会、分子動力学計算を用いた蛋白質 RNA 複合体立体 構造予測、2015年11月30日(月)~2015年12月2日(水)、朱鷺メッセ(新潟コンベンションセンター)
亀田 倫史 , 岩切 淳一 , 浜田 道昭 , 由良 敬 , 浅井 潔, 蛋白質・RNA 複合体の立体構造予測 Three dimensional protein-RNA complex structure prediction, 第53回日本生物物理学会年会、金沢大学、2015年9月13日〜15日
河原 郁美、亀田 倫史、池端 悠介、芦原 悠太、古板 恭子、杉木 俊彦、浜田 道昭、藤原 敏道、河野 憲二、田中 好幸, 児嶋 長次郎, 小胞体ストレスセンサーIre1p RNaseドメインの基質認識機構, 第54回NMR討論会
寺井 悟朗、岩切 淳一、亀田 倫史、浜田 道昭、浅井 潔; ヒトトランスクリプトームにおける網羅的 lncRNA-RNA 相互作用予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル; ポスター発表
岩切 淳一、寺井 悟朗、亀田 倫史、浅井 潔 、浜田 道昭; RNA 発現量を用いた組織特異的 lncRNA-mRNA 相互作用予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル; ポスター発表
由良 敬、岩切 淳一、浜田 道昭、浅井 潔 、亀田 倫史; 分子動力学計算を用いた蛋白質・RNA 複合体立体構㐀予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル
浜田道昭; 早稲田大学理工学術院バイオインフォマティクス研究室におけるNGS関連研究の紹介; 第4回NGS現場の会; 2015年7月1日~3日; つくば国際会議場; ポスター発表
Kotaro Ishii, Yusuke Kazama, Tomonari Hirano, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe, Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants in Arabidopsis thaliana, The 26th international conference on arabidopsis research
石井 公太郎,平野 智也,風間 裕介,浜田 道昭,小野 幸輝,阿部 知子, 全ゲノム変異解析のためのパイプラインの構築, 日本育種学会 第127回講演会プログラム 2015年春季 玉川大学
Kotaro Ishii, Tomonari Hirano, Yusuke Kazama, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe, Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants. International Symposium on Genome Science 2015 P-43