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2000年3月東北大学理学部数学科卒業、2002年3月東北大学大学院理学研究科数学専攻修士課程修了（専門は作用素論）。2002年4月より8年半の間、株式会社富士総合研究所（現在のみずほリサーチ＆テクノロジーズ株式会社）の研究員として、科学技術関連の受託研究開発に携わる。その間にNEDO「機能性RNAプロジェクト」に参画し、バイオインフォマティクスと初めて出会う。同プロジェクトにて、CentroidFoldに代表される数多くのRNA配列情報解析技術の開発を行う。
当該会社在籍中の2009年3月に東京工業大学大学院総合理工学研究科知能システム科学専攻の社会人博士課程を修了し博士（理学）を取得する（渡辺澄夫研究室）。2010年10月1日より東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 特任准教授（浅井潔研究室）を経て、2014年4月1日より早稲田大学 理工学術院 准教授（2018年4月より教授）として独立し、バイオインフォマティクス研究室を主宰している。
2016年10月1日より産業技術総合研究所 招聘研究員、および、2017年4月1日より日本医科大学大学院医学研究科客員教授を兼任している。2023年には、早稲田大学において「次代の中核研究者」に選出されるとともに、2024年4月より日本バイオインフォマティクス学会（JSBi）理事長・会長に就任。また現在、バイオインフォマティクス分野の人材育成と知識体系の整備を目的として、コロナ社「バイオインフォマティクスシリーズ」（全15巻）を監修中であり、バイオインフォマティクスの研究・教育・アウトリーチの全てを精力的に進めている。
主な受賞歴として、2017年に文部科学大臣表彰若手科学者賞、2022年に早稲田大学リサーチアワード（国際研究発信力）、2023年に早稲田大学ティーチングアワード、2024年に大隈記念学術褒賞（奨励賞）を受賞。研究代表者として、科研費若手A（２件）、挑戦的萌芽研究、挑戦的研究（萌芽）、挑戦的研究（開拓）、新学術領域（公募研究）、基盤研究A（２件）、戦略的創造研究推進事業（CREST）などを遂行している。
現在の専門はバイオインフォマティクス全般（特に、機能性RNA、エピジェネティクス、RNA創薬研究等）である。研究目標として、今後長く利用されるキラーツールを作り上げ、ソフトウェア・情報技術の側面から生物・医学・薬学分野にブレイクスルーを起こすことを目指している。
In March 2000, he graduated from the Department of Mathematics, Faculty of Science, Tohoku University, and in March 2002, he completed the master’s program in Mathematics at the Graduate School of Science, Tohoku University (specializing in operator theory). From April 2002, he worked for eight and a half years as a researcher at Fuji Research Institute Corporation (now Mizuho Research & Technologies, Ltd.). During this period, he participated in NEDO’s “Functional RNA Project,” where he first encountered bioinformatics. Within this project, he developed numerous RNA sequence analysis technologies, including CentroidFold.
While employed at the company, he completed the doctoral program for working professionals in the Department of Computational Intelligence and Systems Science at the Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology, earning his Ph.D. in Science in March 2009 (Watanabe Sumio Laboratory). After serving as a Project Associate Professor in the Department of Computational Biology, Graduate School of Frontier Sciences, the University of Tokyo (Asai Kiyoshi Laboratory) starting on October 1, 2010, he became an Associate Professor at the Faculty of Science and Engineering, Waseda University on April 1, 2014, and has been leading an independent bioinformatics laboratory since then (promoted to Professor in April 2018).
He has also served as an Invited Researcher at the National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST) since October 1, 2016, and as a Visiting Professor at the Graduate School of Medicine, Nippon Medical University since April 1, 2017. In 2023, he was selected as a “Next-Generation Core Researcher” at Waseda University, and in April 2024, he became President of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi). He is currently supervising the 15-volume “Bioinformatics Series” published by Corona Publishing, aimed at fostering human resources and building a systematic knowledge base in bioinformatics. He continues to actively pursue research, education, and outreach in the field of bioinformatics.
His major awards include the Young Scientists' Award from the Minister of Education, Culture, Sports, Science and Technology in 2017; the Waseda University Research Award (International Research Dissemination) in 2022; the Waseda University Teaching Award in 2023; and the Okuma Memorial Academic Award (Encouragement Award) in 2024. As principal investigator, he has led numerous research projects, including Grant-in-Aid for Young Scientists (A) (two projects), Challenging Exploratory Research, Challenging Research (Exploratory and Pioneering), Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Public Offering), Grant-in-Aid for Scientific Research (A) (two projects), and CREST.
His current research interests cover the broad field of bioinformatics, particularly functional RNA, epigenetics, and RNA-based drug discovery. His research goal is to develop long-lasting “killer tools” that will bring breakthroughs to biology, medicine, and pharmaceutical sciences through software and information technologies.
所属 / Affiliation
所属 / Affiliation
理工学術院 教授（主所属）/ Professor, Faculty of Science and Engineering（main position）
先進理工学部 電気・情報生命工学科 バイオインフォマティクス研究室 主宰 / Principle Investigator, Bioinformatics Laboratory, Department of Electrical Engineering and Bioscience, Undergraduate School of Advanced Science and Engineering
先進理工学研究科 電気・情報生命専攻 バイオインフォマティクス研究室 主宰 / Principle Investigator, Bioinformatics Laboratory, Department of Electrical Engineering and Bioscience, Graduate School of Advanced Science and Engineering
データ科学総合研究教育センター 兼任センター員 / Researcher, Center for Data Science
カーボンニュートラル社会研究教育センター 所員 / Researcher, Waseda Center for a Carbon Neutral Society
理工学術院総合研究所 兼任研究員/ Joint Researcher, Waseda Research Institute for Science and Engineering
グリーン・コンピューティング・システム研究機構 / Green Computing Systems Research Organization
次世代コンピューティング基盤研究所 所員 / Researcher, Research Institute for Next-Gen Computing,
ナノ・ライフ創新研究機構 / Global Base for Nano & Life Innovation Research
規範科学総合研究所 所員
スマート社会技術融合研究機構 / Advanced Collaborative Research Organization for Smart Society (ACROSS)
スマートライフサイエンス研究所 所員 / Researcher, The Smart Life Science Institute
総合研究機構 / Comprehensive Research Organization
構造生物・創薬研究所 所員 / Researcher, Institute for Medical-oriented Structural Biology
ヒューマンパフォーマンス研究所 所員 / Researcher, Human Performance Laboratory
産業技術総合研究所 / National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)
産業技術総合研究所 / National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)
細胞分子工学研究部門 招聘研究員 / Invited Researcher, Cellular and Molecular Biotechnology Research Institute (CMB)
大学院医学研究科 客員教授 / Visiting Professor, Graduate School of Medicine
住所 / Address:
住所 / Address:
早稲田大学 理工学術院 （先進理工学部 電気・情報生命工学科 バイオインフォマティクス研究室）/ Hamada Laboratory (Bioinformatics Laboratory), Department of Electrical Engineering and Bioscience, Faculty of Science and Engineering
〒169-8555 新宿区大久保3-4-1 55号館N棟6階 610B室 [⇒アクセス] / 55N-06-10, 3-4-1, Okubo Shinjuku-ku, Tokyo 169-8555, Japan [>Access]
E-mail: mhamada@waseda.jp / michiaki.hamada@hamadalab.com / michiaki.hamada@gmail.com
学歴 / Education:
学歴 / Education:
1984年4月（昭和59年4月）～1990年3月（昭和60年3月） 東京都東村山市立南台小学校
1990年4月（平成2年4月）～1993年3月（平成5年3月） 千葉県柏市立中原中学校
1993年4月（平成5年4月）～1996年3月（平成8年3月） 千葉県立東葛飾高等学校
1996年4月（平成8年4月）～2000年3月（平成12年3月） 東北大学理学部数学科 / Apr. 1996～Mar. 2000 Department of Mathematics, Tohoku University
2000年4月（平成12年4月）～2002年3月（平成14年3月） 東北大学理学研究科数学専攻修士課程 / Apr. 2000～Mar. 2002 Master course, Mathematical Institute, Tohoku University
2005年10月（平成17年10月）～2009年3月（平成21年3月） 東京工業大学総合理工学研究科知能システム科学専攻博士後期課程 (社会人博士) / Oct. 2005～Mar. 2009. Ph.D. course, Department of Computational Intelligence and System Science, Tokyo Institute of Technology
学位 / Degrees:
学位 / Degrees:
2002年3月 修士（理学）（東北大学）/ Mar. 2002 M.S. (Tohoku University)
2009年3月26日 博士（理学）（東京工業大学）/ Mar. 2009. Ph.D. (Tokyo Institute of technology)
職歴 / Job experiences:
職歴 / Job experiences:
2002年4月（平成14年4月）～2010年9月（平成22年9月） 株式会社富士総合研究所（現:みずほリサーチ＆テクノロジーズ） 研究員 ・コンサルタント / Apr. 2002 - Sep. 2004 Researcher, Fuji Research Institute Corporation, Inc.
2010年10月（平成22年10月）～2014年3月 （平成26年3月）東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻 特任准教授 / Oct. 2010 - Mar. 2014. Associate Professor (non-tenured), Department of computational biology, Graduate School of Frontier Science, The University of Tokyo
2014年4月（平成26年4月）～2018年4月（平成30年4月） 早稲田大学 理工学術院 先進理工学研究科 電気･情報生命専攻 准教授 / Apr. 2014 - Mar. 2018. Associate professor (tenured), Department of Electrical Engineering and Bioscience, Faculty of Science and Engineering, Waseda University
2016年10月（平成28年10月）〜現在 産業技術総合研究所 招聘研究員 (産総研・早大 生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ (CBBD-OIL)班長) / Oct. 2016-current, AIST-Waseda University Computational Bio Big-Data Open Innovation Laboratory (CBBD-OIL), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
2017年4月（平成29年4月）〜現在 日本医科大学 大学院 医学研究科 客員教授 / Apr. 2017-current. Visiting Professor, Graduate School of Medicine, Nippon Medical University
2018年4月（平成30年4月）〜2020年3月 岡山大学 大学院医歯薬学総合研究科 非常勤講師
2018年4月（平成30年4月）～現在 早稲田大学 理工学術院 先進理工学研究科 電気･情報生命専攻 教授 / Apr. 2018 - current. Professor (tenured), Department of Electrical Engineering and Bioscience, Faculty of Science and Engineering, Waseda University
賞罰 / Awards:
賞罰 / Awards:
1998年03月: 川合数学奨励賞
1999年03月: 青葉理学振興会奨励賞
2008年12月: Oxford Journals JSBi Prize
2010年03月: 2008-2009 SIGBIO Best Paper Award
2011年08月: The 5th AYRCOB Best Poster Award
2012年10月: BIWO2012 Best Poster Award
2014年12月: GIW-ISCB-Asia 2014 Best Poster Award
2016年04月: 産業技術総合研究所 理事長賞（研究）
2017年04月: 平成29年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞
2021年12月: 早稲田大学リサーチアワード（国際研究発信力）
2022年04月: 早稲田大学 次代の中核研究者（2022~2024）
2024年06月: 大隈記念学術褒賞（奨励賞）
公的研究費:
公的研究費:
研究代表者 / PI
研究代表者 / PI
科学研究費助成事業 科学研究費基金 挑戦的研究(開拓)、研究代表者、「RNAリインカネーション」、2024-06-28 – 2027-03-31
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 基盤研究(A)、研究代表者、「RNAを中心とした分子ネットワークに基づく生物学的相分離の俯瞰的・体系的理解」，2023-04-01 – 2026-03-31
国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）量子・AIハイブリッド技術のサイバー・フィジカル開発事業、研究代表者、「量子・AI次世代創薬」、2023 年度 ～ 2025 年度
国立研究開発法人科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業(CREST)「イノベーション創発に資する人工知能基盤技術の創出と統合化」領域, 研究代表者，「AIアプタマー創薬プロジェクト」 ，令和2年4月〜令和5年３月
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 基盤研究(A)、研究代表者、「リピート要素のde novo発見に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明」，2020-04-01 – 2023-03-31
国立研究開発法人科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業(CREST)「イノベーション創発に資する人工知能基盤技術の創出と統合化」領域, 研究代表者，「人工知能技術を用いた革新的アプタマー創薬システムの開発」 ，平成30年10月〜令和2年３月
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 挑戦的研究 (萌芽), 研究代表者, 「RNA-クロマチン相互作用予 測と応用」, 研究課題番号:17K20032, 平成 29 年 7 月~令和1 年 3 月
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 若手研究(A), 研究代表者, 「機能エレメントと深層学習に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能分類」, 研究課題番号：16H05879, 平成28年4月～平成32年3月
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 新学術領域研究 (公募研究)（研究領域提案型 動的クロマチン構造と機能）, 研究代表者, 「ヒストンバリアントに基づくクロマチンの機能の推定」, 研究課題番号：16H01318, 平成28年4月～平成30年3月
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究、研究代表者、「プライバシー保護バイオインフォマティクス基盤技術の開発と応用」、課題番号：25540131、平成25年4月～平成28年3月
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 若手研究(A), 研究代表者, 「修飾・編集ＲＮＡの構造予測手法の研究開発」, 研究課題番号：24680031, 平成24年4月～平成27年3月
分担研究者 / co-PI
分担研究者 / co-PI
令和７(2025)年度 学術変革領域研究（Ａ）「攪乱RNA学創成領域の総括班活動」（代表：河原 行郎）、「生物の免疫反応を手がかりとした撹乱RNAの網羅的探索と特徴付け」（代表：川崎 純菜）、2025 年度 ～ 2029 年度
令和７(2025)年度 基盤研究（Ｓ）「新規翻訳誘導技術を用いた環状RNAの分子設計と応用」（代表：阿部洋）、2025 年度 ～ 2029 年度
国立研究開発法人日本医療研究開発機構 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業、「ウイルス因子と宿主トランスクリプトームの融合による超高精度HTLV-1関連疾患発症予測法および革新的発症予防法の開発」（代表：山野 嘉久）、2025 年度 ～ 2027 年度
国立研究開発法人科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業(CREST)「細胞操作」領域、主たる共同研究者、「機能性RNA・RNP進化プラットフォームの構築と細胞制御技術の開発」（代表：齊藤 博英）
国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）先導研究「セルフリー×デジタル技術を用いた革新的物 質生産基盤技術の開発」
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 基盤研究(B)、分担研究者、加齢による骨格筋細胞の生体変容に関わるlncRNAのランドスケープ、課題番号：23H03155（代表：伊藤 達男）
日本医療研究開発機構(AMED)，生命科学・創薬研究支援基盤事業（BINDS），分担研究者，1細胞／微小組織マルチオミックスのオールインワン解析による生命科学研究の支援（代表：由良敬）
日本医療研究開発機構(AMED)，次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業（RNA標的創薬技術開発），分担研究者，機能解析に基づくRNA標的創薬のための統合DBとAIシステムの構築（代表：中谷和彦）
日本医療研究開発機構(AMED)，革新的先端研究開発支援事業インキュベートタイプ（LEAP），分担研究者，化学を基盤としたmRNAの分子設計・製造法の革新とワクチンへの展開（代表：阿部洋）
科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型），分担研究者，『学術研究支援基盤形成』先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム（第1期，第2期），2022-04-01 – 2028-03-31
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 基盤研究(A)、分担研究者、発達期ダイオキシンと老年期の高次認知機能低下の関係性解明，2019-04-01 – 2022-03-31
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 基盤研究(B)，分担研究者、ceRNAネットワーク構造の解読を基盤とした、全く新しい抗がん剤開発戦略の開発，2018-07-18 – 2021-03-31
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 基盤研究(A)、分担研究者、「エピトランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術」、課題番号：、平成28年4月～平成31年3月
科学研究費助成事業 科学研究費補助金 基盤研究(A)、分担研究者、「RNA・タンパク質相互作用の網羅的予測と検証」、課題番号：25240044、平成25年4月～平成28年3月
連携研究者
連携研究者
科学研究費助成事業 新学術領域研究, lncRNA-mRNAの相互作用ネットワークに基づくlncRNAの機能推定,連携研究者
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム,連携研究者
科学研究費新学術領域研究『生命科学系3分野支援活動』ゲノム支援，連携研究者
戦略的国際科学技術協力推進事業，個別化医療を実現するプライバシー保護ゲノム情報解析，連携研究者
研究業績 / Research achievements
研究業績 / Research achievements
所属学会 / Affiliated societies
所属学会 / Affiliated societies
日本バイオインフォマティクス学会(JSBi) [会長，理事長] / The Japanese Society for Bioinformatics (JSBi) [Predident]
特定非営利活動法人 mRNAターゲット創薬研究機構 [理事]
日本RNA学会 / The RNA Society of Japan
日本分子生物学会 / The Molecular Biology Society of Japan (MBSJ)
情報処理学会 / Information Processing Society of Japan (IPSJ)
日本癌学会 / Japanese Cancer Association (JCA)
日本核酸医薬学会 / Nucleic Acids Therapeutics Society of Japan
国際計算生物学会 / International Society of Computational Biology (ISCB)
国際RNA学会
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