対外発表

Presentation

招待講演・依頼講演:

  1. 浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明を目指したバイオインフォマティクス,RNAフロンティアミーティング 2019,IBM 天城ホームステッド(静岡県伊豆市),2019年9月24日(火)-26日(木)

  2. 浜田道昭, RNAバイオインフォマティクス:技術開発と応用,2019年度 第1回 核酸を標的とした低分子創薬研究会, 大阪大学 産業科学研究所 ,2019年8月6日(招待講演)

  3. 浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明を目指したバイオインフォマティクス技術,第6回 東京女子医科大学・早稲田大学 研究交流セミナー,2019/02/22,東京女子医科大学・早稲田大学連携 先端生命医科学研究教育施設

  4. 浜田道昭,長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明に向けた バイオインフォマティクス技術,EWE三月会11月例会,2017年11月20日(月)、18時~20時,日比谷市政会館

  5. 浜田道昭、生命情報科学と私、第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日

  6. 浜田道昭、RNAバイオインフォマティクスによる長鎖ノンコーディングRNAの機能解析、東京農工大学 川野研究室 講演会、2017年1月27日

  7. 浜田道昭、RNAバイオインフォマティクス技術の現状と課題、LSBMミニシンポジウム: RNAのバイオインフォマティクス、2015年7月30日

  8. 浜田道昭、次世代バイオインフォマティクス技術の研究開発、医薬会セミナー(国立国際医療研究センター)、2013年9月25日

  9. 浜田道昭, 【特別講演】正確な塩基対推定のためのRNAの2次構造予測~分布を考えることの重要性~, 分子計算研究会, 2009年3月.

  10. 浜田道昭, 【オーガナイズド講演】 非整列RNA配列群からの頻出ステムパターンのマイニング, 第9回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS 2006), 2006年10月.

その他の発表:

  1. 浜口 悠,曽超,浜田道昭,シュミレーションデータを用いた転写産物レベルでのRNA-seq解析手法の評価(Evaluation of RNA-seq analysis methods at transcript level using simulation data),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日

  2. 曽超,浜田道昭,オミックスデータのDry解析 (Computational analyses for omics data),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日

  3. 曽超,浜田道昭,選択的スプライシングがRNAの局在に与える影響に関する研究 (Study on the effects of alternative splicing on RNA localization),先進ゲノム支援 拡大班会議,九州大学医学部 百年講堂,2018年12月20日〜21日

  4. 片山 研太、浜田 道昭、佐藤 政充 機能性non-coding RNAの二次構造に基づく探索, 第41回日本分子生物学会年会@横浜

  5. 宮原 雅人, 木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  6. 細田 至温, 階層ベイズモデルによるメタ16S菌種組成情報を用いたメタゲノム遺伝子プロファイル予測, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  7. 天津 早貴, architectural RNA配列の特徴抽出, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  8. 岩野 夏樹, ディープラーニングを用いたSELEX法の解釈と可視化, 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会), 三島,2018年10月5日ー7日

  9. Chao Zeng and Michiaki Hamada, Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA, BMC Genomics track, GIW 2018, December 3-5, 2018 in Kunming, China.

  10. ☆Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization of m6A-containing Sequences using Deep Learning, BMC Bioinformatics track, GIW 2018, December 3-5, 2018 in Kunming, China.

  11. 松谷 太郎,浜田 道昭,VB-LDAを用いた癌ゲノムにおける変異シグネチャー解析,第77回日本癌学会学術総会, 大阪,2018年9月27日〜29日

  12. 折茂 彰,伊藤 恭彦,目澤 義弘,Kadiliavi Sulidan,醍醐 太郎,Nadila Wali,樋野 興夫,竹田 和由,浜田 道昭,松村 優子,癌内線維芽細胞は中間型上皮間葉移行を呈した高転移性の乳癌細胞クラスター形成を誘導する,第77回日本癌学会学術総会, 大阪,2018年9月27日〜29日

  13. ☆島田 剛志 and 浜田 道昭 , 代謝ネットワーク再構築による海洋微生物群集の共生関係解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  14. ☆松丸 綾子 and 浜田 道昭 , eCLIPデータを用いたRNA結合タンパク質と転移因子の結合特異性解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  15. ☆木場 研吾 and 浜田 道昭 , Coupled HMMを用いたクロマチン状態の推定と機能解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  16. ☆Shotaro Hayakawa, Mako Okabe, Keiichi Hirono and Michiaki Hamada, トランスクリプトーム解析による川崎病に関与する長鎖ノンコーディングRNAの探索および機能解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  17. ☆深見 匠 and 浜田 道昭, 秘密分散を用いた安全な編集距離計算, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  18. ☆細田 至温 , 西嶋 傑 , 福永 津嵩 , 服部 正平 and 浜田 道昭 細菌群及び遺伝子群に基づいたヒト腸内細菌叢解析, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  19. ☆太郎 松谷 and 浜田 道昭 VPYLMを用いた、がんゲノム突然変異の文脈探索, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  20. Chao Zeng and Michiaki Hamada A comprehensive analysis of the effects of alternative splicing on RNA localization in human, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  21. ☆宮原 雅人 and 浜田 道昭 木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)

  22. ☆松谷太郎「VPYLMを用いた癌ゲノム突然変異の変異文脈探索」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  23. ☆宮原雅人「木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  24. ☆細田至温「LDAによる腸内細菌遺伝子の共起関係の推定」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  25. ☆石田 遼我「HT-SELEXデータからの高結合親和性アプタマー同定」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  26. ☆早川翔大郎「トランスクリプトーム解析による川崎病に関与する長鎖ノンコーディングRNAの探索および機能解析」

  27. ☆天津早貴「architectural RNA配列の特徴抽出と生物学的意義の解明」 ,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  28. ☆岩野夏樹「ディープラーニングを用いたSELEX実験結果の特徴抽出」,第2回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会,2018年8月7日,慶應義塾大学 日吉キャンパス

  29. 曽 超,福永 津嵩,浜田 道昭,リボソームプロファイリングデータを用いたリボソーム関連する長鎖 ノンコーディング RNA の同定と解析,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  30. 丸山 基世 、坂井 敦 、福永津嵩 、浜田道昭 、岡田尚巳 , 鈴木秀典,神経障害性疼痛及び軸索再生に対する Neat1 の関与,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  31. 岩切 淳一,フリス マーティン,浜田 道昭,浅井 潔,先進的 RNA-seq のデータ解析を改善するマッピングパラメータ学習,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  32. ☆Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization Sequences using Deep Neural Networks,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  33. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Alternative splicing determines subcellular localization of RNAs: a hypothesis,第 20 回 日本 RNA 学会年会,2018年7月9日@大阪

  34. ☆Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, Prediction and Characterization of m6A-contained Sequences using Deep Neural Network, バイオ情報学研究会(IPSJ-BIO), 2018年6月15日@沖縄(OIST)

  35. Anju Pratap and Michiaki Hamada, SCAST:A cost effective diagnostic framework based on cancer associated significant transcript screening, AIST-RIKEN Joint Exchange Meeting for Computational Biology, Odaiba, Japan, March 2nd 2018 [poster]

  36. ☆Takafumi Chishima and Michiaki Hamada, Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  37. ☆Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada, Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  38. Anju Pratap and Michiaki Hamada, SCAST:Acosteffectivediagnosticframeworkbasedoncancerassociatedsignificanttranscriptscreening, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  39. ☆Taro Matsutani, ☆Yuki Ueno, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Learning mutation signatures of indels by Latent Dirichlet Allocation with Variational Bayes inference, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]

  40. 福永津嵩、岩切淳一、小野幸輝、浜田道昭、lncRRIdb: ヒトlncRNA-RNA相互作用データベース、先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]

  41. ☆Takafumi Chishima and Michiaki Hamada, Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs,先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]

  42. ☆Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada, Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation、先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日(千葉県 成田)[ライトニングトーク、ポスター発表]

  43. 藤田 理紗、有村 泰宏、山本 達郎、浜田 道昭、斉藤 典子、胡桃坂 仁志、非コードRNA Eleanorはヌクレオソーム中のヒストンの交換を促進する、 2017年度生命科学系学会合同年次大会、2017年12月6日(水)〜9日(土)、神戸

  44. 片山 研太、田頭 将喜、浜田 道昭、佐藤 政充、non-coding RNAの二次構造による網羅的分類、 2017年度生命科学系学会合同年次大会、2017年12月6日(水)〜9日(土)、神戸

  45. ☆Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data, The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017, Seoul | Korea OCT 31 (Tue) - NOV 3 (Fri), 2017 [oral, reviewd]

  46. 浜田道昭,長鎖ノンコーディング RNA の機能の解明に向けた バイオインフォマティクス技術, EWE 三月会 11 月例会,日比谷市政会館,2017 年 11 月 20 日 [招待講演]

  47. ☆松谷太郎, 浜田道昭, 因子化情報量基準を用いた LDA のモデル選択, 第 20 回情報論的学習理論ワーク ショップ, 2017.11.8~11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック]

  48. ☆細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, Latent Dirichlet Allocation を用いた腸内細菌叢 のコミュニティ解析, 第 20 回情報論的学習理論ワークショップ, 2017.11.8~11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック]

  49. 浜田道昭,生命情報科学と私,第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日 [招待講演]

  50. 石川 詩苑(早稲田大学),田中 史子(早稲田大学),川上 泰雄(早稲田大学), 浜田 道昭(早稲田大学), ベイジアンネットワークによる生活習慣データの因果推論と特定項目の改善の提案, 第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日

  51. Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, RIblast: an ultrafast RNA–RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ハイライトトラック

  52. Mei Takeda, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Estimation of mapping parameters for PAR-CLIP data using LAST-TRAIN, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  53. Yuta Arizono, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Classification of Chromatin States with Hierarchical Hidden Markov Model, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  54. Wataru Okada, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose and Michiaki Hamada, Selection of novel arcRNA candidates from RNA-seq data and search for common local secondary structure motifs, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  55. Yuki Takeda and Michiaki Hamada, Analysis of histone modifications using latent feature models, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  56. Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Privacy-preserving profile HMM using homomorphic encrypt system toward secure genome analysis, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  57. Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, Prediction of mRNA m6A sites in the mammalian genome, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

  58. Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Identification of Transposable Elements which contribute to tissue specific expression of lncRNAs, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, 口頭発表

  59. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Integrative analysis of multiple ribosome profiling datasets reveals widespread lncRNA-ribosome interaction in mammals, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, 口頭発表

  60. 福永 津嵩、岩切 淳一、小野 幸輝、浜田 道昭、lncRNA-mRNAの網羅的相互作用予測へ向けた高㏿なRNA-RNA相 互作用予測ソフトウェアRIblastの開発、第19回日本RNA学会(富山)、2017/07/19

  61. 千島 崇史、岩切 淳一、浜田 道昭、lncRNA の組織特異的な発現に関与する Transposable Element の同定、第19回日本RNA学会(富山)、2017/07/19

  62. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Ribosome profiling reveals the plurality of ribosome-associated long non-coding RNAs in mammals、第19回日本RNA学会(富山)、2017/07/19

  63. 福永 津嵩、浜田 道昭 バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用 日本画像学会第31回free talking "Imaging today" 2017/07

  64. 福永 津嵩、岩切 淳一、小野 幸輝、浜田 道昭. ヒトlncRNA-RNAの網羅的相互作用予測及びデータベースの構築 第五回NGS現場の会 2017/05

  65. 曽 超、福永 津嵩、浅井 潔、浜田 道昭. Identification and classification of translational apusing and ribosome-associated lncRNAs 第五回NGS現場の会 2017/05

  66. 細田 至温、西嶋 傑、福永 津嵩、服部 正平、浜田 道昭.トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析 第五回NGS現場の会 2017/05

  67. 松谷 太郎、宇恵野 雄貴、福永 津嵩、浜田 道昭.トピックモデルを用いた、がんゲノムの変異シグネチャー解析 第五回NGS現場の会 2017/05

  68. 細田至温、西嶋傑、福永津嵩、服部正平、浜田道昭、トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析、第11回日本ゲノム微生物学会年会、横浜、2017年3月4日

  69. 宇恵野 雄貴、浜田 道昭、がんゲノムデータからのMutation Signaturesモデルの探索、第39回日本分子生物学会年会、横浜、2016年12月1日

  70. 藤田 理紗、有村 泰宏、浜田 道昭、斉藤 典子、胡桃坂 仁志、非コードRNAがクロマチンに与える影響の生化学的解析、第39回日本分子生物学会年会、横浜、2016年12月1日

  71. Taikai Takeda, Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Models using Factorized Information Criterion, 第19回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2016), 2016.11.16~19 (京都大学 吉田キャンパス)

  72. 宇惠野雄貴,浜田道昭『がんゲノムデータからのMutation Signaturesモデルの探索』,生命情報科学若手の会 第8回研究会,2016 年 10 月 12 日〜 14 日(北海道伊達市大滝セミナーハウス)

  73. Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. RIblast: A high-speed RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interactome analysis. Computational RNA Biology Workshop 2016 2016/10

  74. 福永 津嵩、浜田 道昭、岩崎 渉. Computational Ethology:バイオイメージインフォマティクスと動物行動学の融合. 第五回生命医薬情報学連合大会 2016/10

  75. Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Transposable element (TE) derived sequences in human lncRNAs, 第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  76. Taikai Takeda and Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Model, IIBMP2016, Tokyo.

  77. Yuki Ueno and Michiaki Hamda, Model selection for mutation signature, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  78. Shimpei Nishida, Shun Sakuraba and Michiaki Hamada, Estimation of RNA free-energy parameters for Watson-Crick stacked base-pairs using both computational and experimental approaches, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  79. Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 16S rRNA-based metagenomic analysis using Latent Dirichlet Allocation, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  80. Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Implementation and evaluation of privacy-preserving HMM using homomorphic encryption toward disease risk estimation, 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), Tokyo.

  81. Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada. RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction method based on seed-and-extension approach. ECCB2016 2016/9

  82. 三品気吹・浜田道昭, 疾患リスクの評価へ向けた加法準同型性暗号によるプライバシー保護HMMの実装と評価, 第108回MPS・第46回BIO合同研究発表会, 2016年7月, 沖縄(口頭発表)

  83. Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Search of the sequences common in human lncRNAs, RNA2016, Kyoto, Japan.

  84. Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai, Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences, RNA2016, Kyoto, Japan.

  85. Junichi Iwakiri, Goro Terai, Michiaki Hamada, Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue-specificity of human transcripts, RNA2016, Kyoto, Japan.

  86. Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, Improved accuracy in RNA-protein rigid body docking by incorporating force eld for molecular dynamics simulation into the scoring function, RNA2016, Kyoto, Japan

  87. Wataru Okada, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Investigation of evolutionarily conserved NEAT1-NEAT1 interactions, RNA2016, Kyoto, Japan.

  88. Michiaki Hamada, Comprehensive Prediction of lncRNA-RNA Interactions in Human Transcriptome, The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2016), San Francisco Bay Area, United States, Jan 11th-13th, 2016.

  89. Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada (presenter), A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction, The thirteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2015), HsinChu, Taiwan, Jan 21th-23th, 2015.

  90. 分子動力学計算を用いた蛋白質 RNA 複合体立体 構造予測 (お茶の水大・人間文化1 , 遺伝研2 , 東大・新領域3 , 早稲田・理工4 , 産総研・創薬基盤5 )由良 敬1,2 , 岩切 淳一3 , 浜田 道昭4 , 浅井 潔3,5 , ○亀田 倫史5、第 29 回分子シミュレーション討論会、2015年11月30日(月)~2015年12月2日(水)、朱鷺メッセ(新潟コンベンションセンター)

  91. ○亀田 倫史1 , 岩切 淳一2 , 浜田 道昭3 , 由良 敬4,5 , 浅井 潔1,2, 蛋白質・RNA 複合体の立体構造予測 Three dimensional protein-RNA complex structure prediction, 第53回日本生物物理学会年会、金沢大学、2015年9月13日〜15日

  92. 河原 郁美、亀田 倫史、池端 悠介、芦原 悠太、古板 恭子、杉木 俊彦、浜田 道昭、藤原 敏道、河野 憲二、田中 好幸, 6 児嶋 長次郎, 小胞体ストレスセンサーIre1p RNaseドメインの基質認識機構, 第54回NMR討論会

  93. 寺井 悟朗、岩切 淳一、亀田 倫史、○浜田 道昭、浅井 潔; ヒトトランスクリプトームにおける網羅的 lncRNA-RNA 相互作用予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル; ポスター発表

  94. 岩切 淳一、寺井 悟朗、亀田 倫史、浅井 潔 、浜田 道昭; RNA 発現量を用いた組織特異的 lncRNA-mRNA 相互作用予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル; ポスター発表

  95. 由良 敬、岩切 淳一、浜田 道昭、浅井 潔 、○亀田 倫史; 分子動力学計算を用いた蛋白質・RNA 複合体立体構㐀予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日~17日; 札幌パークホテル

  96. 浜田道昭; 早稲田大学理工学術院バイオインフォマティクス研究室におけるNGS関連研究の紹介; 第4回NGS現場の会; 2015年7月1日~3日; つくば国際会議場; ポスター発表

  97. Kotaro Ishii, Yusuke Kazama, Tomonari Hirano, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe, Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants in Arabidopsis thaliana, The 26th international conference on arabidopsis research

  98. 石井 公太郎,平野 智也,風間 裕介,浜田 道昭,小野 幸輝,阿部 知子, 全ゲノム変異解析のためのパイプラインの構築, 日本育種学会 第127回講演会プログラム 2015年春季 玉川大学

  99. Kotaro Ishii, Tomonari Hirano, Yusuke Kazama, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe, Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants. International Symposium on Genome Science 2015 P-43

  100. Takashi Matsuda, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai. Prediction of joint RNA secondary structure by using their homologous sequence information, GIW2014, December 15 – 17, 2014 Odaiba, Tokyo, Japan. [Best poster award]

  101. Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Ryohei Fujimaki and Kiyoshi Asai, Learning chromatin states with factorized information criteria, 生命医薬情報学連合大会2014年大会, 2014年10月2日~4日,仙台国際センター

  102. 浜田道昭、A comprehensive prediction of RNA-RNA interactions from human transcriptome, 2014RNAインフォマティクス道場@札幌

  103. 浅井潔、浜田道昭、小野幸輝、RNA2次構造情報解析のための統合ウェブ、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日(水)~25日(金)

  104. 森 遼太、浜田 道昭、浅井 潔、Credibility Limit は推定二次構造の定量的な信頼度を示す、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日(水)~25日(金)

  105. 岩切淳一、亀田 倫史、浅井 潔、浜田 道昭、RNA-タンパク質相互作用予測手法の開発、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日(水)~25日(金)

  106. 由良 敬、岩切 淳一、浜田 道昭、浅井 潔、亀田 倫史、分子動力学計算を用いた蛋白質・RNA 複合体立体構造予測、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日(水)~25日(金)

  107. 浜田道昭、Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non‐coding RNAs、バイオインフォマティクスとゲノム医療─その課題と将来展望─、2013年11月20日(水) かずさDNA研究所/産総研 生命情報工学研究センター共催ワークショップ

  108. Diksha Bhalla, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai, "Using Deep Learning as a Classifier for Biological Datasets -Hepatitis Dataset as an example-", JSBi2013

  109. Ryota Mori, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai, A method for calculating stability of RNA secondary structure, JSBi2013

  110. Kentaro HAMADA, Michiaki HAMADA, Kiyoshi ASAI, "Inferring constraints on amino acids from protein sequence alignment", BIWO2013

  111. Ryota Mori, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, "A fast and exact calculation for various score distributions of RNA secondary structure", BIWO2013

  112. Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, "The 3D structure prediction of Protein and RNA complex", BIWO2013

  113. Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Jun Sakuma, Takatsugu Hirokawa, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai, "An efficient privacy-preserving similarity search protocol for chemical compound databases", BIWO2013

  114. 浜田道昭、2 次構造情報を基盤とした RNA バイオインフォマティクス技 術・ツールの最近の進展、第15回日本RNA学会@松山, 2013年7月

  115. 岩切 淳一, 亀田 倫史, 浅井 潔, 浜田 道昭, タンパク質-RNA 相互作用における RNA2 次構造認識機構:塩 基対確率に基づく解析, 第15回日本RNA学会@松山, 2013年7月

  116. 亀田 倫史, 岩切 淳一, 浜田 道昭, 浅井 潔, 蛋白質-RNA の複合体立体構造予測,第15回日本RNA学会@松山, 2013年7月

  117. Kana Shimizu, Hiromi Arai, Koji Nuida, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Jun Sakuma, Takatsugu Hirokawa, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai, Privacy-preserving search for a chemical compound database, ISMB/ECCB 2013.

  118. 米本悠、浜田道昭、浅井潔、半教師あり学習を用いたRNA二次構造予測アルゴリズムの提案、第35回日本分子生物学会、2012

  119. 森遼大、浜田道昭、浅井潔、カノニカル分布に基づくRNA二次構造の存在確率分布記述手法の開発、第35回日本分子生物学会、2012

  120. Kana Shimizu, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Kiyoshi Asai, Developing Privacy-preserving database search protocol for chemical compound libraries, BIWO2012.

  121. Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Reference Free Approach for Detecting Chromosomal Rearrangement, BIWO2012.

  122. Haruka Yonemoto, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Semi-supervised Learning Approach to Predict RNA Secondary Structure, BIWO2012.

  123. Yukiteru Ono, kiyoshi Asai, michiaki Hamada, PBSIM: PacBio reads simulator - toward accurate genome assembly, BIWO2012.

  124. Ryota Mori, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A quantitation and visualization technique for understanding high dimensional distribution of RNA structures, BIWO2012.

  125. Michiaki Hamada, Direct updating of an RNA base-pairing probability matrix with marginal probability constraints, BIWO2012.

  126. Kiyoshi Asai, Satoshi Yamasaki, Tomoshi Kameda, Goro Terai, Michiaki Hamada, Framework for prediction of RNA-RNA interactions, BIWO2012.

  127. Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Reference Free Approach for Detecting Chromosomal Rearrangement, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

  128. Ryota Mori, Michiaki Hamada Kiyoshi Asai, A Method for Measuring RNA Secondary Structure Stability and Reliability Based on Canonical Distribution, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

  129. Haruka Yonemoto, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Semi-supervised Learning Approach to Predict RNA Secondary Structure, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

  130. Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A Classification of Bioinformatics Algorithms from the Viewpoint of Maximizing Expected Accuracy (MEA), IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

  131. Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, PBSIM: PacBio reads simulator - toward accurate genome assembly, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

  132. 森遼大、浜田道昭、浅井潔、カノニカル分布に基づいたRNAの2次構造安定性解析の開発、第14回日本RNA学会、2012/7/19

  133. 米本悠、浜田道昭、浅井潔、半教師あり学習を用いたRNAの2次構造予測アルゴリズムの提案、 第14回日本RNA学会、2012/7/19

  134. 荒井 ひろみ,清水 佳奈,浜田 道昭,津田 宏治,広川 貴次,佐久間 淳,浅井 潔、検索行動におけるプライバシ保護、2012年度人工知能学会全国大会(第26回)

  135. Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A CLASSIFICATION OF BIOINFORMATICS ALGORITHMS FROM THE VIEWPOINT OF MAXIMIZING EXPECTED ACCURACY (MEA), BIWO2011 (Jan, 2012).

  136. Michiaki Hamada, Edward Wijaya, Martin C. Frith, Kiyoshi Asai, PROBABILISTIC ALIGNMENTS WITH QUALITY SCORES: AN APPLICATION TO SHORT-READ MAPPING TOWARD ACCURATE SNP/INDEL DETECTION, BIWO2011 (Jan, 2012)

  137. Kana Shimizu, Hiromi Arai, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, TakatsuguHirokawa, Jun Sakuma, Kiyoshi Asai, DEVELOPING NOVEL PROTOCOL FOR PRIVACY-PRESERVING SEARCH OF BIT-VECTORS AND ITS APPLICATION TO THE CHEMICAL COMPOUNDS LIBRARY SEARCH, BIWO2011 (Jan, 2012)

  138. Michiaki Hamada, Introduction to RNA informatics and maximum expected accuracy (MEA) principle, 東京大学医科学研究所中井研究室セミナー, Dec. 6

  139. Edward Wijaya, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Protein-Coding Based Assembly of Metagenomic Next-Generation Sequencing Data, CBI/JSBi2011, Nov. 2011.

  140. Kana Shimizu, Hiromi Arai, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Kiyoshi Asai, Privacy preserving search for chemical compound libraries, CBI/JSBi2011, Nov. 2011.

  141. 浜田道昭, 2次構造情報に基づくRNA情報解析技術の現在と今後, RNA/RNPを見つける会2011, 2011年9月.(口頭発表)

  142. Hiroki Ashida, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A New Approach to Elucidate Genomic Landscapes in MultiscaleResolution, 5th Asian Young Researchers Conferenceon Computational and Omics Biology(AYRCOB), Aug. 2011. (Best poster award was given to this poster)

  143. 浜田道昭, Centroidシリーズ:2次構造を基盤としたRNA情報解析ツール群, 次世代バイオインフォマティクス研究会2011, 2011年8月.

  144. 浜田道昭, リードのクオリティ情報を考慮したNGSデータ解析技術, 次世代バイオインフォマティクス研究会2011, 2011年8月.

  145. 浜田道昭, プライバシー保護配列解析技術の開発に向けて, 次世代バイオインフォマティクス研究会2011, 2011年8月.

  146. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Kiyoshi Asai, Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non-coding RNAs, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011), Jun, 2011.

  147. Hironori Adachi, Akira Ishiguro, Michiaki Hamada, Eri Sakota, Kiyoshi Asai, Yoshikazu Nakamura, Antagonistic RNA Aptamer Specific to a Heterodimeric Form of Human Interleukin-17 A/F, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011), Jun 2011.

  148. Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Binary Estimation Problems in Structural Information Analysis of RNA, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.

  149. Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu, RactIP: Fast and Accurate Prediction of RNA-RNA Interaction Using Integer Programming, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.

  150. Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai, IPknot: Fast and Accurate Prediction of RNA Secondary Structures with Pseudoknots Using Integer Programming, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.

  151. Michiaki Hamada, Edward Wijaya, Martin C. Frith, Kiyoshi Asai, Probabilistic alignments with quality scores: An application to short-read mapping toward accurate SNP/indel detection, 第一回NGS現場の会研究会, 熱海, 2011年5月.

  152. Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Toutai Mituyama, Software tools for RNA sequence analysis in ncrna.org, PSB2011.

  153. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai, Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non-coding RNAs, ISMB2010. [Poster; Reviewed international conference].

  154. Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu, RactIP: fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming, ISMB2010(Poster).

  155. Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Paul Horton, How (not) to Align Genomes, The 20th International Conference on Genome Informatics December 14-16, 2009. (poster presentaion)

  156. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs, 第32回日本分子生物学会, 2009/12/9. (ポスター発表)

  157. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidHomfold: Prediction of RNA secondary structure by combining homologous sequence information, 第32回日本分子生物学会, 2009/12/9. (ポスター発表; 査読付き国内会議)

  158. 浜田道昭, CentroidHomfold: 相同配列群の情報を利用したRNAの2次構造予測, CBRC 2009, 2009/12/04. (口頭発表; 査読なし国内研究会)

  159. Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Paul Horton, How (not) to Align Genomes, CBRC 2009, 2009/12/04. (ポスター発表; 査読なし国内研究会)

  160. 浜田道昭, CentroidHomfold: 相同配列群の情報を利用したRNAの2次構造予測, 生命情報科学研究セミナー, 2009/11/06. (口頭発表; 国内セミナー)

  161. 浜田道昭, 期待精度最大化推定とバイオインフォマティクス, 第21回T-PRIMALセミナー, 2009/09/30. (口頭発表)

  162. 浜田道昭(*), Centroid シリーズ:RNA の2構造予測/アラインメントのためのツール群, 第 8 回 新しい RNA/RNP を見つける会, 2009/09.(口頭発表; 査読なし国内研究会)

  163. Michiaki Hamada, Kengo Sato(*), Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs, The 9th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2009). (Poster presentation; Reviewed international conference)

  164. 佐藤健吾, 浜田道昭, 浅井潔, 光山統泰(*), CentroidFold: RNA 二次構造予測ウェブサーバー, 第11回RNAミーティング, 2009/7. (口頭発表; 査読付き国内会議)

  165. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, Predictions of RNA secondary structure by combining homologous sequence information, IThe 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 7th Annual European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2009). (Oral presentation; Reviewed International conference)

  166. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs,The 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 7th Annual European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2009). (poster presentation; Reviewed international conference)

  167. 浜田道昭, 正確な塩基対推定のためのRNAの2次構造予測~"分布"を考えることの重要性~, 第1回生命情報科学若手の会, 2009/04/26.(口頭発表; 査読なし国内研究会)

  168. Kengo Sato, Michiaki Hamada, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai, Yasubumi Sakakibara, A Non-Parametric Bayesian Approach for Predicting RNA Secondary Structures, The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008). (poster presentation; Reviewed international conference) (Oxford Journals JSBi Prize was given to this work)

  169. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔, 期待精度を最大化するRNA情報解析手法の開発, 第31回日本分子生物学会(BMB2008), 2008/12/10. (ポスター発表; 査読有り国内会議)

  170. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔, 期待精度を最大化するRNAの2次構造予測手法, CBRC2008, 2008/11/7. (口頭発表; 査読無国内研究会)

  171. 浜田道昭, バイオインフォマティクスにおける優れた推定量の設計方法, 第26回生命情報科学研究セミナー, 2008/9/26.(口頭発表; 国内セミナー)

  172. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔, 期待精度を最大化するRNA情報解析手法の開発, 新しいRNA/RNPを見つける会, 2008/9/6.(口頭発表; 査読なし国内研究会)

  173. 浜田道昭, 金大真, 浅井潔, RNA配列群に現れる局所安定2次構造の大規模類似性探索, CBRC 2007, 2007. (poster presentation)

  174. Michiaki Hamada, Taishin Kin, Kiyoshi Asai, Large-Scale Similarity Search for Locally Stable Secondary Structures among RNA Sequences, JSBI2007. (poster presentation)

  175. 浜田道昭, RNA配列群に現われる局所安定2 次構造の大規模類似性探索, 第6回新しいRNA/RNPを見つける会, 2007. (口頭発表)

  176. Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Taku Kudo, Taishin Kin, Kiyoshi Asai, Mining Local Secondary Structure Motifs from Unaligned RNA Sequences Using Graph Mining Techniques, 5th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 6th European Conference on Computational Biology (ECCB), 2007. (poster presentation)

  177. Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Taku Kudo, Taishin Kin, Kiyoshi Asai, RNAmine: Frequent Stem Pattern Miner from RNAs, The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW2006).(poster presentation)

  178. 浜田道昭, 非整列RNA配列群からの頻出ステムパターンのマイニング, 東北大学理学部数学科情報学セミナー, 2006/12/1.(口頭発表)

  179. 浜田道昭, RNA配列群からの頻出ステムパターンの抽出, 新しいRNA/RNPを見つける会 in お台場, 2006.(口頭発表)

  180. 浜田道昭, サポートベクトルマシンを用いた機能性RNAファミリーの分類, 新しいRNA/RNPを見つける会 in 鶴岡, 2005/9/10. (口頭発表)

  181. 浜田道昭, 加藤毅, 金大真, 浅井潔, Support Vector Machineを用いた機能性RNAファミリーの分類, 第7回日本RNA学会, 2005/08/08.(口頭発表)

  182. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛, DrugMLとGrid創薬, 日本コンピュータ化学会2004春季年会, 2004/5/20. (ポスター発表)

  183. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛, Grid技術とXMLデータベースを用いた創薬プラットフォームの構築とその応用, 32回構造活性相関シンポジウム, 2004/11/30. (ポスター発表)

  184. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛, DrugMLとグリッド創薬, 31回構造活性相関シンポジウム, 2003/11/18. (ポスター発表)

  185. 山崎暢也, 吉田郁哉, 浜田道昭, 小野耕平, 渋木 尚, 世古千博, 大谷泰昭, 「ナレッジ活用による研究支援環境 知見プラットフォーム」のご紹介 -3次元SEM像シミュレータへの適用-, LSI テスティングシンポジウム/2002. (口頭発表)