対外発表

Presentation

招待講演・依頼講演:

  1. 浜田道昭,RNAバイオインフォマティクスの最前線,名古屋大学,2021年1月19日(火),オンライン

  2. 浜田道昭,核酸医薬品開発に向けたバイオインフォマティクス技術,第15回理研「バイオものづくり」シンポジウム,理化学研究所,2020年12月4日,オンライン

  3. 浜田道昭,AIアプタマー創薬の実現に向けた情報技術,NVIDIA GPU Technology Conference (GTC), 2020年10月5日ー9日,オンライン

  4. 浜田道昭,AIアプタマー創薬プロジェクト,CREST「人工知能」領域 第3回 成果展開シンポジウム,2020年9月23日,オンライン

  5. 浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明に向けたバイオインフォマティクス,ゲノム創薬・創発フォーラム 第 3 回シンポジウム (主要テーマ:RNA関連の基礎研究とその創薬応用), 2020 年 2 月 3 日 (月) 13:00 – 18:00,東京大学医科学研究所附属病院 A棟8階 トミーホール

  6. 浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明を目指したバイオインフォマティクス,RNAフロンティアミーティング 2019,IBM 天城ホームステッド(静岡県伊豆市),2019年9月24日(火)-26日(木)

  7. 浜田道昭, RNAバイオインフォマティクス:技術開発と応用,2019年度 第1回 核酸を標的とした低分子創薬研究会, 大阪大学 産業科学研究所 ,2019年8月6日(招待講演)

  8. 浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明を目指したバイオインフォマティクス技術,第6回 東京女子医科大学・早稲田大学 研究交流セミナー,2019/02/22,東京女子医科大学・早稲田大学連携 先端生命医科学研究教育施設

  9. 浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明に向けた バイオインフォマティクス技術,EWE三月会11月例会,2017年11月20日(月)、18時~20時,日比谷市政会館

  10. 浜田道昭、生命情報科学と私、第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日

  11. 浜田道昭、RNAバイオインフォマティクスによる長鎖ノンコーディングRNAの機能解析、東京農工大学 川野研究室 講演会、2017年1月27日

  12. 浜田道昭、RNAバイオインフォマティクス技術の現状と課題、LSBMミニシンポジウム: RNAのバイオインフォマティクス、2015年7月30日

  13. 浜田道昭、次世代バイオインフォマティクス技術の研究開発、医薬会セミナー(国立国際医療研究センター)、2013年9月25日

  14. 浜田道昭, 【特別講演】正確な塩基対推定のためのRNAの2次構造予測~分布を考えることの重要性~, 分子計算研究会, 2009年3月.

  15. 浜田道昭, 【オーガナイズド講演】 非整列RNA配列群からの頻出ステムパターンのマイニング, 第9回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS 2006), 2006年10月.

ワークショップ

  1. 秋光 信佳 ,浜田 道昭,第43回日本分子生物学会 ワークショップ 1PW-03 / RNAリインカネーション 2020/12/02 15:30~18:00 Ch 03

その他の発表:

  1. 天野 亮 ,一ノ瀬 顕子浜田 道昭 ,中村 義一 ,高橋 理貴,ウイルス様粒子とin silico解析を用いたデングウイルス中和アプタマーの創製,第43回日本分子生物学会

  2. 関根 光太郎小野口 真広浜田 道昭,興奮性ニューロンにおける調節DNA要素としてのトランスポゾンの機能,第43回日本分子生物学会

  3. 小野口 真広浜田 道昭,LINE1配列に結合するRNA結合タンパク質の同定とRNA機能エレメントの推定,第43回日本分子生物学会

  4. Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada, Bioinformatic approaches for understanding RNA reincarnation,第43回日本分子生物学会,口頭発表

  5. 石井裕也,In silico prediction of shortened aptamers from HT-SELEX data,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ライトニングトーク)

  6. 武田淳志,De novo repeat detection using inexact seed,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ライトニングトーク)

  7. 久保顕登,A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure with E-value calculation,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ライトニングトーク)

  8. 石原京,Investigation of schizophrenia based on DNA demethylation of transposable elements,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ライトニングトーク)

  9. 関根光太郎,The role of transposons as cell type-specific regulatory DNA elements in the brain,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ライトニングトーク)

  10. 岩野夏樹,変分オートエンコーダとベイズ最適化を利用した候補アプタマー選択の効率化,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ロングトーク)

  11. 細田至温,環境の変動を考慮した確率モデルに基づく細菌間相互作用推定手法の開発,第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,オンライン開催,2020年10月24日(ロングトーク)

  12. Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Risa Maemura☆, Michiaki Hamada, Sequence characterization of R-loop-forming RNAs in mammals, Transposable Elements (CSHL meeting), 2020/10/6~9, Online

  13. 髙橋聡、野呂林太郎、吉川明子、中道真仁、菅野哲平、松本優、武内進、平尾真季子、松田久仁子、Chao Zeng浜田道昭、久保田馨、清家正博、弦間昭彦, ドライバー遺伝子異常肺癌の薬剤耐性機序における長鎖ノンコーディングRNAの意義/Significance of long non-coding RNA associated with drug resistance in lung cancer with driver mutation, 第60回日本呼吸器学会学術講演会, 2020/9/20~22, 神戸コンベンションセンター

  14. Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, PBSIM2: simulator for long read sequencers with a novel generative model of quality scores, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日(口頭発表)

  15. ☆Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori, Michiaki Hamada, Revealing the microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日(ハイライトトラック)

  16. ☆Saki Amatsu, ☆Wataru Okada, Yu Hamaguchi, Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose, Michiaki Hamada, in silico解析によるarchitectural RNA共通特徴の発見, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日

  17. ☆Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada, 脳における細胞種特異的なDNA制御領域としての転移因子の役割, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日

  18. ☆Natsuki Iwano, Michiaki Hamada, 変分オートエンコーダとベイズ最適化を用いたアプタマー配列の選択, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日

  19. ☆岩野夏樹, 浜田道昭, 結合性試験を行うアプタマー候補配列の効率的な選択, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(口頭発表)

  20. ☆関根光太郎, 小野口真広, 浜田道昭, 脳における細胞種特異的なDNA制御領域としての転移因子の役割, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(口頭発表)

  21. ☆天津早貴, 岡田航, 浜口悠, 曽超, 小野口真広, 中條岳志, 廣瀬哲郎, 浜田道昭, in silico解析によるarchitectural RNA共通特徴の発見, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  22. ☆久保顕登, 福永津嵩, 浜田道昭, E-value計算を行う, 構造を考慮したRNA相同性検索ツールの開発, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  23. ☆武田淳志, 今津裕太, 野中大輔, 福永津嵩, 浜田道昭, Ab initioな反復配列の検出法による未知の反復配列の発見, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  24. ☆野崎安利紗, 小野口真広, 浜田道昭, エンハンサーRNAの機能解明に向けたRNA結合タンパク質との相互作用解析, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  25. ☆横山源太朗, 細田至温, 福永津嵩, 浜田道昭, 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  26. ⼤沼友樹, ⽚⼭研太, 浜⽥道昭, 佐藤政充, バイオイ ンフォマティクスに基づく機能性non-coding RNAの探索, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日(ポスター発表)

  27. ☆Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, The role of transposons as cell type-specific regulatory DNA elements in the brain, 第43回日本神経科学大会, オンライン開催, 2020年7月29日〜31日

  28. Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, Identification of m6A-associated RNA binding proteins using an integrative computational framework, 2020/7/14, Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) Conference 2020, オンライン開催

  29. Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, The Jonckheere-Terpstra-Kendall based nonparametric algorithm to detect differentially expressed genes in time-series omics data, 2020/2/18~21, 8th Annual Winter q-bio conference, HI, US

  30. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Deciphering the effects of alternative splicing on RNA subcellular localization, Noncoding RNAs: Mechanism, Function and Therapies, 2020/1/12~16, Fairmont Chateau Whistler, Whistler, British Columbia, Canada

  31. Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada, Analysis and estimation of functional domains of lncRNAs using eCLIP data, Noncoding RNAs: Mechanism, Function and Therapies, 2020/1/12~16, Fairmont Chateau Whistler, Whistler, British Columbia, Canada

  32. 曽超、浜田道昭, リボソームプロファイリングデータのin silico解析:事例紹介/In silico analysis of ribosome profiling data: case studies, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

  33. 韓晗, 山田俊理, 曽超, 浜田道昭, 鈴木穣, 秋光信佳, Role of MTR4, an RNA Decay Factor, in Nuclear mRNA Quality Control/RNA分解因子MTR4が核内mRNA品質管理に果たす役割の解明, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

  34. 浜口悠, 曽超, 浜田道昭, 長鎖非コードRNA研究におけるRNA-seq解析パイプラインの評価/Assessment of RNA-seq analysis pipelines for lncRNAs , 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

  35. 小野口真広、曽超、☆松丸綾子、浜田道昭, 転写産物中に存在する反復配列に結合するRNA結合タンパク質の解析 /Analysis of RNA binding proteins associated with repeat-derived RNAs, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

  36. Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Yu Hamaguchi, Michiaki Hamada, Detecting differentially expressed genomic regions from RNA-seq/RNA-seqデータより発現変動ゲノム領域の検出手法, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  37. 小野口真広、曽超、松丸綾子、浜田道昭, eCLIPデータを用いた機能性RNA反復配列の推定/Estimation of functional repeat-derived RNAs using eCLIP data, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  38. 若林佑太郎、寺内由希、石川公輔、曽超、小林雄太、浜田道昭、渡辺慎哉、仙波憲太郎, 小胞体ストレスに誘導されるlncESITに関する発現・機能解析/Expression and Function Analyses of lncESIT Induced by Endoplasmic Reticulum Stress, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  39. ☆深見 匠浜田 道昭, アフィンギャップを考慮した安全な個人ゲノム比較, 2019/12/3, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  40. ☆石田 遼我、安達 健朗、横田 彩、青木 一晃、浜田 道昭, HT-SELEXデータを用いた高結合親和性RNAアプタマー同, 2019/12/3, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  41. ☆Yiqian Zhang浜田 道昭, Developing efficient software for detection of enriched regions of MeRIP-Seq, 2019/12/4, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  42. ☆宮原 雅人浜田 道昭, IRMの階層化とがん解析への応用, 2019/12/5, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  43. ☆望月 万里名浜田 道昭, FICを用いたメタゲノムのビニング, 2019/12/5, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

  44. 岩野 夏樹,浜⽥ 道昭,グラフニューラルネットワークを利用したSELEXデータからの結合性配列抽出,第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm

  45. 鈴木 ゆりあ曽 超, 浜⽥ 道昭,二次構造を考慮したCRISPR/Cas13 crRNAのデザインツール開発,第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm

  46. 細田 至温浜⽥ 道昭,MPPCAによるヒト腸内細菌叢の局所低次元構造の推定,第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm

  47. Tatsuo Adachi, Ryoga Ishida, Aya Yokota, Kazuteru Aoki, Yoshikazu Nakamura, Michiaki Hamada, A novel in silico approach for RNA aptamer identification from High Throughput SELEX data, FEBS 2019 (Biosystem Design: Computational and Experimental Approaches), 29 September - 7 October 2019 │ Spetses Island, Greece

  48. 韓晗, 山田俊理, 曽超, 浜田道昭, 鈴木穣, 秋光信佳, Role of MTR4, an RNA Degradation Factor, in Nuclear mRNA Quality Control (RNA分解因子MTR4が核内のmRNA品質管理に果たす役割の解明), RNA Frontier Meeting 2019, 2019/9/24~26, 静岡県伊豆市(IBM天城ホームステッド)

  49. 浜口 悠,曽 超,浜田 道昭,lncRNA研究におけるRNA-seq解析手法の評価,2019年度 RNAフロンティアミーティング,2019年9⽉24⽇ IBM 天城ホームステッド

  50. 吉次 なぎ浜田道昭,慢性炎症に関与するlncRNAの網羅的探索と機能推定,2019年度 RNAフロンティアミーティング,2019年9⽉24⽇ IBM 天城ホームステッド

  51. 折茂 彰 、伊藤 恭彦 、目澤 義弘 、醍醐 弥太郎 、樋野 興夫 、竹田 和由 、浜田 道昭 、松村 優子 , 癌関連線維芽細胞による中間型上皮間葉移行を呈した高転移性の乳癌 細胞クラスター形成, 第78回日本癌学会学術総会,2019年9月26日〜28日,国立京都国際会館

  52. ⽯⽥ 遼我,安達 健朗,☆横⽥ 彩,⻘⽊ ⼀晃,浜⽥ 道昭,HT-SELEX データを⽤いた⾼結合親和性 RNA アプタマー同定,第8回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2019), 東京工業大学,2019年9月9日〜11日

  53. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Identification and characterisation of ribosome-associated lncRNAs in human and mouse, RNA Informatics 2019 Wellcome Genome Campus Conference Centre, Hinxton, Cambridge 9 – 11 September

  54. 松谷太郎浜田道昭,ベイズモデリングを用いた有効エピスタシス数の推定,日本育種学会 第136回講演会,近畿大学,2019年9月6日〜7日

  55. 望月万里名,FICを用いたメタゲノムのビニング,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  56. 関根光太郎,転移因子由来遺伝子調節領域に基づくニューロンサブタイプの再検討,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  57. 鈴木ゆりあ,二次構造を考慮したCRISPR/Cas13crRNAのデザインツール開発,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  58. 野崎安利紗,エンハンサーRNAの特徴抽出による機能解明,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  59. 今津裕太,Ab initioな反復配列の検出法による未知の反復配列の発見,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  60. 馬碩,Prediction,of interactions between long non coding RNA and chromatin,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  61. Yiqian Zhang,Developing an efficient software for MeRIP-Seq signal detection,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  62. 松谷太郎,機械学習と育種,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  63. 白鳥哲嗣,隠れ状態を含むモデルの情報量基準,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  64. 宮原雅人,木構造棒折り過程によるIRMの階層化,第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会,東京大学本郷キャンパス,2019年8月29日

  65. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Differentially Expressed Genomic REgion Estimation (DEGREE) for RNA-seq data, 先進ゲノム支援班会議, 2019/8/27-28, 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト/千葉

  66. 浜口悠, 曽超, 浜田道昭, lncRNA研究における転写産物レベルでのRNA-seq解析手法の評価, 先進ゲノム支援班会議, 2019/8/27-28, 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト/千葉

  67. ☆Taro Matsutani, Michiaki Hamada, Hierarchical LDA reveals reasonable profiles of mutation signatures in cancer genomes, ISMB/ECCB 2019, 2019/7/24, Congress Center Basel, Switzerland.

  68. ☆Shion Hosoda, Michiaki Hamada, Estimation of microbe viability from human oral to gut, ISMB/ECCB 2019, 2019/7/24, Congress Center Basel, Switzerland.

  69. ☆天津 早貴,☆岡⽥ 航 ,浜⼝ 悠,曽 超,⼩野⼝ 真広,中條 岳志,廣瀬 哲郎,浜⽥ 道昭,architectural RNA 配列の特徴抽出,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日

  70. ☆⽯⽥ 遼我,安達 健朗,☆横⽥ 彩,⻘⽊ ⼀晃,浜⽥ 道昭,HT-SELEX データを⽤いた⾼結合親和性 RNA アプタマー同定,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日

  71. ☆岩野 夏樹,浜⽥ 道昭,グラフニューラルネットワークを利⽤した SELEX データからの結合性配列抽出,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日

  72. 浜⼝ 悠,曽 超,浜⽥ 道昭,lncRNA 研究における RNA-seq 解析パイプラインの評価,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日

  73. 曽 超,浜⽥ 道昭,選択的スプライシングが RNA の細胞内局在に与える影響のゲノムワイド解析,第21回日本RNA学会年会,東京大学 伊藤謝恩ホール,2019年7月17日〜19日

  74. 浜田道昭, 人工知能技術を用いた革新的アプタマー創薬システムの開発,JST CREST「人工知能」研究領域 成果展開シンポジウム 第2回,2019年6月24日(月)

  75. 細田至温浜田道昭,口内及び腸内細菌メタゲノムの確率モデリング,第123回MPS・第58回BIO合同研究発表会,沖縄科学技術大学院大学 (OIST),2019年6月19日

  76. 浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明を目指したバイオインフォマティクス技術,第6回 東京女子医科大学・早稲田大学 研究交流セミナー,2019/02/22,東京女子医科大学・早稲田大学連携 先端生命医科学研究教育施設

  77. Junichi Iwakiri, Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Computational analysis pipeline for recent RNA-seq methods involving induced-substitutions, Frontiers of genome science 2019, 2019/01/09-10

  78. ☆Shion Hosoda and Michiaki Hamada, A new model for predicting metagenomic functional profile from 16S rRNA gene amplicon sequencing data, The 17th Asia Pacific BioinformaticsConference, January 14-16, 2019 | Wuhan , China

  79. ☆深見匠, 浜田道昭, セキュアな個人ゲノム類似度計算, 2019年 暗号と情報セキュリティシンポジウム,2019年1月22日〜25日,びわ湖大津プリンスホテル

  80. 浜口 悠,曽超,浜田道昭,シュミレーションデータを用いた転写産物レベルでのRNA-seq解析手法の評価(Evaluation of RNA-seq analysis methods at transcript level using simulation data),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日

  81. 曽超,浜田道昭,オミックスデータのDry解析 (Computational analyses for omics data),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日

  82. 曽超,浜田道昭,選択的スプライシングがRNAの局在に与える影響に関する研究 (Study on the effects of alternative splicing on RNA localization),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日

  83. 片山 研太、浜田 道昭、佐藤 政充 機能性non-coding RNAの二次構造に基づく探索, 第41回日本分子生物学会年会@横浜

  84. 宮原 雅人, 木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  85. 細田 至温, 階層ベイズモデルによるメタ16S菌種組成情報を用いたメタゲノム遺伝子プロファイル予測, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  86. 天津 早貴, architectural RNA配列の特徴抽出, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  87. 岩野 夏樹, ディープラーニングを用いたSELEX法の解釈と可視化, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  88. Chao Zeng and Michiaki Hamada, Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA, BMC Genomics track, GIW 2018, December 3-5, 2018 in Kunming, China.

  89. ☆Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization of m6A-containing Sequences using Deep Learning, BMC Bioinformatics track, GIW 2018, December 3-5, 2018 in Kunming, China.

  90. 松谷 太郎,浜田 道昭,VB-LDAを用いた癌ゲノムにおける変異シグネチャー解析,第77回日本癌学会学術総会, 大阪,2018年9月27日〜29日

  91. 折茂 彰,伊藤 恭彦,目澤 義弘,Kadiliavi Sulidan,醍醐 太郎,Nadila Wali,樋野 興夫,竹田 和由,浜田 道昭,松村 優子,癌内線維芽細胞は中間型上皮間葉移行を呈した高転移性の乳癌細胞クラスター形成を誘導する,第77回日本癌学会学術総会, 大阪,2018年9月27日〜29日

  92. ☆島田 剛志 and 浜田 道昭 , 代謝ネットワーク再構築による海洋微生物群集の共生関係解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  93. ☆松丸 綾子 and 浜田 道昭 , eCLIPデータを用いたRNA結合タンパク質と転移因子の結合特異性解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  94. ☆木場 研吾 and 浜田 道昭 , Coupled HMMを用いたクロマチン状態の推定と機能解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  95. ☆Shotaro Hayakawa, Mako Okabe, Keiichi Hirono and Michiaki Hamada, トランスクリプトーム解析による川崎病に関与する長鎖ノンコーディングRNAの探索および機能解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  96. ☆深見 匠 and 浜田 道昭, 秘密分散を用いた安全な編集距離計算, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  97. ☆細田 至温 , 西嶋 傑 , 福永 津嵩 , 服部 正平 and 浜田 道昭 細菌群及び遺伝子群に基づいたヒト腸内細菌叢解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  98. ☆太郎 松谷 and 浜田 道昭 VPYLMを用いた、がんゲノム突然変異の文脈探索, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  99. Chao Zeng and Michiaki Hamada A comprehensive analysis of the effects of alternative splicing on RNA localization in human, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  100. ☆宮原 雅人 and 浜田 道昭 木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  101. ☆松谷太郎「VPYLMを用いた癌ゲノム突然変異の変異文脈探索」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  102. ☆宮原雅人「木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  103. ☆細田至温「LDAによる腸内細菌遺伝子の共起関係の推定」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  104. ☆石田 遼我「HT-SELEXデータからの高結合親和性アプタマー同定」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  105. ☆早川翔大郎「トランスクリプトーム解析による川崎病に関与する長鎖ノンコーディングRNAの探索および機能解析」

  106. ☆天津早貴「architectural RNA配列の特徴抽出と生物学的意義の解明」 ,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  107. ☆岩野夏樹「ディープラーニングを用いたSELEX実験結果の特徴抽出」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  108. 曽 超,福永 津嵩,浜田 道昭,リボソームプロファイリングデータを用いたリボソーム関連する長鎖 ノンコーディング RNA の同定と解析,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  109. 丸山 基世 、坂井 敦 、福永津嵩 、浜田道昭 、岡田尚巳 , 鈴木秀典,神経障害性疼痛及び軸索再生に対する Neat1 の関与,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  110. 岩切 淳一,フリス マーティン,浜田 道昭,浅井 潔,先進的 RNA-seq のデータ解析を改善するマッピングパラメータ学習,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  111. ☆Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization Sequences using Deep Neural Networks,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  112. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Alternative splicing determines subcellular localization of RNAs: a hypothesis,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  113. ☆Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, Prediction and Characterization of m6A-contained Sequences using Deep Neural Network, バイオ情報学研究会(IPSJ-BIO), 2018年6月15日@沖縄(OIST)

  114. Anju Pratap and Michiaki Hamada, SCAST:A cost effective diagnostic framework based on cancer associated significant transcript screening, AIST-RIKEN Joint Exchange Meeting for Computational Biology, Odaiba, Japan, March 2nd 2018 [poster]

  115. ☆Takafumi Chishima and Michiaki Hamada, Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  116. ☆Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada, Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  117. Anju Pratap and Michiaki Hamada, SCAST:Acosteffectivediagnosticframeworkbasedoncancerassociatedsignificanttranscriptscreening, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  118. ☆Taro Matsutani, ☆Yuki Ueno, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Learning mutation signatures of indels by Latent Dirichlet Allocation with Variational Bayes inference, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  119. 福永津嵩、岩切淳一、小野幸輝、浜田道昭、lncRRIdb: ヒトlncRNA-RNA相互作用データベース、先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]

  120. ☆Takafumi Chishima and Michiaki Hamada, Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs,先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]

  121. ☆Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada, Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation、先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]

  122. 藤田 理紗、有村 泰宏、山本 達郎、浜田 道昭、斉藤 典子、胡桃坂 仁志、非コードRNA Eleanorはヌクレオソーム中のヒストンの交換を促進する、 2017年度生命科学系学会合同年次大会、2017年12月6日(水)〜9日(土)、神戸

  123. 片山 研太、田頭 将喜、浜田 道昭、佐藤 政充、non-coding RNAの二次構造による網羅的分類、 2017年度生命科学系学会合同年次大会、2017年12月6日(水)〜9日(土)、神戸

  124. ☆Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data, The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017, Seoul | Korea OCT 31 (Tue) - NOV 3 (Fri), 2017 [oral, reviewd]

  125. 浜田道昭,長鎖ノンコーディング RNA の機能の解明に向けた バイオインフォマティクス技術, EWE 三月会 11 月例会,日比谷市政会館,2017 年 11 月 20 日 [招待講演]

  126. ☆松谷太郎, 浜田道昭, 因子化情報量基準を用いた LDA のモデル選択, 第 20 回情報論的学習理論ワーク ショップ, 2017.11.8~11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック]

  127. ☆細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, Latent Dirichlet Allocation を用いた腸内細菌叢 のコミュニティ解析, 第 20 回情報論的学習理論ワークショップ, 2017.11.8~11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック]

  128. 浜田道昭,生命情報科学と私,第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日 [招待講演]

  129. 石川 詩苑(早稲田大学),田中 史子(早稲田大学),川上 泰雄(早稲田大学), 浜田 道昭(早稲田大学), ベイジアンネットワークによる生活習慣データの因果推論と特定項目の改善の提案, 第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日

  130. Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, RIblast: an ultrafast RNA–RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ハイライトトラック

  131. Mei Takeda, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Estimation of mapping parameters for PAR-CLIP data using LAST-TRAIN, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  132. Yuta Arizono, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Classification of Chromatin States with Hierarchical Hidden Markov Model, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  133. Wataru Okada, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose and Michiaki Hamada, Selection of novel arcRNA candidates from RNA-seq data and search for common local secondary structure motifs, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  134. Yuki Takeda and Michiaki Hamada, Analysis of histone modifications using latent feature models, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  135. Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Privacy-preserving profile HMM using homomorphic encrypt system toward secure genome analysis, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  136. Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, Prediction of mRNA m6A sites in the mammalian genome, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  137. Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Identification of Transposable Elements which contribute to tissue specific expression of lncRNAs, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, 口頭発表

  138. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Integrative analysis of multiple ribosome profiling datasets reveals widespread lncRNA-ribosome interaction in mammals, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, 口頭発表

  139. 福永 津嵩、岩切 淳一、小野 幸輝、浜田 道昭、lncRNA-mRNAの網羅的相互作用予測へ向けた高㏿なRNA-RNA相 互作用予測ソフトウェアRIblastの開発、第19回日本RNA学会(富山)、2017/07/19

  140. 千島 崇史、岩切 淳一、浜田 道昭、lncRNA の組織特異的な発現に関与する Transposable Element の同定、第19回日本RNA学会(富山)、2017/07/19

  141. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Ribosome profiling reveals the plurality of ribosome-associated long non-coding RNAs in mammals、第19回日本RNA学会(富山)、2017/07/19

  142. 福永 津嵩、浜田 道昭 バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用 日本画像学会第31回free talking "Imaging today" 2017/07

  143. 福永 津嵩、岩切 淳一、小野 幸輝、浜田 道昭. ヒトlncRNA-RNAの網羅的相互作用予測及びデータベースの構築 第五回NGS現場の会 2017/05

  144. 曽 超、福永 津嵩、浅井 潔、浜田 道昭. Identification and classification of translational apusing and ribosome-associated lncRNAs 第五回NGS現場の会 2017/05

  145. 細田 至温、西嶋 傑、福永 津嵩、服部 正平、浜田 道昭.トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析 第五回NGS現場の会 2017/05

  146. 松谷 太郎、宇恵野 雄貴、福永 津嵩、浜田 道昭.トピックモデルを用いた、がんゲノムの変異シグネチャー解析 第五回NGS現場の会 2017/05

  147. 細田至温、西嶋傑、福永津嵩、服部正平、浜田道昭、トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析、第11回日本ゲノム微生物学会年会、横浜、2017年3月4日

  148. 宇恵野 雄貴、浜田 道昭、がんゲノムデータからのMutation Signaturesモデルの探索、第39回日本分子生物学会年会、横浜、2016年12月1日

  149. 藤田 理紗、有村 泰宏、浜田 道昭、斉藤 典子、胡桃坂 仁志、非コードRNAがクロマチンに与える影響の生化学的解析、第39回日本分子生物学会年会、横浜、2016年12月1日

  150. Taikai Takeda, Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Models using Factorized Information Criterion, 第19回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2016), 2016.11.16~19 (京都大学 吉田キャンパス)

  151. 宇惠野雄貴,浜田道昭『がんゲノムデータからのMutation Signaturesモデルの探索』,生命情報科学若手の会 第8回研究会,2016 年 10 月 12 日〜 14 日(北海道伊達市大滝セミナーハウス)

  152. Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. RIblast: A high-speed RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interactome analysis. Computational RNA Biology Workshop 2016 2016/10

  153. 福永 津嵩、浜田 道昭、岩崎 渉. Computational Ethology:バイオイメージインフォマティクスと動物行動学の融合. 第五回生命医薬情報学連合大会 2016/10

  154. Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Transposable element (TE) derived sequences in human lncRNAs, 第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  155. Taikai Takeda and Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Model, IIBMP2016, Tokyo.

  156. Yuki Ueno and Michiaki Hamda, Model selection for mutation signature, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  157. Shimpei Nishida, Shun Sakuraba and Michiaki Hamada, Estimation of RNA free-energy parameters for Watson-Crick stacked base-pairs using both computational and experimental approaches, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  158. Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 16S rRNA-based metagenomic analysis using Latent Dirichlet Allocation, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  159. Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Implementation and evaluation of privacy-preserving HMM using homomorphic encryption toward disease risk estimation, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  160. Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada. RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction method based on seed-and-extension approach. ECCB2016 2016/9

  161. 三品気吹・浜田道昭, 疾患リスクの評価へ向けた加法準同型性暗号によるプライバシー保護HMMの実装と評価, 第108回MPS・第46回BIO合同研究発表会, 2016年7月, 沖縄(口頭発表)

  162. Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Search of the sequences common in human lncRNAs, RNA2016, Kyoto, Japan.

  163. Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai, Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences, RNA2016, Kyoto, Japan.

  164. Junichi Iwakiri, Goro Terai, Michiaki Hamada, Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue-specificity of human transcripts, RNA2016, Kyoto, Japan.

  165. Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, Improved accuracy in RNA-protein rigid body docking by incorporating force eld for molecular dynamics simulation into the scoring function, RNA2016, Kyoto, Japan

  166. Wataru Okada, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Investigation of evolutionarily conserved NEAT1-NEAT1 interactions, RNA2016, Kyoto, Japan.

  167. Michiaki Hamada, Comprehensive Prediction of lncRNA-RNA Interactions in Human Transcriptome, The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2016), San Francisco Bay Area, United States, Jan 11th-13th, 2016.

  168. Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada (presenter), A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction, The thirteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2015), HsinChu, Taiwan, Jan 21th-23th, 2015.

  169. 分子動力学計算を用いた蛋白質 RNA 複合体立体 構造予測 (お茶の水大・人間文化1 , 遺伝研2 , 東大・新領域3 , 早稲田・理工4 , 産総研・創薬基盤5 )由良 敬1,2 , 岩切 淳一3 , 浜田 道昭4 , 浅井 潔3,5 , ○亀田 倫史5、第 29 回分子シミュレーション討論会、2015年11月30日(月)~2015年12月2日(水)、朱鷺メッセ(新潟コンベンションセンター)

  170. ○亀田 倫史1 , 岩切 淳一2 , 浜田 道昭3 , 由良 敬4,5 , 浅井 潔1,2, 蛋白質・RNA 複合体の立体構造予測 Three dimensional protein-RNA complex structure prediction, 第53回日本生物物理学会年会、金沢大学、2015年9月13日〜15日

  171. 河原 郁美、亀田 倫史、池端 悠介、芦原 悠太、古板 恭子、杉木 俊彦、浜田 道昭、藤原 敏道、河野 憲二、田中 好幸, 6 児嶋 長次郎, 小胞体ストレスセンサーIre1p RNaseドメインの基質認識機構, 第54回NMR討論会

  172. 寺井 悟朗、岩切 淳一、亀田 倫史、○浜田 道昭、浅井 潔; ヒトトランスクリプトームにおける網羅的 lncRNA-RNA 相互作用予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル; ポスター発表

  173. 岩切 淳一、寺井 悟朗、亀田 倫史、浅井 潔 、浜田 道昭; RNA 発現量を用いた組織特異的 lncRNA-mRNA 相互作用予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル; ポスター発表

  174. 由良 敬、岩切 淳一、浜田 道昭、浅井 潔 、○亀田 倫史; 分子動力学計算を用いた蛋白質・RNA 複合体立体構㐀予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル

  175. 浜田道昭; 早稲田大学理工学術院バイオインフォマティクス研究室におけるNGS関連研究の紹介; 第4回NGS現場の会; 2015年7月1日~3日; つくば国際会議場; ポスター発表

  176. Kotaro Ishii, Yusuke Kazama, Tomonari Hirano, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe, Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants in Arabidopsis thaliana, The 26th international conference on arabidopsis research

  177. 石井 公太郎,平野 智也,風間 裕介,浜田 道昭,小野 幸輝,阿部 知子, 全ゲノム変異解析のためのパイプラインの構築, 日本育種学会 第127回講演会プログラム 2015年春季 玉川大学

  178. Kotaro Ishii, Tomonari Hirano, Yusuke Kazama, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe, Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants. International Symposium on Genome Science 2015 P-43

  179. Takashi Matsuda, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai. Prediction of joint RNA secondary structure by using their homologous sequence information, GIW2014, December 15 – 17, 2014 Odaiba, Tokyo, Japan. [Best poster award]

  180. Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Ryohei Fujimaki and Kiyoshi Asai, Learning chromatin states with factorized information criteria, 生命医薬情報学連合大会2014年大会, 2014年10月2日~4日,仙台国際センター

  181. 浜田道昭、A comprehensive prediction of RNA-RNA interactions from human transcriptome, 2014RNAインフォマティクス道場@札幌

  182. 浅井潔、浜田道昭、小野幸輝、RNA2次構造情報解析のための統合ウェブ、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日(水)~25日(金)

  183. 森 遼太、浜田 道昭、浅井 潔、Credibility Limit は推定二次構造の定量的な信頼度を示す、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日(水)~25日(金)

  184. 岩切淳一、亀田 倫史、浅井 潔、浜田 道昭、RNA-タンパク質相互作用予測手法の開発、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日(水)~25日(金)

  185. 由良 敬、岩切 淳一、浜田 道昭、浅井 潔、亀田 倫史、分子動力学計算を用いた蛋白質・RNA 複合体立体構造予測、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日(水)~25日(金)

  186. 浜田道昭、Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non‐coding RNAs、バイオインフォマティクスとゲノム医療─その課題と将来展望─、2013年11月20日(水) かずさDNA研究所/産総研 生命情報工学研究センター共催ワークショップ

  187. Diksha Bhalla, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai, "Using Deep Learning as a Classifier for Biological Datasets -Hepatitis Dataset as an example-", JSBi2013

  188. Ryota Mori, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai, A method for calculating stability of RNA secondary structure, JSBi2013

  189. Kentaro HAMADA, Michiaki HAMADA, Kiyoshi ASAI, "Inferring constraints on amino acids from protein sequence alignment", BIWO2013

  190. Ryota Mori, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, "A fast and exact calculation for various score distributions of RNA secondary structure", BIWO2013

  191. Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, "The 3D structure prediction of Protein and RNA complex", BIWO2013

  192. Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Jun Sakuma, Takatsugu Hirokawa, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai, "An efficient privacy-preserving similarity search protocol for chemical compound databases", BIWO2013

  193. 浜田道昭、2 次構造情報を基盤とした RNA バイオインフォマティクス技 術・ツールの最近の進展、第15回日本RNA学会@松山, 2013年7月

  194. 岩切 淳一, 亀田 倫史, 浅井 潔, 浜田 道昭, タンパク質-RNA 相互作用における RNA2 次構造認識機構:塩 基対確率に基づく解析, 第15回日本RNA学会@松山, 2013年7月

  195. 亀田 倫史, 岩切 淳一, 浜田 道昭, 浅井 潔, 蛋白質-RNA の複合体立体構造予測,第15回日本RNA学会@松山, 2013年7月

  196. Kana Shimizu, Hiromi Arai, Koji Nuida, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Jun Sakuma, Takatsugu Hirokawa, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai, Privacy-preserving search for a chemical compound database, ISMB/ECCB 2013.

  197. 米本悠、浜田道昭、浅井潔、半教師あり学習を用いたRNA二次構造予測アルゴリズムの提案、第35回日本分子生物学会、2012

  198. 森遼大、浜田道昭、浅井潔、カノニカル分布に基づくRNA二次構造の存在確率分布記述手法の開発、第35回日本分子生物学会、2012

  199. Kana Shimizu, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Kiyoshi Asai, Developing Privacy-preserving database search protocol for chemical compound libraries, BIWO2012.

  200. Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Reference Free Approach for Detecting Chromosomal Rearrangement, BIWO2012.

  201. Haruka Yonemoto, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Semi-supervised Learning Approach to Predict RNA Secondary Structure, BIWO2012.

  202. Yukiteru Ono, kiyoshi Asai, michiaki Hamada, PBSIM: PacBio reads simulator - toward accurate genome assembly, BIWO2012.

  203. Ryota Mori, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A quantitation and visualization technique for understanding high dimensional distribution of RNA structures, BIWO2012.

  204. Michiaki Hamada, Direct updating of an RNA base-pairing probability matrix with marginal probability constraints, BIWO2012.

  205. Kiyoshi Asai, Satoshi Yamasaki, Tomoshi Kameda, Goro Terai, Michiaki Hamada, Framework for prediction of RNA-RNA interactions, BIWO2012.

  206. Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Reference Free Approach for Detecting Chromosomal Rearrangement, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

  207. Ryota Mori, Michiaki Hamada Kiyoshi Asai, A Method for Measuring RNA Secondary Structure Stability and Reliability Based on Canonical Distribution, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

  208. Haruka Yonemoto, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Semi-supervised Learning Approach to Predict RNA Secondary Structure, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

  209. Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A Classification of Bioinformatics Algorithms from the Viewpoint of Maximizing Expected Accuracy (MEA), IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

  210. Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, PBSIM: PacBio reads simulator - toward accurate genome assembly, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

  211. 森遼大、浜田道昭、浅井潔、カノニカル分布に基づいたRNAの2次構造安定性解析の開発、第14回日本RNA学会、2012/7/19

  212. 米本悠、浜田道昭、浅井潔、半教師あり学習を用いたRNAの2次構造予測アルゴリズムの提案、 第14回日本RNA学会、2012/7/19

  213. 荒井 ひろみ,清水 佳奈,浜田 道昭,津田 宏治,広川 貴次,佐久間 淳,浅井 潔、検索行動におけるプライバシ保護、2012年度人工知能学会全国大会(第26回)

  214. Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A CLASSIFICATION OF BIOINFORMATICS ALGORITHMS FROM THE VIEWPOINT OF MAXIMIZING EXPECTED ACCURACY (MEA), BIWO2011 (Jan, 2012).

  215. Michiaki Hamada, Edward Wijaya, Martin C. Frith, Kiyoshi Asai, PROBABILISTIC ALIGNMENTS WITH QUALITY SCORES: AN APPLICATION TO SHORT-READ MAPPING TOWARD ACCURATE SNP/INDEL DETECTION, BIWO2011 (Jan, 2012)

  216. Kana Shimizu, Hiromi Arai, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, TakatsuguHirokawa, Jun Sakuma, Kiyoshi Asai, DEVELOPING NOVEL PROTOCOL FOR PRIVACY-PRESERVING SEARCH OF BIT-VECTORS AND ITS APPLICATION TO THE CHEMICAL COMPOUNDS LIBRARY SEARCH, BIWO2011 (Jan, 2012)

  217. Michiaki Hamada, Introduction to RNA informatics and maximum expected accuracy (MEA) principle, 東京大学医科学研究所中井研究室セミナー, Dec. 6

  218. Edward Wijaya, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Protein-Coding Based Assembly of Metagenomic Next-Generation Sequencing Data, CBI/JSBi2011, Nov. 2011.

  219. Kana Shimizu, Hiromi Arai, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Kiyoshi Asai, Privacy preserving search for chemical compound libraries, CBI/JSBi2011, Nov. 2011.

  220. 浜田道昭, 2次構造情報に基づくRNA情報解析技術の現在と今後, RNA/RNPを見つける会2011, 2011年9月.(口頭発表)

  221. Hiroki Ashida, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A New Approach to Elucidate Genomic Landscapes in MultiscaleResolution, 5th Asian Young Researchers Conferenceon Computational and Omics Biology(AYRCOB), Aug. 2011. (Best poster award was given to this poster)

  222. 浜田道昭, Centroidシリーズ:2次構造を基盤としたRNA情報解析ツール群, 次世代バイオインフォマティクス研究会2011, 2011年8月.

  223. 浜田道昭, リードのクオリティ情報を考慮したNGSデータ解析技術, 次世代バイオインフォマティクス研究会2011, 2011年8月.

  224. 浜田道昭, プライバシー保護配列解析技術の開発に向けて, 次世代バイオインフォマティクス研究会2011, 2011年8月.

  225. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Kiyoshi Asai, Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non-coding RNAs, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011), Jun, 2011.

  226. Hironori Adachi, Akira Ishiguro, Michiaki Hamada, Eri Sakota, Kiyoshi Asai, Yoshikazu Nakamura, Antagonistic RNA Aptamer Specific to a Heterodimeric Form of Human Interleukin-17 A/F, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011), Jun 2011.

  227. Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Binary Estimation Problems in Structural Information Analysis of RNA, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.

  228. Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu, RactIP: Fast and Accurate Prediction of RNA-RNA Interaction Using Integer Programming, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.

  229. Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai, IPknot: Fast and Accurate Prediction of RNA Secondary Structures with Pseudoknots Using Integer Programming, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.

  230. Michiaki Hamada, Edward Wijaya, Martin C. Frith, Kiyoshi Asai, Probabilistic alignments with quality scores: An application to short-read mapping toward accurate SNP/indel detection, 第一回NGS現場の会研究会, 熱海, 2011年5月.

  231. Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Toutai Mituyama, Software tools for RNA sequence analysis in ncrna.org, PSB2011.

  232. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai, Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non-coding RNAs, ISMB2010. [Poster; Reviewed international conference].

  233. Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu, RactIP: fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming, ISMB2010(Poster).

  234. Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Paul Horton, How (not) to Align Genomes, The 20th International Conference on Genome Informatics December 14-16, 2009. (poster presentaion)

  235. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs, 第32回日本分子生物学会, 2009/12/9. (ポスター発表)

  236. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidHomfold: Prediction of RNA secondary structure by combining homologous sequence information, 第32回日本分子生物学会, 2009/12/9. (ポスター発表; 査読付き国内会議)

  237. 浜田道昭, CentroidHomfold: 相同配列群の情報を利用したRNAの2次構造予測, CBRC 2009, 2009/12/04. (口頭発表; 査読なし国内研究会)

  238. Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Paul Horton, How (not) to Align Genomes, CBRC 2009, 2009/12/04. (ポスター発表; 査読なし国内研究会)

  239. 浜田道昭, CentroidHomfold: 相同配列群の情報を利用したRNAの2次構造予測, 生命情報科学研究セミナー, 2009/11/06. (口頭発表; 国内セミナー)

  240. 浜田道昭, 期待精度最大化推定とバイオインフォマティクス, 第21回T-PRIMALセミナー, 2009/09/30. (口頭発表)

  241. 浜田道昭(*), Centroid シリーズ:RNA の2構造予測/アラインメントのためのツール群, 第 8 回 新しい RNA/RNP を見つける会, 2009/09.(口頭発表; 査読なし国内研究会)

  242. Michiaki Hamada, Kengo Sato(*), Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs, The 9th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2009). (Poster presentation; Reviewed international conference)

  243. 佐藤健吾, 浜田道昭, 浅井潔, 光山統泰(*), CentroidFold: RNA 二次構造予測ウェブサーバー, 第11回RNAミーティング, 2009/7. (口頭発表; 査読付き国内会議)

  244. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, Predictions of RNA secondary structure by combining homologous sequence information, IThe 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 7th Annual European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2009). (Oral presentation; Reviewed International conference)

  245. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs,The 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 7th Annual European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2009). (poster presentation; Reviewed international conference)

  246. 浜田道昭, 正確な塩基対推定のためのRNAの2次構造予測~"分布"を考えることの重要性~, 第1回生命情報科学若手の会, 2009/04/26.(口頭発表; 査読なし国内研究会)

  247. Kengo Sato, Michiaki Hamada, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai, Yasubumi Sakakibara, A Non-Parametric Bayesian Approach for Predicting RNA Secondary Structures, The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008). (poster presentation; Reviewed international conference) (Oxford Journals JSBi Prize was given to this work)

  248. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔, 期待精度を最大化するRNA情報解析手法の開発, 第31回日本分子生物学会(BMB2008), 2008/12/10. (ポスター発表; 査読有り国内会議)

  249. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔, 期待精度を最大化するRNAの2次構造予測手法, CBRC2008, 2008/11/7. (口頭発表; 査読無国内研究会)

  250. 浜田道昭, バイオインフォマティクスにおける優れた推定量の設計方法, 第26回生命情報科学研究セミナー, 2008/9/26.(口頭発表; 国内セミナー)

  251. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔, 期待精度を最大化するRNA情報解析手法の開発, 新しいRNA/RNPを見つける会, 2008/9/6.(口頭発表; 査読なし国内研究会)

  252. 浜田道昭, 金大真, 浅井潔, RNA配列群に現れる局所安定2次構造の大規模類似性探索, CBRC 2007, 2007. (poster presentation)

  253. Michiaki Hamada, Taishin Kin, Kiyoshi Asai, Large-Scale Similarity Search for Locally Stable Secondary Structures among RNA Sequences, JSBI2007. (poster presentation)

  254. 浜田道昭, RNA配列群に現われる局所安定2 次構造の大規模類似性探索, 第6回新しいRNA/RNPを見つける会, 2007. (口頭発表)

  255. Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Taku Kudo, Taishin Kin, Kiyoshi Asai, Mining Local Secondary Structure Motifs from Unaligned RNA Sequences Using Graph Mining Techniques, 5th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 6th European Conference on Computational Biology (ECCB), 2007. (poster presentation)

  256. Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Taku Kudo, Taishin Kin, Kiyoshi Asai, RNAmine: Frequent Stem Pattern Miner from RNAs, The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW2006).(poster presentation)

  257. 浜田道昭, 非整列RNA配列群からの頻出ステムパターンのマイニング, 東北大学理学部数学科情報学セミナー, 2006/12/1.(口頭発表)

  258. 浜田道昭, RNA配列群からの頻出ステムパターンの抽出, 新しいRNA/RNPを見つける会 in お台場, 2006.(口頭発表)

  259. 浜田道昭, サポートベクトルマシンを用いた機能性RNAファミリーの分類, 新しいRNA/RNPを見つける会 in 鶴岡, 2005/9/10. (口頭発表)

  260. 浜田道昭, 加藤毅, 金大真, 浅井潔, Support Vector Machineを用いた機能性RNAファミリーの分類, 第7回日本RNA学会, 2005/08/08.(口頭発表)

  261. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛, DrugMLとGrid創薬, 日本コンピュータ化学会2004春季年会, 2004/5/20. (ポスター発表)

  262. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛, Grid技術とXMLデータベースを用いた創薬プラットフォームの構築とその応用, 32回構造活性相関シンポジウム, 2004/11/30. (ポスター発表)

  263. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛, DrugMLとグリッド創薬, 31回構造活性相関シンポジウム, 2003/11/18. (ポスター発表)

  264. 山崎暢也, 吉田郁哉, 浜田道昭, 小野耕平, 渋木 尚, 世古千博, 大谷泰昭, 「ナレッジ活用による研究支援環境 知見プラットフォーム」のご紹介 -3次元SEM像シミュレータへの適用-, LSI テスティングシンポジウム/2002. (口頭発表)