早稲田大学 浜田研究室

バイオインフォマティクス研究

Waseda University, Hamada Laboratory

Bioinformatics Research

バイオインフォマティクスで生命科学にブレイクスルーを / Breakthroughs in life sciences with bioinformatics

当研究室の研究領域は、「バイオインフォマティクス(生命情報科学/生物情報科学)」です.これは,情報科学,確率統計,物理,数学,化学等を駆使して生物学・生命科学の諸問題を解決しようとする学際的な学問領域です.近年,超高速/次世代シーケンサー(New/Next Generation Sequencer: NGS)などの実験・測定機器の著しい進歩により,ゲノム(遺伝子)・エピゲノム(ゲノムやヒストンタンパクの修飾)・ヌクレオーム(細胞核全体)・トランスクリプトーム(mRNA/ncRNA)・エピトランスクリプトーム・プロテオーム(タンパク質)・メタボローム(代謝物)・インタラクトーム(タンパク質-タンパク質、RNA-タンパク質、RNA-RNA相互作用など)等の大量の生物ビッグデータが蓄積しており,これらのデータから新しい生命科学の発見を行う「データ駆動型生命科学」が主流となっています.そのため,バイオインフォマティクス無しでは生物学・生命科学を語ることの出来ない時代が訪れています.

Our research area is bioinformatics (computational biology). This is an interdisciplinary field that attempts to solve various problems in biology and life science by making full use of information science, probability, statistics, physics, mathematics, chemistry, and so forth. In recent years, remarkable advances in experimental and measurement equipment such as next-generation sequencers (NGS) have led to the accumulation of a large amount of biological big data such as genomes, epigenomes, nucleomes, transcriptomes, proteomes, metabolomes, and interactomes. The "data-driven life science" which discovers new biological insights from these data has become a mainstream in biology. Therefore, it is impossible to talk about biology and life sciences without bioinformatics.

当研究室では,この先長い間利用が見込まれるバイオインフォマティクスの理論・アルゴリズム・ツールの開発を目指しています.また,開発したツールや世の中にすでにあるツールを用いて、生命科学のブレイクスルーとなるような生物学的知見の発見を目標としています.そのため、情報系だけでなく実験系のラボとも積極的に共同研究を行っております(共同研究を希望される方はぜひご連絡を下さい).バイオインフォマティクスは現在発展中の分野になります。他の分野に比べますと最先端の研究を行うまでの道のりは少なくて済みます.「理論が好きな方」,「生物学が好きな方」,「実装(プログラミング)の好きな方」,「データ解析が好きな方」,「機械学習・データマイニング・人工知能が好きな方」,「シミュレーションが好きな方」,「数学」が好きな方など様々な興味を持つ人が活躍できる場があります。学生およびポスドクの皆さま,ぜひ当研究室で一緒にバイオインフォマティクスの研究を行いましょう!!!!

Our laboratory aims to develop bioinformatics theory, algorithm and tools that are expected to be used for a long time. In addition, we aim to discover biological findings that would be breakthroughs in life sciences, using the developed tools and tools already in the world. Therefore, we are actively conducting collaborative research with not only information laboratories but also experimental laboratories (please contact us if you are interested in joint research). Bioinformatics is an area currently under development. Compared to other fields, the path to conducting cutting-edge research is shorter. Those who like theory, biology, implementation (programming), data analysis, machine learning, data mining, artificial intelligence, simulation, and mathematics have the potential to achieve a breakthrough in bioinformatics. Let's research on bioinformatics together in our laboratory !!!!

※ 研究員・研究補助員・秘書などのポストにご興味がある方は連絡を下さい./ Please contact us if you are interested in becoming a researcher, research assistant or secretary.

浜田教授が執筆に関わった書籍 / Books written by Prof. Hamada

第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)

浜田教授が大会長を務めるIIBMP2021が9月に開催されます.詳細はこちらをご覧ください

オープンハウス2021

こちらの特設ページをご覧ください.コンテンツは順次追加していきます.

当研究室に関してさらに詳しく知りたい方は以下をご覧ください [⇒Join Us]

  • 2021年度配属では,「数学、人工知能・機械学習などの情報科学、プログラミングが好きな(得意な)学生」と次世代シークエンス実データなどの大量のオミックスデータ解析により新しい生命科学の発見を行いたい学生」を募集しています.

  • 希望により,科研費などの公的研究資金のプロジェクト,医学部などとの共同研究プロジェクトに参画も可能です.また,博士後期課程進学を検討している学生も絶賛募集中です(この分野は博士の人材が不足しています)[⇒詳細はこちら]

  • 浜田研の研究成果、学生の活躍に関して [⇒研究成果]

  • 本研究室を志望する学生向けに配属Q&Aのページを作成しました。日本バイオインフォマティクス学会ニュースレターに掲載された当研究室の紹介記事も参考になると思います。

  • 研究室主宰者(PI)について [⇒浜田道昭教授の個人ページ / 履歴書]

  • 浜田研公式Twitter: @hamada_lab / 浜田研論文紹介Twitter: @hamadalab_jc

  • 浜田研主催の講演会について[⇒講演会のページ]

  • 産業技術総合研究所とも連携を行っています [⇒YouTube, 産総研LINK]

ニュース / News [⇒公式Twitter : 研究成果 / Achievements]

  • [NEW] IIBMP2021において22件の発表を行います.詳細はこちらを御覧ください

  • [NEW] 博士課程の細田さんの研究のプレスリリースが大学のホームページから公開されました.

  • [NEW] 小野口次席研究員が第一著者の論文がNAR Genomics and Bioinformaticsにアクセプトされました.(2021/06/03)

  • [NEW]学生(松谷,山田,岩野,角,細田)とスタッフ(井内,趙,福永)が共同で執筆した,表現学習の配列解析への応用に関するレビュー論文Computational and Structural Biotechnology Journal で公開されました

  • [NEW]博士課程の松谷さんの論文をBioRxivに公開しました(2021/05/10)

  • [NEW]学部4年生の山田さんの論文をBioRxivに公開しました(2021/04/28)

  • [NEW] D3の細田さんの論文がバイオインフォマティクス分野のトップ国際会議であるISMB/ECCB2021のプロシーディングトラックに採択されました(2021/4/20)

  • [NEW] 井内次席研究員と小野口次席研究員の研究提案が,科研費 若手研究と基盤研究Cにそれぞれ採択されました(2021/04/01)

  • [NEW]大里主任研究員,魚谷研究事務補助員が新たに浜田研に参画しました.曽さん,小野口さん,井内さんの本属が,産総研CBBD-OILから早稲田大学に変更となりました.(2021/04/01)[⇒メンバー]

  • [NEW]修士課程の岩野さんの論文をBioRxivに公開しました.AIアプタマー創薬に寄与する基盤情報技術の論文となります.(2021/03/02)

  • 戦略的創造研究推進事業(CREST) イノベーション創発に資する人工知能基盤技術の創出と統合化 令和3年度開始の加速フェーズの研究課題に,浜田教授の「AIアプタマー創薬プロジェクト」が採択されました.

  • 研究員(研究院教授/准教授/講師)・研究助手・研究補助員の募集を開始しました(2021/01/09) [⇒募集要項PDFファイル]

  • 浜田教授が第15回理研「バイオものづくり」シンポジウムにおいて,招待講演を行いました (2020/12/04)[⇒研究成果]

  • 浜田教授が第43回分子生物学会(MBSJ2020)において,ワークショップ 1PW-03 / RNAリインカネーション をオーガナイズしました.また,M1関根,スタッフ小野口が筆頭著者の研究のポスター発表を行いました(2020/12/02[⇒研究成果]

  • 浜田研にB3が配属されました

  • D2細田,M2岩野・天津,M1関根が第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)で発表を行います[⇒研究成果]

  • M2岩野・天津,M1野崎・関根,B4の久保・武田・横山が生命情報科学若手の会 第12回研究会で発表を行います[⇒研究成果]

  • D1松谷がENCODE3読み会で論文紹介を行いました(2020/08/23)

  • M1関根が第43回日本神経科学大会でポスター発表を行いました[⇒研究成果]

  • D2の細田が筆頭著者の論文がMicrobiome (11.356 - 5-year Impact Factor)に出版されました(2020/06/24)[⇒ニュースリリース研究成果]

  • 卒業生の石田が筆頭著者の論文がNucleic Acids Research(Impact Factor, 11.147)に出版されました.JST/CRESTの研究成果となります(2020/06/15)[⇒ニュースリリース研究成果]

  • 浜田教授が研究代表者の研究課題「リピート要素のde novo発見に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明」が科研費 基盤研究A に採択されました(2020/04/01)

  • 東京大学胡桃坂教授との共同研究論文がCommunications Biologyに出版されました(2020/02/01)[⇒ニュースリリース研究成果]

  • M2 宮原,望月,石田,深見,D3 Zhang,研究員の曽,小野口が分子生物学会でポスター発表を行いました.

  • 浜田教授が日本医科大学大学院にて特別講義を行いました(2019/11/27)

  • 生命情報科学若手の会で,B4鈴木,M1岩野,D1細田が研究発表をしました(2019/10/20)[⇒研究成果]

  • RNAフロンティアミーティングで浜田教授が招待講演を行いました.また,浜口研究助手,社会人博士課程D1の吉次が研究発表を行いました(2019/09/24) [⇒研究成果]