招待講演・依頼講演 / Invited talk

1. 浜田道昭、核酸医薬研究を加速する情報技術の開発と応用、第453回CBI学会講演会「中分子創薬を革新する計算科学、情報科学の最前線」、2024年2月26日、13：00－16：40（オンライン）

2. 浜田道昭、バイオインフォマティクス：情報科学で生命・医学・薬学研究にブレイクスルーを、早稲田大学校友会 稲門医師会 第8回総会 2024年2月3日 （如水会館）

3. 浜田道昭，バイオインフォマティクス：情報科学で生命・医学・薬学研究にブレイクスルーを，先進技術研究会，2023-11-28

4. 浜田道昭，情報科学を用いたmRNA・核酸医薬研究，第8回 mRNA薬検討会，2023-9-19，（オンライン）

5. 浜田道昭，mRNAのトータルデザインに向けた情報技術，日本核酸医薬学会第8回年会  mRNAシンポジウム，名古屋大学，2023-7-11

6. 浜田道昭，RNAバイオインフォマティクスを用いた核酸医薬研究，日本核酸医薬学会第8回年会  教育セッション（生物），名古屋大学，2023-7-11

7. 浜田道昭，栗崎以久男，RNA構造予測ソフトウエアの紹介と比較，NPO法人mRNAターゲット創薬研究機構  2023年度 第1回講演会，ペリエホール，2023-6-27

8. 浜田道昭，バイオインフォマティクス：情報科学で生命・医学・薬学研究にブレイクスルーを，千代田稲門会2023年度定時総会講演会，帝国ホテル，2023-6-9

9. Michiaki Hamada, AI aptamer drug discovery, Special session invited talk, GIW / ISCB-Asia 2022, Dec 14, 2022, Tainan, Taiwan

10. 浜田道昭，AIアプタマー創薬プロジェクト，2022年度CREST「バイオDX」領域キックオフシンポジウム，ハイブリッド開催，2022年11月20日

11. 浜田道昭，情報科学を用いた核酸医薬・mRNA医薬研究，第31回WAKO Web受託セミナー RNA合成の進展，ウェビナー，2022年11月22日

12. 浜田道昭，RNAバイオインフォマティクス研究の最前線，千葉工業大学大学院 最先端生命科学特論 講演会 ，千葉工業大学，2022年9月27日

13. 浜田道昭，RNA 情報学を用いた医薬学研究，特定非営利活動法人 mRNAターゲット創薬研究機構  2022年度第2回講演会，オンライン開催，2022年8月31日（水） 15：30～17：00

14. 浜田道昭，AIアプタマー創薬 ―人工知能技術を用いたRNAアプタマー創薬の加速―，日本コンピュータ化学会20周年記念シンポジウム，東京工業大学，2022年6月1日

15. 浜田道昭,  RNA情報学を基軸とした創薬基盤研究,  千里ライフサイエンスセミナー，2022 年5月 24 日

16. Michiaki Hamada, AI aptamer drug discovery project, China-Japan Artificial Intelligence for Social Innovation Conference, 御茶ノ水ソラシティカンファレンスセンター, 22 March, 2022

17. 浜田道昭,  【RNA研究の最前線】RNA情報学を基軸とした生命科学・医薬学研究，日本医科大学 講演会，2022年2月3日

18. 浜田道昭,  RNAを基軸とした創薬研究，EWE講演会，2022年1月17日（月），オンライン開催

19. 浜田道昭,    AIアプタマー創薬，分子生物学会ワークショップ1PWS1-09  12月1日（水）15：45～17：15 アプタマー研究の最前線 

20. 浜田道昭，ゲノム社会とバイオインフォマティクス，日本バイオインフォマティクス学会・日本オミックス医学会 合同シンポジウム, IIBMP2021, 2021年9月28日

21. 浜田道昭，AIアプタマー創薬プロジェクト，日本医科大学・早稲田大学合同シンポジウム,  2021年6月19日, オンライン

22. 浜田道昭，RNA情報学の最前線，生命情報科学勉強会＠宮崎大学，2021年5月26日 17:00~18:30, オンライン

23. 浜田道昭，RNAバイオインフォマティクスの最前線，名古屋大学，2021年1月19日（火），オンライン

24. 浜田道昭，核酸医薬品開発に向けたバイオインフォマティクス技術，第15回理研「バイオものづくり」シンポジウム，理化学研究所，2020年12月4日，オンライン 

25. 浜田道昭，AIアプタマー創薬の実現に向けた情報技術，NVIDIA GPU Technology Conference (GTC), 2020年10月5日ー9日，オンライン 

26. 浜田道昭，AIアプタマー創薬プロジェクト，CREST「人工知能」領域 第3回 成果展開シンポジウム，2020年9月23日，オンライン 

27. 浜田道昭，長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明に向けたバイオインフォマティクス，ゲノム創薬・創発フォーラム 第 3 回シンポジウム （主要テーマ：RNA関連の基礎研究とその創薬応用）， 2020 年 2 月 3 日 (月) 13:00 – 18:00，東京大学医科学研究所附属病院 A棟8階 トミーホール

28. 浜田道昭，長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明を目指したバイオインフォマティクス，RNAフロンティアミーティング 2019，IBM 天城ホームステッド（静岡県伊豆市），2019年9月24日(火)-26日(木)

29. 浜田道昭, RNAバイオインフォマティクス：技術開発と応用，2019年度  第１回 核酸を標的とした低分子創薬研究会，  大阪大学 産業科学研究所 ，2019年8月6日（招待講演）

30. 浜田道昭，長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明を目指したバイオインフォマティクス技術，第6回 東京女子医科大学・早稲田大学 研究交流セミナー，2019/02/22，東京女子医科大学・早稲田大学連携 先端生命医科学研究教育施設

31. 浜田道昭，長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明に向けた バイオインフォマティクス技術，EWE三月会11月例会，2017年11月20日(月)、18時～20時，日比谷市政会館

32. 浜田道昭、生命情報科学と私、第９回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日

33. 浜田道昭、RNAバイオインフォマティクスによる長鎖ノンコーディングRNAの機能解析、東京農工大学 川野研究室 講演会、2017年1月27日

34. 浜田道昭、RNAバイオインフォマティクス技術の現状と課題、LSBMミニシンポジウム： RNAのバイオインフォマティクス、2015年7月30日

35. 浜田道昭、次世代バイオインフォマティクス技術の研究開発、医薬会セミナー（国立国際医療研究センター）、2013年9月25日

36. 浜田道昭, 【特別講演】正確な塩基対推定のためのRNAの2次構造予測～分布を考えることの重要性～, 分子計算研究会, 2009年3月.

37. 浜田道昭, 【オーガナイズド講演】 非整列RNA配列群からの頻出ステムパターンのマイニング, 第９回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS 2006), 2006年10月.

ワークショップ / Workshop

1. 秋光 信佳 ，浜田 道昭，第43回日本分子生物学会 ワークショップ 1PW-03 ／ RNAリインカネーション 2020/12/02 15:30～18:00  Ch 03

その他の発表 / Other presentation

1. 若林佑太郎，下野愛夏，石川公輔，曽超，浜田道昭，渡辺慎哉，仙波憲太郎，小胞体ストレスに応答する新規lncRNA TISPLの転写メカニズムおよび機能の解明，第46回日本分子生物学会年会，神戸国際展示場 1号館1階，2023-12-8，（ポスター発表）

2. 金子修士，藤原奈央子，曽超，浜田道昭，廣瀬哲郎，中條岳志，血清飢餓ストレスによって誘導される新規難溶性architectural RNA SISTの解析，第46回日本分子生物学会年会，神戸国際展示場 1号館1階，2023-12-7，（ポスター発表）

3. 小野口真広，足達俊吾，浜田道昭，LINE1 RNAと相互作用するタンパク質の網羅的解析とクロマチン制御機構の解明，第46回日本分子生物学会年会，神戸国際展示場 1号館1階，2023-12-7，（ポスター発表）

4. 小野口真広，足達俊吾，浜田道昭，LINE1 RNAと相互作用するタンパク質の網羅的解析とクロマチン制御機構の解明，第46回日本分子生物学会年会，神戸ポートピアホテル 本館 B1F 布引，2023-12-7，（一般口頭発表）

5. ☆小菅将斗，伊東潤平，浜田道昭，転移因子とKRAB-ZFPファミリーの進化的軍拡競争とco-option，第46回日本分子生物学会年会，神戸国際展示場 1号館1階，2023-12-7，（ポスター発表）

6. ☆武田淳志，野中大輔，今津裕太，福永津嵩，浜田道昭，REPrise:inexact seedを用いた散在反復配列検出，第46回日本分子生物学会年会，神戸国際展示場 1号館1階，2023-12-7，（ポスター発表）

7. 後藤覚，天野亮，⼀ノ瀬顕⼦，道下瑛陽，浜⽥道昭，中村義⼀，⾼橋理貴，チクングニアウイルス中和RNAアプタマー作⽤機序解析，第46回日本分子生物学会年会，神戸国際展示場 1号館1階，2023-12-7，（ポスター発表）

8. 天野亮，道下瑛陽，中野涼太，⼀ノ瀬顕⼦，芳賀和美，メイリンモイ，浜⽥道昭，中村義⼀，⾼橋理貴，VLP-SELEXとin silico解析によるデングウイルス中和アプタマーの創製と有効性評価，第46回日本分子生物学会年会，神戸国際展示場 1号館1階，2023-12-7，（ポスター発表）

9. 大里直樹，浜⽥道昭，ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わるDNA 結合タンパク質の予測と発見，第46回日本分子生物学会年会，神戸国際展示場 1号館1階，2023-12-7，（ポスター発表）

10. 角俊輔，浜田道昭，齊藤博英，RNAファミリー配列の深層生成設計，第61回生物物理学会，名古屋国際会議場，2023-11-14/16，（一般口頭発表）

11. 西村友宏，久保顕登，福永津嵩，浜田道昭，A fast RNA secondary structure prediction method using homologous sequence information， 第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学柏キャンパス，2023-10-14，（ショートトーク）

12. 外尾航季，三森隆広，松井啓隆，浜田道昭，Development of an Interpretable Anomaly Detection Model for Blood Cell Imaging，第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学柏キャンパス，2023-10-14，（ロングトーク）

13. 村松栞，小野口真広，浜田道昭，Elucidation for features of mRNAs driving stress granule formation，第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学柏キャンパス，2023-10-14，（ショートトーク）

14. 道下瑛陽，角俊輔，岩野夏樹，安達健朗，浜田道昭，An Aptamer Generating Model Using RNA Secondary Structure Information，第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学柏キャンパス，2023-10-14，（ショートトーク）

15. 楊之介，浜田道昭，Small molecule generation with Cellular heterogeneity，第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学柏キャンパス，2023-10-14，（ショートトーク）

16. 山脇龍馬，曽超，浜田道昭，Sequence characterization and prediction of semi-extractable RNAs ，第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学柏キャンパス，2023-10-14，（ショートトーク）

17. 川崎千晶，井内仁志，川崎純菜，浜田道昭，Prediction of coronavirus hosts using a protein language model，第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学柏キャンパス，2023-10-14，（ショートトーク）

18. 高山直也，小野口真広，浜田道昭，Analysis of the relasionship between cancer-related lncRNAs and transposable elements，第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学柏キャンパス，2023-10-14，（ショートトーク）

19. 橋本和磨，須賀幹太，山田啓介，浜田道昭，Conditional Variational AutoEncoder for Multi-Objective Controlled 5'UTR Design ，第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学柏キャンパス，2023-10-14，（ショートトーク）

20. 針生理来，浜田道昭，Comprehensive search for lncRNA-mRNA interactions that contribute to mRNA translation regulation，第7回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学柏キャンパス，2023-10-14，（ショートトーク）

21. 道下瑛陽，角俊輔，岩野夏樹，安達健朗，浜田道昭，二次構造情報を考慮したアプタマー生成モデルの開発，生命情報科学若手の会 第15回研究会，2023-10-7/9

22. 小菅将斗，伊東淳平，浜田道昭，大規模ChIP-seq解析による転移因子とKRAB-ZFPファミリーの進化的軍拡競争とco-optionの解明，生命情報科学若手の会 第15回研究会，料亭旅館 松濤軒，2023-10-7/9

23. 横山源太朗，浜田道昭，機械学習と統計学的アプローチを組み合わせたタンパク質設計手法の提案，生命情報科学若手の会 第15回研究会，料亭旅館 松濤軒，2023-10-7/9

24. 西村友宏，久保顕登，福永津嵩，浜田道昭，相同配列情報を考慮した高速なRNA二次構造予測ツール，生命情報科学若手の会 第15回研究会，料亭旅館 松濤軒，2023-10-7/9

25. 伊藤恵理，小野口真広，浜田道昭，哺乳類の脳細胞において特異的に機能するトランスポゾン由来エンハンサーの同定，生命情報科学若手の会 第15回研究会，料亭旅館 松濤軒，2023-10-7/9

26. 荻野祥平，川崎純菜，浜田道昭，RNA2次構造に基づく未知デルタウイルスの探索，生命情報科学若手の会 第15回研究会，料亭旅館 松濤軒，2023-10-7/9

27. 楊之介，浜田道昭，細胞の不均一性を考慮した小分子の作用予測，生命情報科学若手の会 第15回研究会，料亭旅館 松濤軒，2023-10-7/9

28. 武田淳志，野中大輔，今津裕太，福永津嵩，浜田道昭，De novo repeat detection using inexact seed，生命情報科学若手の会 第15回研究会，料亭旅館 松濤軒，2023-10-7/9

29. 砂金美月，浜田道昭，ターゲットリポジショニングによる疾患治療標的の高精度な予測，生命情報科学若手の会 第15回研究会，料亭旅館 松濤軒，2023-10-7/9

30. Naoki Osato, Michiaki Hamada，Systematic discovery of regulatory motifs associated with human insulator sites reveals the roles of directional bias and regulation in alternative transcription，第14回国際ゲノム会議，一橋講堂，2023-10-4/6，(poster)

31. 角俊輔，浜田道昭，齊藤博英，深層生成モデルによる RNA ファミリー配列設計，「細胞を創る」研究会 16.0，東京大学駒場キャンパス 21 Komaba Center for Educational Excellence (KOMCEE)，2023-9-25/26，（ポスター発表）

32. 酒井俊輔，武田淳志，今野直輝，大会企画セッション 「若手の会企画: 『研究室マネジメント』について話し合おう!」，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9

33. 川崎純菜，伊東潤平，ウイルス感染症の制圧はなぜ難しいか?，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（ワークショップ）

34. 小菅将斗，伊東潤平，浜田道昭，大規模 ChIP-seq 解析による転移因子と KRAB-ZFP ファミリーの進化的軍拡競争と co-option の解明 Large-scale ChIP-seq analysis reveals evolutionary arms races between transposable elements and KRAB-ZFP family and co-option，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（ワークショップ）

35. 木村晃，安達健朗，浜田道昭，条件付き変分オートエンコーダーを用いたRNAアプタマーの生成 sRNA aptamer generation using conditional variational autoencoder，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（一般口頭発表）

36. 三森隆広，浜田道昭，Differentiable phylogenetic inference via geometric gradients of tree topologies 微分可能な樹形表現による系統樹推定手法の開発，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（一般口頭発表）

37. 川崎純菜，浜田道昭，Assessment of viral infectivity to humans using nucleotide language models，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（ポスター発表）

38. 木村晃，安達健朗，浜田道昭，条件付き変分オートエンコーダーを用いたRNA アプタマーの生成　RNA aptamer generation using conditional variational autoencoder，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（ポスター発表）

39. 大里直樹，浜田道昭，ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見　Systematic discovery of regulatory motifs associated with human insulator sites reveals the role of directional bias，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（ポスター発表）

40. 内藤詩菜，松谷太郎，浜田道昭，The analysis of mutational signatures for understanding carcinogenesis considering temporal heterogeneity，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（ポスター発表）

41. 道下瑛陽，角俊輔，岩野夏樹，安達健朗，浜田道昭，An Aptamer Generating Model Using RNA Secondary Structure Information，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（ポスター発表）

42. 柳本香菜美，細田至温，佐藤美和，浜田道昭，Prediction of antibiotic resistance genes using protein language models，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（ポスター発表）

43. 小菅将斗，伊東潤平，浜田道昭，大規模 ChIP-seq 解析による転移因子と KRAB-ZFP ファミリーの進化的軍拡競争と co- option の解明 Large-scale ChIP-seq analysis reveals evolutionary arms races between transposable elements and KRAB-ZFP family and co-option，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（ポスター発表）

44. 三森隆広，浜田道昭，Differentiable phylogenetic inference via geometric gradients of tree topologies　微分可能な樹形表現による系統樹推定手法の開発，2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023），柏の葉カンファレンスセンター，2023-9-7/9，（ポスター発表）

45. Toshiyuki Shimono, Multiplying the absolute values from Student’s t-distribution of two degrees produces the Bradley-Terry model, ICIAM 2023, Tokyo, Japan, 2023-8-20/25, (poster)

46. 浜田道昭，RNAを「理解」し「活用」する，NAインフォマティクス研究会，神戸，2023-8-19

47. 栗崎以久男，生体分子機械の動作機序解明に向けた実効的シミュレーション手法の開発，RNAインフォマティクス研究会，神戸，2023-8-18

48. Naoki Osato, Michiaki Hamada, Systematic discovery of directional regulatory motifs associated with human insulator sites, ISMB/ECCB 2023, Lyon, France, 2023-7-23/27, (poster)

49. Takahiro Mimori, Michiaki Hamada, A fully differentiable approach to Bayesian phylogenetic inference, ISMB/ECCB 2023, Lyon, France, 2023-7-23/27, (poster)

50. Takahiro Mimori, Michiaki Hamada, GeoPhy: Differentiable Phylogenetic Inference via Geometric Gradients of Tree Topologies,  ICML 2023 Workshop on Differentiable Almost Everything: Differentiable Relaxations, Algorithms, Operators, and Simulators, Honolulu, Hawaii, 2023-7-28, hybrid, (poster)

51. 外尾航季，三森隆広，松井啓隆，浜田道昭，血球画像を対象とした解釈性のある異常検知モデルの開発，MIRU2023，浜松，2023-7-25/28，（ポスター発表）

52. 山田啓介，須賀幹太，浜田道昭，多目的ベイズ最適化によるヒト5’UTR配列デザイン，日本核酸医薬学会 第8回年会（若手シンポジウム），名古屋大学，2023-7-11/14 

53. 高橋理貴，天野亮，後藤覚，道下瑛陽，一ノ瀬顕子，芳賀和美，Meng Ling Moi，浜田道昭，中村義一，VLP-SELEX法によるウイルス中和核酸抗体の創製，日本核酸医薬学会 第8回年会，名古屋大学，2023-7-11/14，（ポスター発表） 

54. 山田啓介，須賀幹太，浜田道昭，多目的ベイズ最適化によるヒト 5'UTR配列デザイン，日本核酸医薬学会 第8回年会，名古屋大学，2023-7-11/14，（ポスター発表 ）

55. 道下瑛陽，角俊輔，岩野夏樹，浜田道昭，頻度情報を考慮したアプタマー生成モデルの開発，日本核酸医薬学会 第8回年会，名古屋大学，2023-7-11/14，ポスター発表

56. Chao Zeng, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose, Michiaki Hamada，Landscape of semi-extractable RNAs across five human cell lines，第24回日本RNA学会年会，那覇， 2023-7-5/7

57. Shushi Kaneko, Naoko Fujiwara, Takeshi Chujo, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Tetsuro Hirose，Analysis of SIST lncRNAs that form nuclear bodies upon serum starvation stress，第24回日本RNA学会年会，那覇，2023-7-5/7，(ポスター発表)

58. Masaki Takahashi, Ryo Amano, Kaku Goto, ☆Akiya Michishita, Akiko Ichinose, Kazumi Haga, Meng Ling Moi, Michiaki Hamada, Yoshikazu Nakamura，Generation of virus-neutralizing aptamers by VLP-SELEX，第24回日本RNA学会年会， 那覇，  2023-7-5/7， (ポスター発表)

59. Masahiro Onoguchi, Shungo Adachi, Michiaki Hamada，Comprehensive analysis of the LINE1-associated proteins and estimation of novel regulators of LINE1，第24回日本RNA学会年会，那覇，2023-7-5/7，(ポスター発表)

60. Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada，The Lomb-Scargle Periodogram-Based Algorithm to Detect Differentially Expressed Genes Along Pseudotime，第24回日本RNA学会年会，那覇，2023-7-5/7，(ポスター発表)

61. 柳本香菜美，細田至温，佐藤美和，浜田道昭，タンパク質言語モデルを利用した抗生物質耐性メカニズムの予測，第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会，沖縄科学技術大学院大学 (OIST) ，2023-7-1

62. 道下瑛陽，角俊輔，岩野夏樹，浜田道昭，頻度情報を考慮したアプタマー生成モデルの開発，第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会，沖縄科学技術大学院大学 (OIST)，2023-7-1

63. 三森隆広，浜田道昭，微分可能な樹形表現による系統樹推定手法の開発，第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会，沖縄科学技術大学院大学 (OIST)，2023-7-1

64. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Integrated database for RNA-targeting drug discovery, Cold Spring Harbor Asia Conference: The Now and Future of RNA Therapeutics, 2023-6-19/23, Awaji, (poster)

65. 武田淳志，福永津嵩，浜田道昭，グラフ表現による，構造変異を考慮した転移因子解析基盤の開発，第21回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会，2023-6-14，オンライン開催, （ポスター発表）

66. ☆横山源太朗，細田至温，福永津嵩，浜田道昭，隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定，第21回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会，2023-6-14，オンライン開催，（ポスター発表）

67. ☆小菅将斗，伊東潤平，浜田道昭，KZFP 遺伝⼦群の転移因⼦を介した遺伝⼦発現への寄与の解明，第21回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会，2023-6-14，オンライン開催，（ポスター発表）

68. Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, The Lomb-Scargle Periodogram-Based Algorithm to Detect Differentially Expressed Genes Along Pseudotime, BIOINFORMATICS 2023, 2023-2-16/18, Lisbon, Portugal

69. Naoki Osato, Michiaki Hamada, Systematic discovery of regulatory motifs  associated with an insulator function for human enhancer-promoter interactions international symposium on chromatin architecture: structure and function. ERATO International Symposium on Chromatin Architecture: Structure and Function, Virtual, 2023-1-24/25

70. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Landscape of semi-extractable RNAs across five human cell lines / 5種類のヒト細胞株における難溶性RNAのランドスケープ，先進ゲノム支援2022年度拡大班会議，パシフィコ横浜，2023-1-19

71. Masahiro Onoguchi, Shungo Adachi, and Michiaki Hamada, Comprehensive analysis of the LINE1-associated proteins and estimation of novel regulators of LINE1, Cold Spring Harhor Asia RNA Biology,  December 5-9, 2022, AWAJI, JAPAN

72. Aika Shimono, Yutaro Wakabayashi, Kosuke Ishikawa, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Shinya Watanabe, Kentaro Semba, 小胞体ストレスに応答する新規IncRNA TISPLの転写メカニズムの解明, 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ

73. Ryo Amano, Akiya Michishita, Ryota Nakano, Akiko Ichinose, Michiaki Hamada, Yoshikazu Nakamura, Masaki Takahashi, Multi-VLP SELEXとin silico解析によるデングウイルス中和アプタマーの創製戦略, 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ

74. Naoki Osato, Michiaki Hamada, ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見（ワークショップ）, 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ

75. SHUO MA, Michiaki Hamada, Sequence based analysis about chromatin associated long non-coding RNAs, 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ

76. Masahiro Onoguchi, Shungo Adachi, Michiaki Hamada, LINE1配列と相互作用するタンパク質の網羅的解析と新規制御因子の探索, 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ

77. Kaku Goto, Ryo Amano, Michiaki Hamada, Yoshikazu Nakamura, Masaki Takahashi, RNA aptamers impeding chikungunya virus entry, 第45回日本分子生物学会年会, 2022/11/30~12/2, 幕張メッセ

78. 武田 淳志, 野中 大輔, 今津 裕太, 福永 津嵩, 浜田 道昭, Inexact seedを用いた散在反復配列検出手法の開発, （ショートトーク）, 情報処理学会 第72回バイオ情報学研究発表会(sigbio72), 東京工業大学大岡山キャンパス, 2022年11月29日

79. 久保顕登，福永津嵩，浜田道昭，A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure,（ショートトーク）第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，慶應義塾大学矢上キャンパス，2022年10月15日

80. 須賀幹太，山田啓介，浜田道昭，5'UTR sequence generation using natural language processing model，（ショートトーク）第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，慶應義塾大学矢上キャンパス，2022年10月15日

81. 道下瑛陽，角俊輔，岩野夏樹，浜田道昭，An Aptamer Generating Model Using RNA Secondary Structure Information，（ショートトーク）第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，慶應義塾大学矢上キャンパス，2022年10月15日

82. 川崎千晶，井内仁志，川崎純菜，浜田道昭，Prediction of coronavirus hosts using a protein language model，（ショートトーク）第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，慶應義塾大学矢上キャンパス，2022年10月15日

83. 横山源太朗，細田至温，福永津嵩，浜田道昭，隠れマルコフモデルを用いた腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定，（ショートトーク）第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，慶應義塾大学矢上キャンパス，2022年10月15日

84. 鏑木惟蕗，福永津嵩，浜田道昭，A neural network model for sequence comparison applicable to multiple RNA families，（ショートトーク）第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，慶應義塾大学矢上キャンパス，2022年10月15日

85. 山脇龍馬，曽超，浜田道昭，Research on RNA:RBP interactions considering RNA secondary structure，（ショートトーク）第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，慶應義塾大学矢上キャンパス，2022年10月15日

86. 武田淳志 ，川崎 純菜，齋藤 裕，本野 千恵，倪 聖亮，Martin C Frith，浜田 道昭，Virus protein fossils in vertebrate genomes，（ショートトーク）第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，慶應義塾大学矢上キャンパス，2022年10月15日

87. 原快成，岩野夏樹，福永津嵩，浜田道昭，Accelerating RNA accessibility prediction by deep learning，（ロングトーク）第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，慶應義塾大学矢上キャンパス，2022年10月15日

88. 柳本香菜美，細田至温，浜田道昭，Prediction of antibiotic resistance genes using BERT，（ロングトーク）第6回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，慶應義塾大学矢上キャンパス，2022年10月15日

89. 大里直樹, 浜田道昭, ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見, 日本遺伝学会第94回大会, ハイブリッド開催（オンライン発表）, 2022/9/14-16, 北海道大学

90. Kaisei Hara, Natsuki Iwano, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 深層学習を用いたRNAアクセシビリティ予測の高速化, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

91. Miyako Ishihara, Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, ニューロンにおける転移因子の転移異常と統合失調症発症の関係, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

92. Shiina Naito, Taro Matsutani and Michiaki Hamada, 時間的異質性を考慮した，がんの発生原因解明に向けた変異シグネチャの解析, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

93. Akiya Michishita, Shunsuke Sumi, Natsuki Iwano and Michiaki Hamada, 二次構造情報を考慮したアプタマー生成モデルの開発, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

94. Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, E-value計算を行う，構造を考慮した高速なRNA相同性検索ツールの開発, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

95. Gentaro Yokoyama, Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

96. Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Keizo Tomonaga and Masayuki Horie, 公共データの再利用によるRNAウイルス配列の大規模調査, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

97. Kanami Yagimoto, Shion Hosoda and Michiaki Hamada, 遠位配列の相互作用を考慮した抗生物質耐性メカニズム分類手法の提案, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

98. Yukiteru Ono, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai, PBSIM3: a simulator for all types of PacBio and ONT long reads, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

99. Nagi Yoshitsugu, Chao Zeng and Michiaki Hamada, レファレンスフリーツールを含む発現変動解析ツールの比較, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

100. Takahiro Mimori and Michiaki Hamada, Phylogenetic Inference in Continuous Space, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

101. Taro Matsutani and Michiaki Hamada, 単細胞シーケンシングデータを利用した変異シグネチャーに基づく高精度な腫瘍進化史推定ツールの開発, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

102. Atsushi Takeda, Daisuke Nonaka, Yuta Imazu, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, De novo repeat detection using inexact seed, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

103. Shunsuke Sumi, Hirohide Saito and Michiaki Hamada, 機能性RNA設計のための深層生成モデルの開発, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

104. Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 高速なRNA共通二次構造予測手法LinAliFold及びCentroidLinAliFoldの開発, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

105. Naoki Osato and Michiaki Hamada, ヒトのクロマチン相互作用のインシュレータ機能と関わる転写因子の網羅的な解析と 発見, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 2022/9/13~15, 千里ライフサイエンスセンター

106. 横山 源太朗，隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定，生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日

107. 山田 啓介，潜在表現の多目的最適化によるヒト5'UTR配列生成，生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日

108. 道下 瑛陽，二次構造情報を考慮したアプタマー生成モデルの開発，生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日

109. 武田 淳志，ゲノムの未知領域を探索する，生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日

110. 小菅 将斗，KRAB-ZFP遺伝子群の組織特異的遺伝子発現への寄与の解明，生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日

111. 久保 顕登，E-value計算を行う，構造を考慮した高速なRNA相同性検索ツールの開発，生命情報科学若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日〜11日

112. Naoki Osato, Michiaki Hamada, Systematic discovery of regulatory motifs associated with the insulator function of human enhancer-promoter interactions. Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2022/7/10-14. Madison, Wisconsin, USA, ハイブリッド開催（口頭発表）

113. Shunsuke Sumi, Michiaki Hamada, Hirohide Saito, A novel deep learning architecture enables efficient functional RNA design, 第23回日本RNA学会年会, 2022/7/20~22, 京都

114.  Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, LinAliFold and CentroidLinAliFold: Fast RNA consensus secondary structure prediction tools based on beam search methods, 第23回日本RNA学会年会, 2022/7/20~22, 京都

115.  Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, Fast Fourier transform-based detection of differentially expressed genes associated with pseudotime in scRNA-seq, 第23回日本RNA学会年会, 2022/7/20~22, 京都

116.  Chao Zeng, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose, Michiaki Hamada, De novo assembly and characterization of semi-extractable RNAs, 第23回日本RNA学会年会, 2022/7/20~22, 京都

117. Eito Ichihashi, Mai Kubota, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Kazuko Nisikura, Yusuke Siromoto, Masayuki Sakurai, Identify the effect of R-loop on transcriptional regulatory mechanisms, 第23回日本RNA学会年会, 2022/7/20~22, 京都

118. 武田 淳志, 野中 大輔, 今津 裕太, 福永 津嵩, 浜田 道昭, データベースを用いない高感度散在反復配列検出手法の開発, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン

119. 石原 京, 関根 光太郎, 小野口 真広, 浜田 道昭, ニューロンにおける転移因子の転移異常と統合失調症発症の関係, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン

120. 松谷 太郎, 浜田 道昭, 階層ベイズモデルによる変異シグネチャーとSingle-cell WGSデータを用いた腫瘍内不均一性の推定, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン

121. 久保 顕登, 福永 津嵩, 浜田 道昭, 構造を考慮した高速なRNA相同性検索ツールの開発, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン

122. 小菅 将斗, KRAB-ZFP遺伝子群の組織特異的遺伝子発現への寄与の解明, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン

123. 原 快成, 岩野 夏樹, 福永 津嵩, 浜田 道昭, 深層学習を用いたRNAアクセシビリティ予測の高速化, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン

124. 横山源太朗, 細田至温, 福永 津嵩, 浜田 道昭, 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定, 2022/6/29, 第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会, オンライン

125. 松永　浩子，牧野　祐樹，杉山　夏緒里，我妻　竜太，山﨑　美輝，鈴木　直子，浜口　悠，浜田　道昭，竹山　春子, 組織空間的な転写産物解析による新生児マウス心機能発現制御機構の解析，第44回日本分子生物学会年会，横浜，2021年12月1日〜3日

126. 松永　浩子，牧野　祐樹，杉山　夏緒里，我妻　竜太，山﨑　美輝，鈴木　直子，浜口　悠，浜田　道昭，竹山　春子，組織空間的な転写産物解析によるマウス心機能発現制御機構の解析，第73回 日本生物工学会大会，オンライン開催，2021年10月27日〜29日

127. 大里直樹、浜田道昭, ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発, 第44回日本分子生物学会年会, 2021/12/1-3, パシフィコ横浜, オンライン開催（ハイブリッド開催）

128. 大里直樹、浜田道昭, ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発, 第68回バイオ情報学研究会, 2021/11/30, オンライン開催

129. 大里直樹、浜田道昭, 深層学習を用いた、ヒトのエンハンサー・遺伝子相互作用に影響する転写因子の解析, JST CREST 「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」 キックオフシンポジウム「バイオDXの最前線」, 2021/11/21-22, オンライン開催（口頭発表）

130. 大里直樹、浜田道昭, 深層学習の予測結果に寄与する因子の大規模な解析に伴うノイズの影響の低減, 第24回情報論的学習理論ワークショップ, 2021/11/10-13, オンライン開催

131. 大里直樹、浜田道昭, ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発, 第67回バイオ情報学研究会, 2021/9/30, オンライン開催

132. Naoki Osato, Systematic discovery of directional chromatin-associated regulatory motifs affecting human gene transcription, CSHL meeting Mechanisms of Eukaryotic Transcription, 2021/8/31-9/3, オンライン開催

133. Naoki Osato, Systematic discovery of directional chromatin-associated regulatory motifs affecting human gene transcription, Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2021/7/25-30, オンライン開催

134. 柳本香菜美, Classification of antibiotic resistance mechanisms considering the interaction of distal sequences, （ショートトーク）第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2021年11月13日

135. 道下瑛陽, 二次構造情報を考慮したアプタマー生成モデル, （ショートトーク）第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2021年11月13日

136. 内藤詩菜, The analysis of mutational signatures for understanding carcinogenesis considering temporal heterogeneity, （ショートトーク）第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2021年11月13日

137. 久保顕登, A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure, （ショートトーク）第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2021年11月13日

138. 武田淳志, De novo repeat detection using inexact seed, （ショートトーク）第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2021年11月13日

139. 関根光太郎, The function of transposons as cell-type specific gene regulatory regions in the adult mouse brain, （ロングトーク）第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2021年11月13日

140. 横山源太朗, Estimation of Stability of State Transition of Human Gut Microbiota Using Hidden Markov Model, （ロングトーク）第5回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2021年11月13日

141. 横山 源太朗，隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定，生命情報科学若手の会 第13回研究会，オンライン開催，2021年10月22日〜24日

142. 山田 啓介，BERTを用いた長鎖RNA配列の特徴表現，生命情報科学若手の会 第13回研究会，オンライン開催，2021年10月22日〜24日

143. 柳本 香菜美，遠位配列の相互作用を考慮した抗生物質耐性メカニズム分類手法の提案，生命情報科学若手の会 第13回研究会，オンライン開催，2021年10月22日〜24日

144. 道下 瑛陽，RNAアプタマー生成モデルの開発，生命情報科学若手の会 第13回研究会，オンライン開催，2021年10月22日〜24日

145. 内藤 詩菜，がんにおける変異シグネチャの解析，生命情報科学若手の会 第13回研究会，オンライン開催，2021年10月22日〜24日

146. 武田 淳志，inexact seedを用いた散在反復配列検出，生命情報科学若手の会 第13回研究会，オンライン開催，2021年10月22日〜24日

147. 久保 顕登，RNA向け相同性検索ツールの開発，生命情報科学若手の会 第13回研究会，オンライン開催，2021年10月22日〜24日

148. Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催 (ハイライト https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab287)

149. Keisuke Yamada and Michiaki Hamada, Prediction of RNA-protein interactions using a nucleotide language model, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催 (ハイライト https://doi.org/10.1101/2021.04.27.441365)

150. Taro Matsutani and Michiaki Hamada, 変異アレル頻度を考慮したヒトがんゲノムの変異シグネチャー解析, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催 (ハイライト https://doi.org/10.1101/2021.05.08.443215)

151. Natsuki Iwano, Tatsuo Adachi, Kazuteru Aoki, Yoshikazu Nakamura and Michiaki Hamada, RaptGen: A variational autoencoder with profile hidden Markov model for generative aptamer discovery, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催 (ハイライト https://doi.org/10.1101/2021.02.17.431338)

152. Hitoshi Iuchi and Michiaki Hamada, Jonckheere-Terpstra-Kendall-based non-parametric analysis of temporal differential gene expression, 2021/9/27~29, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), オンライン開催 (ハイライト https://doi.org/10.1093/nargab/lqab021)

153. Atsushi Takeda, Yuta Imazu, Daisuke Nonaka, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, De novo Repeat Detection using Inexact Seed, 2021/9/27~29, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), オンライン開催 (口頭発表)

154. 横山 源太朗、☆細田 至温、福永 津嵩、浜田 道昭, 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

155. Taro Matsutani and Michiaki Hamada, 変異クラスに依存しない階層ベイズモデルに基づくがんゲノムのIndelシグネチャー決定, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

156. Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, 脳における細胞種特異的なDNA結合モチーフとしての転移因子の機能, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

157. Arisa Nozaki, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, 液-液相分離の現象に着目したエンハンサーRNAの機能解析, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

158. Miyako Ishihara, ☆Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, ニューロンにおける転移因子の転移異常と統合失調症発症の関係, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

159. Risa Akita, ☆Taro Matsutani and Michiaki Hamada, IS-divergenceを用いた非負値行列因子分解による変異シグネチャ抽出ツールの改善, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

160. Kaisei Hara, Natsuki Iwano, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 深層学習を用いたRNAアクセシビリティ予測の高速化, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

161. Shion Hosoda and Michiaki Hamada, 細菌叢データにおける系統樹に基づいた回帰のためのベイジアンモデルの提案, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

162. Ryo Niwa, Chao Zeng and Michiaki Hamada, 転写因子結合部位として働く反復配列の発見とその機能の解明, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

163. Chisato Yuki and Michiaki Hamada, 塩基対確率に基づくRNA二次構造検索ツールの開発, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

164. Risa Maemura, ☆Shion Hosoda and Michiaki Hamada, LDAを使用した微生物-代謝物相互作用の推定, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

165. Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure with E-value calculation, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

166. 大里 直樹、浜田 道昭, ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の発見, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

167. 曽 超、浜田 道昭, リピート配列由来の機能エレメントの探索, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

168. Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada and Tsukasa Fukunaga, E.coli K-12 MG1655株の機能未知遺伝子群y-omeの特徴解析及びその機能予測可能性の検証, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

169. Yu Hamaguchi, Chao Zeng and Michiaki Hamada, ヒト遺伝子アノテーションがRNA-seq解析に与える影響の評価, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), 2021/9/27~29, オンライン開催

170. Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada, The function of transposons as regulatory DNA elements in excitatory neurons, 第44回日本神経科学大会・CJK第1回国際会議, オンライン開催, 2021年7月28日〜31日

171. Miyako Ishihara, Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada, Relationship between abnormal retrotransposition  and development of schizophrenia in neurons, 第44回日本神経科学大会・CJK第1回国際会議, オンライン開催, 2021年7月28日〜31日

172. Keisuke Yamada, Michiaki Hamada, Prediction of RNA-Protein Interactions Using a Nucleotide Language Model, The 2021 ICML Workshop on Computational Biology, 2021/7/24, オンライン開催

173. Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, Jonckheere–Terpstra–Kendall-based non-parametric analysis of temporal differential gene expression, 第22回日本RNA学会年会, 2021/7/7~9, オンライン開催

174. Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Ayako Matsumaru, Michiaki Hamada, Binding Patterns of RNA Binding Proteins To Repeat-Derived RNA Sequences Reveal Putative Functional RNA Elements, 第22回日本RNA学会年会, 2021/7/7~9, オンライン開催

175. Keisuke Yamada, Michiaki Hamada, Prediction of RNA-Protein Interactions Using a Nucleotide Language Model, 第22回日本RNA学会年会, 2021/7/7~9, オンライン開催（口頭発表）

176. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Searching for Repeat-derived Functional Elements in RNAs, 第22回日本RNA学会年会, 2021/7/7~9, オンライン開催

177. Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada, Binding patterns of RNA binding proteins to repeat-derived RNA sequences reveal putative functional RNA elements, Noncoding RNAs: Biology and Applications (Keystone Symposia), 2021/5/11~14, Virtual

178. 天野 亮 ，一ノ瀬 顕子 ，浜田 道昭 ，中村 義一 ，高橋 理貴，ウイルス様粒子とin silico解析を用いたデングウイルス中和アプタマーの創製，第43回日本分子生物学会

179. 関根 光太郎 ，小野口 真広 ，浜田 道昭，興奮性ニューロンにおける調節DNA要素としてのトランスポゾンの機能，第43回日本分子生物学会

180. 小野口 真広 ，浜田 道昭，LINE1配列に結合するRNA結合タンパク質の同定とRNA機能エレメントの推定，第43回日本分子生物学会

181. Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada,  Bioinformatic approaches for understanding RNA reincarnation，第43回日本分子生物学会，口頭発表

182. 石井裕也，In silico prediction of shortened aptamers from HT-SELEX data，第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2020年10月24日（ライトニングトーク）

183. 武田淳志，De novo repeat detection using inexact seed，第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2020年10月24日（ライトニングトーク）

184. 久保顕登，A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure with E-value calculation，第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2020年10月24日（ライトニングトーク）

185. 石原京，Investigation of schizophrenia based on DNA demethylation of transposable elements，第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2020年10月24日（ライトニングトーク）

186. 関根光太郎，The role of transposons as cell type-specific regulatory DNA elements in the brain，第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2020年10月24日（ライトニングトーク）

187. 岩野夏樹，変分オートエンコーダとベイズ最適化を利用した候補アプタマー選択の効率化，第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2020年10月24日（ロングトーク）

188. 細田至温，環境の変動を考慮した確率モデルに基づく細菌間相互作用推定手法の開発，第4回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，オンライン開催，2020年10月24日（ロングトーク）

189. Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Risa Maemura☆, Michiaki Hamada, Sequence characterization of R-loop-forming RNAs in mammals, Transposable Elements (CSHL meeting), 2020/10/6~9, Online

190. 髙橋聡、野呂林太郎、吉川明子、中道真仁、菅野哲平、松本優、武内進、平尾真季子、松田久仁子、Chao Zeng、浜田道昭、久保田馨、清家正博、弦間昭彦, ドライバー遺伝子異常肺癌の薬剤耐性機序における長鎖ノンコーディングRNAの意義/Significance of long non-coding RNA associated with drug resistance in lung cancer with driver mutation, 第60回日本呼吸器学会学術講演会, 2020/9/20~22, 神戸コンベンションセンター

191. Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, PBSIM2: simulator for long read sequencers with a novel generative model of quality scores, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日（口頭発表）

192. Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori, Michiaki Hamada, Revealing the microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日（ハイライトトラック）

193. Saki Amatsu, Wataru Okada, Yu Hamaguchi, Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose, Michiaki Hamada, in silico解析によるarchitectural RNA共通特徴の発見, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日

194. Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada, 脳における細胞種特異的なDNA制御領域としての転移因子の役割, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日

195. Natsuki Iwano, Michiaki Hamada, 変分オートエンコーダとベイズ最適化を用いたアプタマー配列の選択, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月1日〜3日

196. 岩野夏樹, 浜田道昭, 結合性試験を行うアプタマー候補配列の効率的な選択, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日（口頭発表）

197. 関根光太郎, 小野口真広, 浜田道昭, 脳における細胞種特異的なDNA制御領域としての転移因子の役割, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日（口頭発表）

198. 天津早貴, 岡田航, 浜口悠, 曽超, 小野口真広, 中條岳志, 廣瀬哲郎, 浜田道昭, in silico解析によるarchitectural RNA共通特徴の発見, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日（ポスター発表）

199. 久保顕登, 福永津嵩, 浜田道昭, E-value計算を行う, 構造を考慮したRNA相同性検索ツールの開発, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日（ポスター発表）

200. 武田淳志, 今津裕太, 野中大輔, 福永津嵩, 浜田道昭, Ab initioな反復配列の検出法による未知の反復配列の発見, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日（ポスター発表）

201. 野崎安利紗, 小野口真広, 浜田道昭, エンハンサーRNAの機能解明に向けたRNA結合タンパク質との相互作用解析, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日（ポスター発表）

202. 横山源太朗, 細田至温, 福永津嵩, 浜田道昭, 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日（ポスター発表）

203. ⼤沼友樹, ⽚⼭研太, 浜⽥道昭, 佐藤政充, バイオイ ンフォマティクスに基づく機能性non-coding RNAの探索, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月27日〜28日（ポスター発表）

204. Kotaro Sekine, Masahiro Onoguchi and Michiaki Hamada, The role of transposons as cell type-specific regulatory DNA elements in the brain, 第43回日本神経科学大会, オンライン開催, 2020年7月29日〜31日

205. Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, Identification of m6A-associated RNA binding proteins using an integrative computational framework, 2020/7/14, Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) Conference 2020, オンライン開催

206. Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada, The Jonckheere-Terpstra-Kendall based nonparametric algorithm to detect differentially expressed genes in time-series omics data, 2020/2/18~21, 8th Annual Winter q-bio conference, HI, US

207. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Deciphering the effects of alternative splicing on RNA subcellular localization, Noncoding RNAs: Mechanism, Function and Therapies, 2020/1/12~16, Fairmont Chateau Whistler, Whistler, British Columbia, Canada

208. Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada, Analysis and estimation of functional domains of lncRNAs using eCLIP data, Noncoding RNAs: Mechanism, Function and Therapies, 2020/1/12~16, Fairmont Chateau Whistler, Whistler, British Columbia, Canada

209. 曽超、浜田道昭, リボソームプロファイリングデータのin silico解析：事例紹介/In silico analysis of ribosome profiling data: case studies, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

210. 韓晗, 山田俊理, 曽超, 浜田道昭, 鈴木穣, 秋光信佳, Role of MTR4, an RNA Decay Factor, in Nuclear mRNA Quality Control/RNA分解因子MTR4が核内ｍRNA品質管理に果たす役割の解明, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

211. 浜口悠, 曽超, 浜田道昭, 長鎖非コードRNA研究におけるRNA-seq解析パイプラインの評価/Assessment of RNA-seq analysis pipelines for lncRNAs , 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

212. 小野口真広、曽超、☆松丸綾子、浜田道昭, 転写産物中に存在する反復配列に結合するRNA結合タンパク質の解析 /Analysis of RNA binding proteins associated with repeat-derived RNAs, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋

213. Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Yu Hamaguchi, Michiaki Hamada, Detecting differentially expressed genomic regions from RNA-seq/RNA-seqデータより発現変動ゲノム領域の検出手法, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

214. 小野口真広、曽超、松丸綾子、浜田道昭, eCLIPデータを用いた機能性RNA反復配列の推定/Estimation of functional repeat-derived RNAs using eCLIP data, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

215. 若林佑太郎、寺内由希、石川公輔、曽超、小林雄太、浜田道昭、渡辺慎哉、仙波憲太郎, 小胞体ストレスに誘導されるlncESITに関する発現・機能解析/Expression and Function Analyses of lncESIT Induced by Endoplasmic Reticulum Stress, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

216. 深見 匠、浜田 道昭, アフィンギャップを考慮した安全な個人ゲノム比較, 2019/12/3, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

217. 石田 遼我、安達 健朗、横田 彩、青木 一晃、浜田 道昭, HT-SELEXデータを用いた高結合親和性RNAアプタマー同, 2019/12/3, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

218. Yiqian Zhang、浜田 道昭, Developing efficient software for detection of enriched regions of MeRIP-Seq, 2019/12/4, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

219. 宮原 雅人、浜田 道昭, IRMの階層化とがん解析への応用, 2019/12/5, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

220. 望月 万里名、浜田 道昭, FICを用いたメタゲノムのビニング, 2019/12/5, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

221. 岩野 夏樹，浜⽥ 道昭，グラフニューラルネットワークを利用したSELEXデータからの結合性配列抽出，第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm

222. 鈴木 ゆりあ，曽 超, 浜⽥ 道昭，二次構造を考慮したCRISPR/Cas13 crRNAのデザインツール開発，第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm

223. 細田 至温，浜⽥ 道昭，MPPCAによるヒト腸内細菌叢の局所低次元構造の推定，第11回 生命情報科学若手の会, 2019年10月18日〜20日, 富士Calm

224. Tatsuo Adachi, Ryoga Ishida, Aya Yokota, Kazuteru Aoki, Yoshikazu Nakamura, Michiaki Hamada, A novel in silico approach for RNA aptamer identification from High Throughput SELEX data, FEBS 2019   (Biosystem Design: Computational and Experimental Approaches),  29 September - 7 October 2019 │ Spetses Island, Greece

225. 韓晗, 山田俊理, 曽超, 浜田道昭, 鈴木穣, 秋光信佳, Role of MTR4, an RNA Degradation Factor, in Nuclear mRNA Quality Control (RNA分解因子MTR4が核内のｍRNA品質管理に果たす役割の解明), RNA Frontier Meeting 2019, 2019/9/24~26, 静岡県伊豆市(IBM天城ホームステッド)

226. 浜口 悠，曽 超，浜田 道昭，lncRNA研究におけるRNA-seq解析手法の評価，2019年度 RNAフロンティアミーティング，2019年9⽉24⽇ IBM 天城ホームステッド

227. 吉次 なぎ，浜田道昭，慢性炎症に関与するlncRNAの網羅的探索と機能推定，2019年度 RNAフロンティアミーティング，2019年9⽉24⽇ IBM 天城ホームステッド

228. 折茂 彰 、伊藤 恭彦 、目澤 義弘  、醍醐 弥太郎 、樋野 興夫  、竹田 和由 、浜田 道昭 、松村 優子 ， 癌関連線維芽細胞による中間型上皮間葉移行を呈した高転移性の乳癌 細胞クラスター形成, 第78回日本癌学会学術総会，2019年9月26日〜28日，国立京都国際会館

229. ⽯⽥ 遼我，安達 健朗，☆横⽥ 彩，⻘⽊ ⼀晃，浜⽥ 道昭，HT-SELEX データを⽤いた⾼結合親和性 RNA アプタマー同定，第8回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2019）, 東京工業大学，2019年9月9日〜11日

230. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Identification and characterisation of ribosome-associated lncRNAs in human and mouse, RNA Informatics 2019 Wellcome Genome Campus Conference Centre, Hinxton, Cambridge 9 – 11 September

231. 松谷太郎，浜田道昭，ベイズモデリングを用いた有効エピスタシス数の推定，日本育種学会 第136回講演会，近畿大学，2019年9月6日〜7日

232. 望月万里名，FICを用いたメタゲノムのビニング，第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学本郷キャンパス，2019年8月29日

233. 関根光太郎，転移因子由来遺伝子調節領域に基づくニューロンサブタイプの再検討，第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学本郷キャンパス，2019年8月29日

234. 鈴木ゆりあ，二次構造を考慮したCRISPR/Cas13crRNAのデザインツール開発，第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学本郷キャンパス，2019年8月29日

235. 野崎安利紗，エンハンサーRNAの特徴抽出による機能解明，第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学本郷キャンパス，2019年8月29日

236. 今津裕太，Ab initioな反復配列の検出法による未知の反復配列の発見，第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学本郷キャンパス，2019年8月29日

237. 馬碩，Prediction，of interactions between long non coding RNA and chromatin，第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学本郷キャンパス，2019年8月29日

238. Yiqian Zhang，Developing an efficient software for MeRIP-Seq signal detection，第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学本郷キャンパス，2019年8月29日

239. 松谷太郎，機械学習と育種，第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学本郷キャンパス，2019年8月29日

240. 白鳥哲嗣，隠れ状態を含むモデルの情報量基準，第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学本郷キャンパス，2019年8月29日

241. 宮原雅人，木構造棒折り過程によるIRMの階層化，第3回Tokyo Bioinformatics Meeting研究会，東京大学本郷キャンパス，2019年8月29日

242. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Differentially Expressed Genomic REgion Estimation (DEGREE) for RNA-seq data, 先進ゲノム支援班会議, 2019/8/27-28, 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト/千葉

243. 浜口悠, 曽超, 浜田道昭, lncRNA研究における転写産物レベルでのRNA-seq解析手法の評価, 先進ゲノム支援班会議, 2019/8/27-28, 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト/千葉

244. Taro Matsutani, Michiaki Hamada, Hierarchical LDA reveals reasonable profiles of mutation signatures in cancer genomes, ISMB/ECCB 2019, 2019/7/24, Congress Center Basel, Switzerland.

245. Shion Hosoda, Michiaki Hamada, Estimation of microbe viability from human oral to gut, ISMB/ECCB 2019, 2019/7/24, Congress Center Basel, Switzerland.

246. 天津 早貴，岡⽥ 航 ，浜⼝ 悠，曽 超，⼩野⼝ 真広，中條 岳志，廣瀬 哲郎，浜⽥ 道昭，architectural RNA 配列の特徴抽出，第21回日本RNA学会年会，東京大学 伊藤謝恩ホール，2019年7月17日〜19日

247. ⽯⽥ 遼我，安達 健朗，☆横⽥ 彩，⻘⽊ ⼀晃，浜⽥ 道昭，HT-SELEX データを⽤いた⾼結合親和性 RNA アプタマー同定，第21回日本RNA学会年会，東京大学 伊藤謝恩ホール，2019年7月17日〜19日

248. 岩野 夏樹，浜⽥ 道昭，グラフニューラルネットワークを利⽤した SELEX データからの結合性配列抽出，第21回日本RNA学会年会，東京大学 伊藤謝恩ホール，2019年7月17日〜19日

249. 浜⼝ 悠，曽 超，浜⽥ 道昭，lncRNA 研究における RNA-seq 解析パイプラインの評価，第21回日本RNA学会年会，東京大学 伊藤謝恩ホール，2019年7月17日〜19日

250. 曽 超，浜⽥ 道昭，選択的スプライシングが RNA の細胞内局在に与える影響のゲノムワイド解析，第21回日本RNA学会年会，東京大学 伊藤謝恩ホール，2019年7月17日〜19日

251. 浜田道昭, 人工知能技術を用いた革新的アプタマー創薬システムの開発，JST CREST「人工知能」研究領域 成果展開シンポジウム 第2回，2019年6月24日(月)

252. 細田至温，浜田道昭，口内及び腸内細菌メタゲノムの確率モデリング，第123回MPS・第58回BIO合同研究発表会，沖縄科学技術大学院大学 (OIST)，2019年6月19日

253. 浜田道昭，長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明を目指したバイオインフォマティクス技術，第6回 東京女子医科大学・早稲田大学 研究交流セミナー，2019/02/22，東京女子医科大学・早稲田大学連携 先端生命医科学研究教育施設

254. Junichi Iwakiri, Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Computational analysis pipeline for recent RNA-seq methods involving induced-substitutions,  Frontiers of genome science 2019, 2019/01/09-10

255. ☆Shion Hosoda and Michiaki Hamada, A new model for predicting metagenomic functional profile from 16S rRNA gene amplicon sequencing data, The 17th Asia Pacific BioinformaticsConference, January 14-16, 2019 | Wuhan , China

256. ☆深見匠, 浜田道昭, セキュアな個人ゲノム類似度計算, 2019年 暗号と情報セキュリティシンポジウム，2019年1月22日〜25日，びわ湖大津プリンスホテル

257. 浜口 悠，曽超，浜田道昭，シュミレーションデータを用いた転写産物レベルでのRNA-seq解析手法の評価（Evaluation of RNA-seq analysis methods at transcript level using simulation data），先進ゲノム支援 拡大班会議，九州大学医学部 百年講堂，2018年12月20日〜21日

258. 曽超，浜田道昭，オミックスデータのDry解析 (Computational analyses for omics data)，先進ゲノム支援 拡大班会議，九州大学医学部 百年講堂，2018年12月20日〜21日

259. 曽超，浜田道昭，選択的スプライシングがRNAの局在に与える影響に関する研究  （Study on the effects of alternative splicing on RNA localization），先進ゲノム支援 拡大班会議，九州大学医学部 百年講堂，2018年12月20日〜21日

260. 片山 研太、浜田 道昭、佐藤 政充   機能性non-coding RNAの二次構造に基づく探索, 第41回日本分子生物学会年会＠横浜

261. 宮原 雅人, 木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用, 生命科学系フロンティアミーティング 2018（第１０回研究会）, 三島，2018年10月5日ー7日

262. 細田 至温, 階層ベイズモデルによるメタ16S菌種組成情報を用いたメタゲノム遺伝子プロファイル予測, 生命科学系フロンティアミーティング 2018（第１０回研究会）, 三島，2018年10月5日ー7日

263. 天津 早貴, architectural RNA配列の特徴抽出, 生命科学系フロンティアミーティング 2018（第１０回研究会）, 三島，2018年10月5日ー7日

264. 岩野 夏樹, ディープラーニングを用いたSELEX法の解釈と可視化, 生命科学系フロンティアミーティング 2018（第１０回研究会）, 三島，2018年10月5日ー7日

265. Chao Zeng and Michiaki Hamada, Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA, BMC Genomics track, GIW 2018, December 3-5, 2018 in Kunming, China.

266. Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization of m6A-containing Sequences using Deep Learning,  BMC Bioinformatics track, GIW 2018, December 3-5, 2018 in Kunming, China.

267. 松谷 太郎，浜田 道昭，VB-LDAを用いた癌ゲノムにおける変異シグネチャー解析，第77回日本癌学会学術総会, 大阪，2018年9月27日〜29日

268. 折茂 彰，伊藤 恭彦，目澤 義弘，Kadiliavi Sulidan，醍醐 太郎，Nadila Wali，樋野 興夫，竹田 和由，浜田 道昭，松村 優子，癌内線維芽細胞は中間型上皮間葉移行を呈した高転移性の乳癌細胞クラスター形成を誘導する，第77回日本癌学会学術総会, 大阪，2018年9月27日〜29日

269. 島田 剛志 and 浜田  道昭 , 代謝ネットワーク再構築による海洋微生物群集の共生関係解析,  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）

270. 松丸 綾子 and 浜田 道昭 , eCLIPデータを用いたRNA結合タンパク質と転移因子の結合特異性解析,  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）

271. 木場 研吾 and 浜田 道昭 , Coupled HMMを用いたクロマチン状態の推定と機能解析,  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）

272. Shotaro Hayakawa, Mako Okabe, Keiichi Hirono and Michiaki Hamada, トランスクリプトーム解析による川崎病に関与する長鎖ノンコーディングRNAの探索および機能解析,  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）

273. 深見 匠 and 浜田 道昭, 秘密分散を用いた安全な編集距離計算,  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）

274. 細田 至温 , 西嶋 傑 , 福永 津嵩 , 服部 正平  and 浜田 道昭 細菌群及び遺伝子群に基づいたヒト腸内細菌叢解析,  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）

275. 太郎 松谷 and 浜田 道昭 VPYLMを用いた、がんゲノム突然変異の文脈探索,  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）

276. Chao Zeng and Michiaki Hamada A comprehensive analysis of the effects of alternative splicing on RNA localization in human,  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）

277. 宮原 雅人  and 浜田 道昭 木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用,  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）

278. 松谷太郎「VPYLMを用いた癌ゲノム突然変異の変異文脈探索」，第２回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会，2018年8月7日，慶應義塾大学 日吉キャンパス

279. 宮原雅人「木構造棒折り過程によるIRMの階層化と生命情報解析への応用」，第２回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会，2018年8月7日，慶應義塾大学 日吉キャンパス

280. 細田至温「LDAによる腸内細菌遺伝子の共起関係の推定」，第２回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会，2018年8月7日，慶應義塾大学 日吉キャンパス

281. 石田 遼我「HT-SELEXデータからの高結合親和性アプタマー同定」，第２回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会，2018年8月7日，慶應義塾大学 日吉キャンパス 

282. 早川翔大郎「トランスクリプトーム解析による川崎病に関与する長鎖ノンコーディングRNAの探索および機能解析」 

283. 天津早貴「architectural RNA配列の特徴抽出と生物学的意義の解明」 ，第２回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会，2018年8月7日，慶應義塾大学 日吉キャンパス

284. 岩野夏樹「ディープラーニングを用いたSELEX実験結果の特徴抽出」，第２回東京バイオインフォマティクスミーティング研究会，2018年8月7日，慶應義塾大学 日吉キャンパス

285. 曽 超，福永 津嵩，浜田 道昭，リボソームプロファイリングデータを用いたリボソーム関連する長鎖 ノンコーディング RNA の同定と解析，第 20 回 日本 RNA 学会年会，2018年7月9日＠大阪

286. 丸山 基世  、坂井 敦  、福永津嵩 、浜田道昭 、岡田尚巳 ,  鈴木秀典，神経障害性疼痛及び軸索再生に対する Neat1 の関与，第 20 回 日本 RNA 学会年会，2018年7月9日＠大阪

287. 岩切 淳一，フリス マーティン，浜田 道昭，浅井 潔，先進的 RNA-seq のデータ解析を改善するマッピングパラメータ学習，第 20 回 日本 RNA 学会年会，2018年7月9日＠大阪

288. ☆Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, DeepM6ASeq: Prediction and Characterization Sequences using Deep Neural Networks，第 20 回 日本 RNA 学会年会，2018年7月9日＠大阪

289. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Alternative splicing determines subcellular localization of RNAs: a hypothesis，第 20 回 日本 RNA 学会年会，2018年7月9日＠大阪

290. Yiqian Zhang, Michiaki Hamada, Prediction and Characterization of m6A-contained Sequences using Deep Neural Network, バイオ情報学研究会（IPSJ-BIO）, 2018年6月15日＠沖縄（OIST）

291. Anju Pratap and Michiaki Hamada, SCAST:A cost effective diagnostic framework based on cancer associated significant transcript screening, AIST-RIKEN Joint Exchange Meeting for Computational Biology, Odaiba, Japan, March 2nd 2018 [poster]

292. Takafumi Chishima and Michiaki Hamada, Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed] 

293. Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada, Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed] 

294. Anju Pratap and Michiaki Hamada, SCAST:Acosteffectivediagnosticframeworkbasedoncancerassociatedsignificanttranscriptscreening, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed] 

295. Taro Matsutani, ☆Yuki Ueno, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Learning mutation signatures of indels by Latent Dirichlet Allocation with Variational Bayes inference, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed] 

296. 福永津嵩、岩切淳一、小野幸輝、浜田道昭、lncRRIdb: ヒトlncRNA-RNA相互作用データベース、先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日（千葉県 成田）[ライトニングトーク、ポスター発表]

297. Takafumi Chishima and Michiaki Hamada, Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs,先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日（千葉県 成田）[ライトニングトーク、ポスター発表]

298. Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada, Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation、先進ゲノム支援2018年拡大班会議, 1月11日,12日（千葉県 成田）[ライトニングトーク、ポスター発表]

299. 藤田 理紗、有村 泰宏、山本 達郎、浜田 道昭、斉藤 典子、胡桃坂 仁志、非コードRNA Eleanorはヌクレオソーム中のヒストンの交換を促進する、 2017年度生命科学系学会合同年次大会、2017年12月6日（水）〜9日（土）、神戸

300. 片山 研太、田頭 将喜、浜田 道昭、佐藤 政充、non-coding RNAの二次構造による網羅的分類、 2017年度生命科学系学会合同年次大会、2017年12月6日（水）〜9日（土）、神戸

301. Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data, The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017, Seoul | Korea OCT 31 (Tue) - NOV 3 (Fri), 2017 [oral, reviewd]

302. 浜田道昭，長鎖ノンコーディング RNA の機能の解明に向けた バイオインフォマティクス技術， EWE 三月会 11 月例会，日比谷市政会館，2017 年 11 月 20 日 [招待講演] 

303. 松谷太郎, 浜田道昭, 因子化情報量基準を用いた LDA のモデル選択, 第 20 回情報論的学習理論ワーク ショップ, 2017.11.8~11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック] 

304. 細田至温， 西嶋傑， 福永津嵩， 服部正平， 浜田道昭, Latent Dirichlet Allocation を用いた腸内細菌叢 のコミュニティ解析, 第 20 回情報論的学習理論ワークショップ, 2017.11.8~11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック] 

305. 浜田道昭，生命情報科学と私，第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日 [招待講演]

306. 石川 詩苑(早稲田大学)，田中 史子(早稲田大学)，川上 泰雄(早稲田大学)， 浜田 道昭(早稲田大学), ベイジアンネットワークによる生活習慣データの因果推論と特定項目の改善の提案, 第9回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017年10月8日

307. Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, RIblast: an ultrafast RNA–RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ハイライトトラック

308. Mei Takeda, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Estimation of mapping parameters for PAR-CLIP data using LAST-TRAIN, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

309. Yuta Arizono, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Classification of Chromatin States with Hierarchical Hidden Markov Model, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

310. Wataru Okada, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose and Michiaki Hamada, Selection of novel arcRNA candidates from RNA-seq data and search for common local secondary structure motifs, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

311. Yuki Takeda and Michiaki Hamada, Analysis of histone modifications using latent feature models, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

312. Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Privacy-preserving profile HMM using homomorphic encrypt system toward secure genome analysis, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

313. Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, Prediction of mRNA m6A sites in the mammalian genome, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, ポスター発表

314. Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Identification of Transposable Elements which contribute to tissue specific expression of lncRNAs, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, 口頭発表

315. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Integrative analysis of multiple ribosome profiling datasets reveals widespread lncRNA-ribosome interaction in mammals, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017/09/29, 口頭発表

316. 福永 津嵩、岩切 淳一、小野 幸輝、浜田 道昭、lncRNA-mRNAの網羅的相互作用予測へ向けた高㏿なRNA-RNA相 互作用予測ソフトウェアRIblastの開発、第19回日本RNA学会（富山）、2017/07/19

317. 千島 崇史、岩切 淳一、浜田 道昭、lncRNA の組織特異的な発現に関与する Transposable Element の同定、第19回日本RNA学会（富山）、2017/07/19

318. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Ribosome profiling reveals the plurality of ribosome-associated long non-coding RNAs in mammals、第19回日本RNA学会（富山）、2017/07/19

319. 福永 津嵩、浜田 道昭 バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用 日本画像学会第31回free talking "Imaging today" 2017/07

320. 福永 津嵩、岩切 淳一、小野 幸輝、浜田 道昭. ヒトlncRNA-RNAの網羅的相互作用予測及びデータベースの構築 第五回NGS現場の会 2017/05 

321. 曽 超、福永 津嵩、浅井 潔、浜田 道昭. Identification and classification of translational apusing and ribosome-associated lncRNAs 第五回NGS現場の会 2017/05 

322. 細田 至温、西嶋 傑、福永 津嵩、服部 正平、浜田 道昭.トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析 第五回NGS現場の会 2017/05 

323. 松谷 太郎、宇恵野 雄貴、福永 津嵩、浜田 道昭.トピックモデルを用いた、がんゲノムの変異シグネチャー解析 第五回NGS現場の会 2017/05

324. 細田至温、西嶋傑、福永津嵩、服部正平、浜田道昭、トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析、第11回日本ゲノム微生物学会年会、横浜、2017年3月4日

325. 宇恵野 雄貴、浜田 道昭、がんゲノムデータからのMutation Signaturesモデルの探索、第３９回日本分子生物学会年会、横浜、2016年12月１日

326. 藤田 理紗、有村 泰宏、浜田 道昭、斉藤 典子、胡桃坂 仁志、非コードRNAがクロマチンに与える影響の生化学的解析、第３９回日本分子生物学会年会、横浜、2016年12月１日

327. Taikai Takeda, Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Models using Factorized Information Criterion, 第１９回情報論的学習理論ワークショップ（IBIS2016）, 2016.11.16~19 (京都大学 吉田キャンパス)

328. 宇惠野雄貴，浜田道昭『がんゲノムデータからのMutation Signaturesモデルの探索』，生命情報科学若手の会 第８回研究会，2016 年 10 月 12 日〜 14 日（北海道伊達市大滝セミナーハウス）

329. Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. RIblast: A high-speed RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interactome analysis. Computational RNA Biology Workshop 2016 2016/10

330. 福永 津嵩、浜田 道昭、岩崎 渉. Computational Ethology：バイオイメージインフォマティクスと動物行動学の融合. 第五回生命医薬情報学連合大会 2016/10

331. Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Transposable element (TE) derived sequences in human lncRNAs, 第5回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2016）, Tokyo.

332. Taikai Takeda and Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Model, IIBMP2016, Tokyo.

333. Yuki Ueno and Michiaki Hamda, Model selection for mutation signature, 生命医薬情報学連合大会（IIBMP2016）, Tokyo.

334. Shimpei Nishida, Shun Sakuraba and Michiaki Hamada, Estimation of RNA free-energy parameters for Watson-Crick stacked base-pairs using both computational and experimental approaches, 生命医薬情報学連合大会（IIBMP2016）, Tokyo.

335. Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 16S rRNA-based metagenomic analysis using Latent Dirichlet Allocation, 生命医薬情報学連合大会（IIBMP2016）, Tokyo.

336. Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Implementation and evaluation of privacy-preserving HMM using homomorphic encryption toward disease risk estimation, 生命医薬情報学連合大会（IIBMP2016）, Tokyo.

337. Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada. RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction method based on seed-and-extension approach. ECCB2016 2016/9

338. 三品気吹・浜田道昭, 疾患リスクの評価へ向けた加法準同型性暗号によるプライバシー保護ＨＭＭの実装と評価, 第108回MPS・第46回BIO合同研究発表会, 2016年７月, 沖縄（口頭発表）

339. Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Search of the sequences common in human lncRNAs, RNA2016, Kyoto, Japan.

340. Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai, Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences, RNA2016, Kyoto, Japan.

341. Junichi Iwakiri, Goro Terai, Michiaki Hamada, Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue-specificity of human transcripts, RNA2016, Kyoto, Japan. 

342. Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, Improved accuracy in RNA-protein rigid body docking by incorporating force eld for molecular dynamics simulation into the scoring function, RNA2016, Kyoto, Japan

343. Wataru Okada, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Investigation of evolutionarily conserved NEAT1-NEAT1 interactions, RNA2016, Kyoto, Japan. 

344. Michiaki Hamada, Comprehensive Prediction of lncRNA-RNA Interactions in Human Transcriptome, The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2016), San Francisco Bay Area, United States, Jan 11th-13th, 2016.

345. Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada (presenter), A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction, The thirteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2015), HsinChu, Taiwan, Jan 21th-23th, 2015.

346. 分子動力学計算を用いた蛋白質 RNA 複合体立体 構造予測 (お茶の水大・人間文化1 , 遺伝研2 , 東大・新領域3 , 早稲田・理工4 , 産総研・創薬基盤5 )由良 敬1,2 , 岩切 淳一3 , 浜田 道昭4 , 浅井 潔3,5 , ○亀田 倫史5、第 29 回分子シミュレーション討論会、2015年11月30日(月)~2015年12月2日(水)、朱鷺メッセ(新潟コンベンションセンター)

347. ○亀田 倫史1 , 岩切 淳一2 , 浜田 道昭3 , 由良 敬4,5 , 浅井 潔1,2, 蛋白質・RNA 複合体の立体構造予測 Three dimensional protein-RNA complex structure prediction, 第５３回日本生物物理学会年会、金沢大学、2015年9月13日〜15日

348. 河原 郁美、亀田 倫史、池端 悠介、芦原 悠太、古板 恭子、杉木 俊彦、浜田 道昭、藤原 敏道、河野 憲二、田中 好幸, 6 児嶋 長次郎, 小胞体ストレスセンサーIre1p RNaseドメインの基質認識機構, 第54回NMR討論会

349. 寺井 悟朗、岩切 淳一、亀田 倫史、○浜田 道昭、浅井 潔; ヒトトランスクリプトームにおける網羅的 lncRNA-RNA 相互作用予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日～17日; 札幌パークホテル; ポスター発表

350. 岩切 淳一、寺井 悟朗、亀田 倫史、浅井 潔 、浜田 道昭; RNA 発現量を用いた組織特異的 lncRNA-mRNA 相互作用予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日～17日; 札幌パークホテル; ポスター発表

351. 由良 敬、岩切 淳一、浜田 道昭、浅井 潔 、○亀田 倫史; 分子動力学計算を用いた蛋白質･RNA 複合体立体構㐀予測; 第17回日本RNA学会年会; 2015年07月15日～17日; 札幌パークホテル

352. 浜田道昭; 早稲田大学理工学術院バイオインフォマティクス研究室におけるNGS関連研究の紹介; 第4回NGS現場の会; 2015年7月1日～3日; つくば国際会議場; ポスター発表

353. Kotaro Ishii, Yusuke Kazama, Tomonari Hirano, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe, Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants in Arabidopsis thaliana, The 26th international conference on arabidopsis research

354. 石井 公太郎，平野 智也，風間 裕介，浜田 道昭，小野 幸輝，阿部 知子, 全ゲノム変異解析のためのパイプラインの構築, 日本育種学会 第127回講演会プログラム 2015年春季 玉川大学

355. Kotaro Ishii, Tomonari Hirano, Yusuke Kazama, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe, Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants.  International Symposium on Genome Science 2015 P-43

356. Takashi Matsuda, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai. Prediction of joint RNA secondary structure by using their homologous sequence information, GIW2014,  December 15 – 17, 2014 Odaiba, Tokyo, Japan. [Best poster award]

357. Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Ryohei Fujimaki and Kiyoshi Asai, Learning chromatin states with factorized information criteria, 生命医薬情報学連合大会2014年大会, 2014年10月2日～4日，仙台国際センター

358. 浜田道昭、A comprehensive prediction of RNA-RNA interactions from human transcriptome, 2014RNAインフォマティクス道場＠札幌

359. 浅井潔、浜田道昭、小野幸輝、RNA２次構造情報解析のための統合ウェブ、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日（水）～25日（金）

360. 森 遼太、浜田 道昭、浅井 潔、Credibility Limit は推定二次構造の定量的な信頼度を示す、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日（水）～25日（金）

361. 岩切淳一、亀田 倫史、浅井 潔、浜田 道昭、RNA-タンパク質相互作用予測手法の開発、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日（水）～25日（金）

362. 由良 敬、岩切 淳一、浜田 道昭、浅井 潔、亀田 倫史、分子動力学計算を用いた蛋白質･RNA 複合体立体構造予測、第16回日本RNA学会、ウィンク愛知、2014年7月23日（水）～25日（金）

363. 浜田道昭、Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non‐coding RNAs、バイオインフォマティクスとゲノム医療─その課題と将来展望─、2013年11月20日(水) かずさDNA研究所/産総研 生命情報工学研究センター共催ワークショップ

364. Diksha Bhalla, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai, "Using Deep Learning as a Classifier for Biological Datasets -Hepatitis Dataset as an example-", JSBi2013

365. Ryota Mori, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai, A method for calculating stability of RNA secondary structure, JSBi2013

366. Kentaro HAMADA, Michiaki HAMADA, Kiyoshi ASAI, "Inferring constraints on amino acids from protein sequence alignment", BIWO2013

367. Ryota Mori, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, "A fast and exact calculation for various score distributions of RNA secondary structure", BIWO2013

368. Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, "The 3D structure prediction of Protein and RNA complex", BIWO2013

369. Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Jun Sakuma, Takatsugu Hirokawa, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai, "An efficient privacy-preserving similarity search protocol for chemical compound databases", BIWO2013

370. 浜田道昭、2 次構造情報を基盤とした RNA バイオインフォマティクス技 術・ツールの最近の進展、第15回日本RNA学会＠松山, 2013年7月

371. 岩切 淳一, 亀田 倫史, 浅井 潔, 浜田 道昭, タンパク質-RNA 相互作用における RNA2 次構造認識機構：塩 基対確率に基づく解析, 第15回日本RNA学会＠松山, 2013年7月

372. 亀田 倫史, 岩切 淳一, 浜田 道昭, 浅井 潔, 蛋白質-RNA の複合体立体構造予測，第15回日本RNA学会＠松山, 2013年7月

373. Kana Shimizu,  Hiromi Arai, Koji Nuida, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Jun Sakuma, Takatsugu Hirokawa, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai, Privacy-preserving search for a chemical compound database, ISMB/ECCB 2013.

374. 米本悠、浜田道昭、浅井潔、半教師あり学習を用いたRNA二次構造予測アルゴリズムの提案、第35回日本分子生物学会、2012

375. 森遼大、浜田道昭、浅井潔、カノニカル分布に基づくRNA二次構造の存在確率分布記述手法の開発、第35回日本分子生物学会、2012

376. Kana Shimizu, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Kiyoshi Asai, Developing Privacy-preserving database search protocol for chemical compound libraries, BIWO2012.

377. Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Reference Free Approach for Detecting Chromosomal Rearrangement, BIWO2012.

378. Haruka Yonemoto, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Semi-supervised Learning Approach to Predict RNA Secondary Structure, BIWO2012.

379. Yukiteru Ono, kiyoshi Asai, michiaki Hamada, PBSIM: PacBio reads simulator - toward accurate genome assembly, BIWO2012.

380. Ryota Mori, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A quantitation and visualization technique for understanding high dimensional distribution of RNA structures, BIWO2012.

381. Michiaki Hamada, Direct updating of an RNA base-pairing probability matrix with marginal probability constraints, BIWO2012.

382. Kiyoshi Asai, Satoshi Yamasaki, Tomoshi Kameda, Goro Terai, Michiaki Hamada, Framework for prediction of RNA-RNA interactions, BIWO2012.

383. Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Reference Free Approach for Detecting Chromosomal Rearrangement, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix) 

384. Ryota Mori, Michiaki Hamada Kiyoshi Asai, A Method for Measuring RNA Secondary Structure Stability and Reliability Based on Canonical Distribution, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix) 

385. Haruka Yonemoto, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Semi-supervised Learning Approach to Predict RNA Secondary Structure, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix) 

386. Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A Classification of Bioinformatics Algorithms from the Viewpoint of Maximizing Expected Accuracy (MEA), IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

387. Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, PBSIM: PacBio reads simulator - toward accurate genome assembly, IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)

388. 森遼大、浜田道昭、浅井潔、カノニカル分布に基づいたRNAの2次構造安定性解析の開発、第14回日本RNA学会、2012/7/19

389. 米本悠、浜田道昭、浅井潔、半教師あり学習を用いたRNAの2次構造予測アルゴリズムの提案、 第14回日本RNA学会、2012/7/19

390. 荒井 ひろみ,清水 佳奈,浜田 道昭,津田 宏治,広川 貴次,佐久間 淳,浅井 潔、検索行動におけるプライバシ保護、2012年度人工知能学会全国大会（第26回）

391. Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A CLASSIFICATION OF BIOINFORMATICS ALGORITHMS FROM THE VIEWPOINT OF MAXIMIZING EXPECTED ACCURACY (MEA), BIWO2011 (Jan, 2012).

392. Michiaki Hamada, Edward Wijaya, Martin C. Frith, Kiyoshi Asai, PROBABILISTIC ALIGNMENTS WITH QUALITY SCORES: AN APPLICATION TO SHORT-READ MAPPING TOWARD ACCURATE SNP/INDEL DETECTION, BIWO2011 (Jan, 2012) 

393. Kana Shimizu, Hiromi Arai, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, TakatsuguHirokawa, Jun Sakuma, Kiyoshi Asai, DEVELOPING NOVEL PROTOCOL FOR PRIVACY-PRESERVING SEARCH OF BIT-VECTORS AND ITS APPLICATION TO THE CHEMICAL COMPOUNDS LIBRARY SEARCH, BIWO2011 (Jan, 2012)

394. Michiaki Hamada, Introduction to RNA informatics and maximum expected accuracy (MEA) principle, 東京大学医科学研究所中井研究室セミナー, Dec. 6

395. Edward Wijaya, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Protein-Coding Based Assembly of Metagenomic Next-Generation Sequencing Data, CBI/JSBi2011, Nov. 2011.

396. Kana Shimizu, Hiromi Arai, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Kiyoshi Asai, Privacy preserving search for chemical compound libraries, CBI/JSBi2011, Nov. 2011.

397. 浜田道昭, 2次構造情報に基づくRNA情報解析技術の現在と今後, RNA/RNPを見つける会2011, 2011年9月.(口頭発表)

398. Hiroki Ashida, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, A New Approach to Elucidate Genomic Landscapes in MultiscaleResolution, 5th Asian Young Researchers Conferenceon Computational and Omics Biology(AYRCOB), Aug. 2011. (Best poster award was given to this poster)

399. 浜田道昭, Centroidシリーズ：2次構造を基盤としたRNA情報解析ツール群, 次世代バイオインフォマティクス研究会2011, 2011年8月.

400. 浜田道昭, リードのクオリティ情報を考慮したNGSデータ解析技術, 次世代バイオインフォマティクス研究会2011, 2011年8月.

401. 浜田道昭, プライバシー保護配列解析技術の開発に向けて, 次世代バイオインフォマティクス研究会2011, 2011年8月.

402. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Kiyoshi Asai, Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non-coding RNAs, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011), Jun, 2011.

403. Hironori Adachi, Akira Ishiguro, Michiaki Hamada, Eri Sakota, Kiyoshi Asai, Yoshikazu Nakamura, Antagonistic RNA Aptamer Specific to a Heterodimeric Form of Human Interleukin-17 A/F, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011), Jun 2011.

404. Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Binary Estimation Problems in Structural Information Analysis of RNA, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.

405. Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu, RactIP: Fast and Accurate Prediction of RNA-RNA Interaction Using Integer Programming, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.

406. Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai, IPknot: Fast and Accurate Prediction of RNA Secondary Structures with Pseudoknots Using Integer Programming, The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.

407. Michiaki Hamada, Edward Wijaya, Martin C. Frith, Kiyoshi Asai, Probabilistic alignments with quality scores: An application to short-read mapping toward accurate SNP/indel detection, 第一回NGS現場の会研究会, 熱海, 2011年5月.

408. Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Toutai Mituyama, Software tools for RNA sequence analysis in ncrna.org, PSB2011.

409. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai, Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non-coding RNAs, ISMB2010. [Poster; Reviewed international conference].

410. Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu, RactIP: fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming, ISMB2010(Poster).

411. Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Paul Horton, How (not) to Align Genomes, The 20th International Conference on Genome Informatics December 14-16, 2009. (poster presentaion)

412. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs, 第32回日本分子生物学会, 2009/12/9. (ポスター発表)

413. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidHomfold: Prediction of RNA secondary structure by combining homologous sequence information, 第32回日本分子生物学会, 2009/12/9. (ポスター発表; 査読付き国内会議)

414. 浜田道昭, CentroidHomfold: 相同配列群の情報を利用したRNAの2次構造予測, CBRC 2009, 2009/12/04. (口頭発表; 査読なし国内研究会)

415. Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Paul Horton, How (not) to Align Genomes, CBRC 2009, 2009/12/04. (ポスター発表; 査読なし国内研究会)

416. 浜田道昭, CentroidHomfold: 相同配列群の情報を利用したRNAの2次構造予測, 生命情報科学研究セミナー, 2009/11/06. (口頭発表; 国内セミナー)

417. 浜田道昭, 期待精度最大化推定とバイオインフォマティクス, 第21回T-PRIMALセミナー, 2009/09/30. （口頭発表）

418. 浜田道昭(*), Centroid シリーズ：RNA の２構造予測／アラインメントのためのツール群, 第 8 回 新しい RNA/RNP を見つける会, 2009/09.（口頭発表; 査読なし国内研究会）

419. Michiaki Hamada, Kengo Sato(*), Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs, The 9th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2009). (Poster presentation; Reviewed international conference)

420. 佐藤健吾, 浜田道昭, 浅井潔, 光山統泰(*), CentroidFold: RNA 二次構造予測ウェブサーバー, 第１１回RNAミーティング, 2009/7. （口頭発表; 査読付き国内会議）

421. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, Predictions of RNA secondary structure by combining homologous sequence information, IThe 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 7th Annual European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2009). (Oral presentation; Reviewed International conference)

422. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs,The 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 7th Annual European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2009). (poster presentation; Reviewed international conference)

423. 浜田道昭, 正確な塩基対推定のためのRNAの2次構造予測～"分布"を考えることの重要性～, 第1回生命情報科学若手の会, 2009/04/26.（口頭発表; 査読なし国内研究会）

424. Kengo Sato, Michiaki Hamada, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai, Yasubumi Sakakibara, A Non-Parametric Bayesian Approach for Predicting RNA Secondary Structures, The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008). (poster presentation; Reviewed international conference) (Oxford Journals JSBi Prize was given to this work)

425. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔, 期待精度を最大化するRNA情報解析手法の開発, 第31回日本分子生物学会（BMB2008）, 2008/12/10. (ポスター発表; 査読有り国内会議)

426. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔, 期待精度を最大化するRNAの2次構造予測手法, CBRC2008, 2008/11/7. （口頭発表; 査読無国内研究会）

427. 浜田道昭, バイオインフォマティクスにおける優れた推定量の設計方法, 第26回生命情報科学研究セミナー, 2008/9/26.（口頭発表; 国内セミナー）

428. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔, 期待精度を最大化するRNA情報解析手法の開発, 新しいRNA/RNPを見つける会, 2008/9/6.（口頭発表; 査読なし国内研究会）

429. 浜田道昭, 金大真, 浅井潔, RNA配列群に現れる局所安定２次構造の大規模類似性探索, CBRC 2007, 2007. (poster presentation)

430. Michiaki Hamada, Taishin Kin, Kiyoshi Asai, Large-Scale Similarity Search for Locally Stable Secondary Structures among RNA Sequences, JSBI2007. (poster presentation)

431. 浜田道昭, RNA配列群に現われる局所安定2 次構造の大規模類似性探索, 第6回新しいRNA/RNPを見つける会, 2007. （口頭発表）

432. Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Taku Kudo, Taishin Kin, Kiyoshi Asai, Mining Local Secondary Structure Motifs from Unaligned RNA Sequences Using Graph Mining Techniques, 5th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 6th European Conference on Computational Biology (ECCB), 2007. (poster presentation)

433. Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Taku Kudo, Taishin Kin, Kiyoshi Asai, RNAmine: Frequent Stem Pattern Miner from RNAs, The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW2006).(poster presentation)

434. 浜田道昭, 非整列RNA配列群からの頻出ステムパターンのマイニング, 東北大学理学部数学科情報学セミナー, 2006/12/1.（口頭発表）

435. 浜田道昭, RNA配列群からの頻出ステムパターンの抽出, 新しいRNA/RNPを見つける会 in お台場, 2006.（口頭発表）

436. 浜田道昭, サポートベクトルマシンを用いた機能性RNAファミリーの分類, 新しいRNA/RNPを見つける会 in 鶴岡, 2005/9/10. （口頭発表）

437. 浜田道昭, 加藤毅, 金大真, 浅井潔, Support Vector Machineを用いた機能性RNAファミリーの分類, 第７回日本RNA学会, 2005/08/08.（口頭発表）

438. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛, DrugMLとGrid創薬, 日本コンピュータ化学会2004春季年会, 2004/5/20. (ポスター発表)

439. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛, Grid技術とXMLデータベースを用いた創薬プラットフォームの構築とその応用, 32回構造活性相関シンポジウム, 2004/11/30. (ポスター発表)

440. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛, DrugMLとグリッド創薬, 31回構造活性相関シンポジウム, 2003/11/18. (ポスター発表)

441. 山崎暢也, 吉田郁哉, 浜田道昭, 小野耕平, 渋木 尚, 世古千博, 大谷泰昭, 「ナレッジ活用による研究支援環境 知見プラットフォーム」のご紹介 －3次元SEM像シミュレータへの適用－, LSI テスティングシンポジウム/2002. (口頭発表)