早稲田大学 浜田研究室

バイオインフォマティクス研究室

Waseda University, Hamada Laboratory

Bioinformatics Laboratory

バイオインフォマティクスで生命科学にブレイクスルーを / Breakthroughs in life sciences with bioinformatics

当研究室の研究領域は、「バイオインフォマティクス(生命情報科学/生物情報科学)」です.これは,情報科学,確率統計,物理,数学,化学等を駆使して生物学・生命科学の諸問題を解決しようとする学際的な学問領域です.近年,超高速/次世代シーケンサー(New/Next Generation Sequencer: NGS)などの実験・測定機器の著しい進歩により,ゲノム(遺伝子)・エピゲノム(ゲノムやヒストンタンパクの修飾)・ヌクレオーム(細胞核全体)・トランスクリプトーム(mRNA/ncRNA)・エピトランスクリプトーム・プロテオーム(タンパク質)・メタボローム(代謝物)・インタラクトーム(タンパク質-タンパク質、RNA-タンパク質、RNA-RNA相互作用など)等の大量の生物ビッグデータが蓄積しており,これらのデータから新しい生命科学の発見を行う「データ駆動型生命科学」が主流となっています.そのため,バイオインフォマティクス無しでは生物学・生命科学を語ることの出来ない時代が訪れています.

Our research area is bioinformatics (computational biology). This is an interdisciplinary field that attempts to solve various problems in biology and life science by making full use of information science, probability, statistics, physics, mathematics, chemistry, and so forth. In recent years, remarkable advances in experimental and measurement equipment such as next-generation sequencers (NGS) have led to the accumulation of a large amount of biological big data such as genomes, epigenomes, nucleomes, transcriptomes, proteomes, metabolomes, and interactomes. The "data-driven life science" which discovers new biological insights from these data has become the mainstream in biology. Therefore, the time has come when we cannot talk about biology and life science without bioinformatics.

当研究室では,この先長い間利用が見込まれるバイオインフォマティクスの理論・アルゴリズム・ツールの開発を目指しています.また,開発したツールや世の中にすでにあるツールを用いて、生命科学のブレイクスルーとなるような生物学的知見の発見を目標としています.そのため、情報系だけでなく実験系のラボとも積極的に共同研究を行っております(共同研究を希望される方はぜひご連絡を下さい).バイオインフォマティクスは現在発展中の分野になります。他の分野に比べますと最先端の研究を行うまでの道のりは少なくて済みます.「理論が好きな方」,「生物学が好きな方」,「実装(プログラミング)の好きな方」,「データ解析が好きな方」,「機械学習・データマイニング・人工知能が好きな方」,「シミュレーションが好きな方」,「数学」が好きな方など様々な興味を持つ人が活躍できる場があります。学生およびポスドクの皆さま,ぜひ当研究室で一緒にバイオインフォマティクスの研究を行いましょう!!!!

Our laboratory aims to develop bioinformatics theory, algorithm and tools that are expected to be used for a long time. In addition, we aim to discover biological findings that would be breakthroughs in life sciences, using the developed tools and tools already in the world. Therefore, we are actively conducting collaborative research with not only information laboratories but also experimental laboratories (please contact us if you are interested in joint research). Bioinformatics is an area currently under development. Compared to other fields, the path to conducting cutting-edge research is shorter. Those who like theory, biology, implementation (programming), data analysis, machine learning, data mining, artificial intelligence, simulation, and mathematics have the potential to achieve a breakthrough in bioinformatics. Let's research on bioinformatics together in our laboratory !!!!

A few positions related with my laboratory are open now [1] [2]

浜田教授が執筆に関わった書籍 / Books written by Prof. Hamada

当研究室に関してさらに詳しく知りたい方は以下をご覧ください [⇒Join Us]

  • 2019年度配属では,「数学、人工知能・機械学習などの情報科学、プログラミングが好きな(得意な)学生」または「次世代シークエンス実データなどの大量のオミックスデータ解析により新しい生命科学の発見を行いたい学生」を募集しています.希望により,科研費などの公的研究資金のプロジェクト,医学部などとの共同研究プロジェクトに参画も可能です.また,博士後期課程進学を検討している学生も絶賛募集中です(この分野は博士の人材が不足しています)[⇒詳細はこちら]
  • 浜田研の研究成果、学生の活躍に関して [⇒研究成果]
  • 本研究室を志望する学生向けに配属Q&Aのページを作成しました。日本バイオインフォマティクス学会ニュースレターに掲載された当研究室の紹介記事も参考になると思います。
  • 研究室主宰者(PI)について [⇒浜田道昭教授の個人ページ / 履歴書]
  • 浜田研公式Twitter: @hamada_lab / 浜田研論文紹介Twitter: @hamadalab_jc
  • 浜田研主催の講演会について[⇒講演会のページ]
  • 産業技術総合研究所とも連携を行っています [⇒YouTube, 産総研LINK]

ニュース / News [⇒公式Twitter : 研究成果 / Achievements]

  • [NEW] 順天堂大学医学部の折茂先生との共同研究論文がLife Science Alliance誌にアクセプトされました(2019/07/05)
  • [NEW] 浜田教授がJST CREST「人工知能」研究領域 成果展開シンポジウムで口頭発表を行いました
  • [NEW] D1/DC1の細田が第58回BIO合同研究発表会で口頭発表をしました(2019/06/19)
  • [NEW] University of Rochester Medical CenterのYin Sun博士らとの共同研究論文がOncogene誌にアクセプトされました(2018/05/28) [⇒研究成果]
  • [NEW] 福永津嵩招聘研究員(本務:東京大学)と岩切淳一博士(東京大学)が共同第一著者の論文がFrontiers in Geneticsに掲載されました(2018/05/15) [⇒研究成果]
  • [NEW] M2の松谷太郎が第一著者の論文がBioinformatics誌にアクセプトされました / Our paper (the first author: Taro Matsutani, M1) was accepted in Bioinformatics(2018/04/10) [⇒研究成果]
  • [NEW] 浜田研6年目が始動しました.スタッフも増え,全力で研究・教育に邁進していきたいと思っておりますので,今年度もご指導・ご鞭撻をよろしくお願い申し上げます(2019/04/01)[⇒メンバー]
  • 学部生6名,修士生5名が浜田研を卒業・修了しました.新天地での活躍を期待しています/ Six undergraduate students and five master's students graduated from Hamada Lab. (2019/03/26)
  • 東京女子医科大学と早稲田大学の研究交流セミナーで浜田教授が口頭発表を行います / Prof. Hamada gave an oral presentation at a research exchange seminar between Tokyo Women's Medical University and Waseda University(2018/02/22)[⇒研究成果]
  • 東京大学の福永助教(早稲田大学招聘研究員)と共同執筆した,alternative/transientなRNA構造に対する計算によるアプローチに関するレビュー論文がBriefings in Functional Genomicsに掲載されました / A review paper on computational approaches to alternative / transient RNA structures, co-authored with an assistant professor Fukunaga (an invited researcher, Waseda University), the University of Tokyo, has been published in Briefings in Functional Genomics(2018/12/15)[⇒研究成果]
  • 日経バイオテク2018年12月3日号「研究室探訪 第24回」に,浜田研究室の紹介記事が掲載されました。
  • 浜田教授が分担執筆した書籍「よくわかるバイオインフォマティクス入門」が講談社より出版されました (2018/11/19) [⇒Amazonで購入]
  • 浜田教授が班長を務める産総研CBBD-OIL RAの片山 研太さん(早稲田大学 生命医科学専攻 佐藤政充研究室 修士2年 )が第41回日本分子生物学会年会でポスター発表を行います.[⇒研究成果]
  • 生命科学系フロンティアミーティング 2018(第10回研究会) でB4の岩野と天津,M1の宮原,M2の細田が発表を行います(2018/10/05)[⇒研究成果]
  • 3年生9名,博士課程1名の学生が浜田研究室に加わりました(2018/09/20)[⇒メンバー]
  • 浜田教授が研究代表の提案がCREST(人工知能)に採択されました!リボミック社,東京大学と共同で人工知能技術を用いたRNAアプタマー創製システムの研究開発を行います(2018/09/20)
  • 浜田教授がIIBMP2018のBoFセッション「バイオインフォマティクスに使いたい情報科学の最前線」で講演を行います(2018/09/20)
  • 浜田教授が岡山大学 大学院医歯薬学総合研究科 臨床研究・ゲノム疫学実践論で2コマの講義を行います(2018/09/08)
  • 浜田教授が八王子学園八王子高等学校で模擬講義2コマを行います(2018/08/28)