オープンラボ

電気・情報生命工学科 配属対象学生の皆さんへ：

2022年度はRAO（最大１名）を募集します．RAOとしては博士課程に進学を検討している学生を優先的に受入予定です．

事前の研究室見学（基本オンライン）および説明なども随時受け付けています

※ 本ページは随時コンテンツが更新される予定です．

浜田研の概要

浜田研の研究領域は「バイオインフォマティクス（生命情報科学，計算生物学，情報生物学）」です．バイオインフォマティクスは，主に情報科学を用いて生命科学の様々な問題を解決することを目指した学際研究分野（複数の研究分野が融合した分野）であり，電気・情報生命工学科にマッチした研究分野です．学科内では「情報系」の研究室に位置づけられていますが，「生命系」の研究室とも関連が深いです（ただし，浜田研にはウェットな実験設備はありませんので注意してください）．

浜田研では，学生が自由な発想のもとで研究ができるように可能な限りサポートを行っています．自らどんどん研究を進められる学生が向いていると思います．また，博士課程進学を検討している学生も絶賛募集中です．


関連ページ

図：浜田研の研究の概要．バイオインフォマティクスの広範な領域が研究対象となっています．学生による新規テーマ開拓も歓迎しています．

2020年模擬講義「RNA研究の最前線」

2020年度のオープンキャンパス（オンライン）における模擬講義

ヒト腸内細菌叢解析の研究紹介（英語）

浜田研 博士課程学生 細田の研究紹介．英文論文はこちら．

研究室ツアー

今年はコロナの影響で，安全面を最優先とするため，皆さまを直接研究室にご案内できずに残念ですが，研究室の雰囲気を感じてもらえますと幸いです．

こちらから御覧ください

浜田研の研究

浜田研の研究領域

浜田研では，以下のような比較的幅広い研究領域に関して研究を行っています．学生が提案して，新しい研究領域を開拓を行うことも歓迎しています．詳細に興味がある学生は，浜田研在籍者の研究をそれぞれを一枚のスライドにまとめた資料（全60ページ以上，非公開）をお送りしますので，遠慮なく連絡（連絡先は本ページ下部に記載）をしてください（8/27追記: 電生の配属対象者はMoodleからダウンロード可能としました：「2020年度研究室配属」⇒「研究室紹介資料・オープンハウス・仮配属決定後対応」⇒「浜田研」）．

  • ゲノム研究

  • トランスクリプトーム研究，特に，ノンコーディングRNA（ncRNA）研究

  • エピゲノム・エピジェネティクス研究

  • エピトランスクリプトーム（RNA修飾）研究

  • インタラクトーム（生体分子間の相互作用）研究

  • メタゲノム研究

  • 脳科学関連研究

  • がん関連研究

  • 創薬関連研究（RNAアプタマー, mRNA医薬，RNAを標的にした創薬）

浜田研の研究タイプ

  1. 手法開発研究（手法）

    • 生物データを解析するための新しい手法を開発する人工知能・機械学習・データマイニングなどの最新の技術や数理理論を駆使する

    • 理論が好きな人，プログラミングが好きな人が向いている

    • 入研段階で生物の知識は必ずしも必須ではない

  2. 実データ解析研究（解析）

    • 共同研究や公共データベースを通して取得する実生物データ（例：RNAの発現量データ）から，新しい生物学の知見を発見する

    • 生物学が好きな人が向いている

    • 入研後にプログラミングは必須となる

  3. 1,2の融合研究（融合）

    • 独自に開発した手法を元に，実データの網羅的解析を行い新しい生物学の知見を発見する

    • （発見した新知見は，共同研究を通して実験的検証ができればなおよい）

浜田研学生が執筆した英文論文

こちらのサブページを御覧ください．

浜田研では，最終的に英文の論文が執筆できることを目標に研究指導を行います．英文論文を執筆しない場合でも，学会発表は多くの学生が行っています．浜田研の発表成果の詳細は，こちらを参照してください．

研究環境

自宅などのリモート環境で研究を行うことが可能な環境が整っています．コロナ禍においても，それ以前と変わらずに研究を推進することが可能です．

  • 遺伝研スーパーコンピュータシステムのアカウント発行

    • ネットワーク環境があれば，どこからでもログインして計算を行うことが可能

  • （必要に応じて）ノートPCを貸与

    • MacBookが基本

  • 研究に必要となる書籍等は教員に許可を取ることなく自由に購入可能

  • Google Education（商用版Google Suite）アカウントの発行（hamadalab.comドメイン）

    • Gmail / Google Driveが容量無制限で利用可能（卒業後も利用可能）

  • 有償版 Slack アカウントの発行

    • リモートでのやりとりの大部分はSlackを通して行います

  • 教員やスタッフとのリモートでのディスカッションも随時可能です．

浜田研での研究生活

2021年春学期は，すべてのゼミをオンラインで開催しています．秋学期もオンライン開催を基本とする予定です

ゼミ [Update]

  1. 全体ゼミ（半期に一度）

    • 自分の研究の発表を行います（15分~20分程度の質疑・ディスカッション）．学会発表に準じた発表を行うことを目標とします．

  2. ジャーナルクラブ（各JC毎週一コマ）

    • 春学期は以下の３つのJCが開催されています（学生は最低１つのJCに参加）

      • 機械学習JC

      • アルゴリズムJC

      • ノンコーディングRNAJC

  3. グループ進捗ゼミ（各グループ毎週１コマ程度）

    • 教員と関連するスタッフ・学生で進捗に関する個別ゼミを行います．学生一人あたり２〜３週間に一度程度の頻度で進捗報告を行います．

    • 春学期は以下の６つのグループに分かれて進捗ゼミを行っています

      • 脳

      • ノンコーディングRNA

      • 創薬

      • メタゲノム

      • がん

      • 手法

  4. 浜田研講演会（不定期）

    • 最先端で活躍されている外部の研究者を招聘して講演を行ってもらいます

  5. 東京バイオインフォマティクスミーティング（TBM）（年１回）

    • 東京近郊のバイオインフォマティクス関連研究室合同のミーティングです．学生が中心となって行います．

  6. 卒論中間発表・最終発表（村田研，井上研と合同）

    • 情報系４研究室合同の発表会となります．研究室以外の方のコメントがいただける貴重な機会となります．

その他義務

  • 論文要約投稿（月に一度）

  • 興味がある論文を読んで概要をGitHubを用いた独自システムに投稿します．投稿された論文要約は浜田研全員で共有されます．

浜田研学生の進路

例年大部分の学生は修士課程に進学します．また，研究関連の職に就く学生も多いと思います．

  • 研究関連

    • NTT研究所（３名）

    • 株式会社日立製作所 中央研究所

    • ソニー研究所

    • エーザイ研究所

    • 日本学術振興会特別研究員（DC1, ２名）

    • 東京大学大学院

  • 製薬企業

    • 武田薬品工業

    • 中外製薬株式会社

    • 塩野義製薬

    • エーザイ

  • その他

    • キーエンス

    • 株式会社NTTドコモ

    • 特許庁（国家公務員１種試験合格）

    • 野村総合研究所（２名）

    • 日立製作所（２名）

    • NEC

    • テルモ株式会社（開発職）

    • 日本アイ・ビー・エム（2名）

    • 日本マイクロソフト （2名）

    • SCSK

    • 大和総研

    • 日本総合研究所

    • 株式会社アートテクノロジー

    • など

浜田教授が執筆に関与した書籍