小菅 将斗 (Masato Kosuge)
鏑木 惟蕗 (Ibuki Kaburagi)
川崎 千晶 (Chiaki Kawasaki)
須賀 幹太 (Kanta Suga)
外尾 航季 (Koki Hokao)
山脇 龍馬 (Ryoma Yamawaki)
中野 涼太 (Ryota Nakano)
道下 瑛陽 (Akiya Michishita)
内藤 詩菜 (Shiina Naito)
村松 栞 (Shiori Muramatsu)
高山 直也(Naoya Takayama)
柳本 香菜美 (Kanami Yagimoto)
針生 理来 (Riku Haryu)
伊藤 恵理 (Eri Ito)
布施 直樹 (Naoki Fuse)
永井 敦 (Atsushi Nagai)
難波 孝太 (Kota Namba)
趙 奕冲 (Yichong Zhao)
馬 碩 (Shuo Ma)
石原 京 (Miyako Ishihara)
久保 顕登 (Kento Kubo)
下辻 貴寛 (Takahiro Shimotsuji)
原 快成 (Kaisei Hara)
結城 千智 (Chisato Yuki)
細田 至温,博士(工学) (Shion Hosoda, Ph.D.)
白鳥 哲嗣 (Tetsushi Shiratori)
野崎 安利紗 (Arisa Nozaki)
前村 理紗 (Risa Maemura)
丹羽 遼 (Ryo Niwa)
関根 光太郞 (Kotaro Sekine)
秋田 梨紗 (Risa Akita)
石井 裕也 (Hiroya Ishii)
天津 早貴 (Saki Amatsu)
岩野 夏樹 (Natsuki Iwai)
上野 祥治 (Joji Ueno)
毕 天一, ビ テンイ (Tianyi Bi)
彭 家楽, ホウ カラク (Jiale Peng)
安田 梨乃 (Rino Yasuda)
張 怡倩 ,博士(工学) (Zhang Yiqian, Ph.D.)(研究助手)
石田 遼我 (Ryoga Ishida)
深見 匠 (Takumi Fukami)
望月 万里名 (Marina Mochizuki)
宮原 雅人 (Masato Miyahara)
コウ リュウヒ(Huang Longfei)
今津 裕太 (Yuta Imazu)
鈴木 ゆりあ (Yuria Suzuki)
畑澤 遥栄 (Michiharu Hatazawa)
江 涵(コウ カン) (Han Jiang)
島田 剛志 (Takeshi Shimada)
木場 研吾 (Kengo Kiba)
松丸 綾子 (Ayako Matsumaru)
早川 翔大郎(Shotaro Hayakawa)
三宅 祥 (Sho Miyake)
髙橋 克久 (Katsuhisa Takahashi)
有薗 優太 (Yuta Arizono)
岡田 航 (Wataru Okada)
武田 芽衣 (Mei Takeda)
武田 悠希 (Yuki Taketa)
千島 崇史 (Takafumi Chishima)
三品 気吹 (Ibuki Mishina)
石川 詩苑 (Shion Ishikawa)
村上 弘将 (Hiromasa Murakami)
菊池 亮介 (Ryosuke Kikuchi)
朱珠(シュシュ, Zhu Zhu)
宇恵野雄貴 (修士)
西田 新平(修士)
メインの成果は以下の原著論文として出版されています
Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, and Michiaki Hamada*, Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (to appear)
高津 雄太 (修士)
横田 彩(修士)
田頭 将喜(学部)
久芳 航(学部)
武田 大海 (学部)
メインの成果は以下の原著論文として出版されています
Beyond similarity assessment: selecting the optimal model for sequence alignment via the Factorized Asymptotic Bayesian algorithm. Takeda T, Hamada M, Bioinformatics. 2018 Feb 15;34(4):576-584. doi: 10.1093/bioinformatics/btx643.
蓮池 由梨 (Yuri Hasuike)
Morteza Mahmoudisaber, Ph.D. (旧次席研究員)
Université de Montréal, Researcher
浜口 悠 (Yu Hamaguchi),(旧研究助手)
下野 寿之 (Toshiyuki Shimono), 博士(情報理工学),(旧次席研究員)
東京大学に特任准教授として所属していた時に研究指導した学生です。
森 遼太(2013/3/25 修士取得)
メインの成果は以下の原著論文として出版されています
Ryota Mori*, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Efficient calculation of exact probability distributions of integer features on RNA secondary structures, BMC Genomics (2014) 15(Suppl 10):S6
Diksha Bhalla(2013/3/25 修士取得)
濱田 健太郎(2014/3/25 修士取得)
抜井 貴弘(2013/3/25 学士取得)
松田 崇(2013/3/25 学士取得)
米本 悠(2013/3/25 修士取得)
メインの成果は以下の原著論文として出版されています
Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada*, A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction, Computational Biology and Chemistry (2015) 57: 72–79.
坂口 智洋(2013/3/26 学士取得)
西野 雄太(2013/3/26 学士取得)
芦田 広樹(2012/9/27 博士(科学)取得)
学位論文: Comparative Analysis of Genomic Landscapes
メインの成果は以下の原著論文として出版されています
Hiroki Asida*, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada*. Shape-based Alignment of Genomic Landscapes in Multi-scale Resolution, Nucleic Acids Research, 40 (14): 6435-6448, 2012.