オープンラボ
電気・情報生命工学科 配属対象学生の皆さんへ:
RAO(最大1名)を募集します.RAOとしては博士課程に進学を検討している学生を優先的に受入予定です.
事前の研究室見学および説明なども随時受け付けています
2024/08/11: 「浜田研学生による論文」ページを「研究成果」ページに統合
2021/05/30: 「浜田研学生による論文」ページを更新
最近,学生が,機械学習/人工知能+生命科学・創薬に関する論文を立て続けに発表していますので,ぜひ御覧ください
2021/05/30: 「浜田研での研究生活」を更新
2020/09/06: 「学生の声」ページを追加
2020/09/06: 「研究室ツアー」ページを追加
浜田研の概要
浜田研の研究領域は「バイオインフォマティクス(生命情報科学,計算生物学,情報生物学)」です.バイオインフォマティクスは,主に情報科学を用いて生命科学の様々な問題を解決することを目指した学際研究分野(複数の研究分野が融合した分野)であり,電気・情報生命工学科にマッチした研究分野です.学科内では「情報系」の研究室に位置づけられていますが,「生命系」の研究室とも関連が深いです(ただし,浜田研にはウェットな実験設備はありませんので注意してください).
浜田研では,学生が自由な発想のもとで研究ができるように可能な限りサポートを行っています.自らどんどん研究を進められる学生が向いていると思います.また,博士課程進学を検討している学生も絶賛募集中です.
関連ページ
図:浜田研の研究の概要.バイオインフォマティクスの広範な領域が研究対象となっています.学生による新規テーマ開拓も歓迎しています.
浜田研の研究
浜田研の研究領域
浜田研では,以下のような比較的幅広い研究領域に関して研究を行っています.学生が提案して,新しい研究領域を開拓を行うことも歓迎しています.詳細に興味がある学生は,浜田研在籍者の研究をそれぞれを一枚のスライドにまとめた資料(全60ページ以上,非公開)をお送りしますので,遠慮なく連絡(連絡先は本ページ下部に記載)をしてください.
ゲノム研究
トランスクリプトーム研究,特に,ノンコーディングRNA(ncRNA)研究
エピゲノム・エピジェネティクス研究
エピトランスクリプトーム(RNA修飾)研究
インタラクトーム(生体分子間の相互作用)研究
メタゲノム研究
脳科学関連研究
がん関連研究
創薬関連研究(RNAアプタマー, mRNA医薬,RNAを標的にした創薬)
浜田研の研究タイプ
手法開発研究(手法)
生物データを解析するための新しい手法を開発する人工知能・機械学習・データマイニングなどの最新の技術や数理理論を駆使する
理論が好きな人,プログラミングが好きな人が向いている
入研段階で生物の知識は必ずしも必須ではない
実データ解析研究(解析)
共同研究や公共データベースを通して取得する実生物データ(例:RNAの発現量データ)から,新しい生物学の知見を発見する
生物学が好きな人が向いている
入研後にプログラミングは必須となる
1,2の融合研究(融合)
独自に開発した手法を元に,実データの網羅的解析を行い新しい生物学の知見を発見する
(発見した新知見は,共同研究を通して実験的検証ができればなおよい)
浜田研関係者の研究成果
浜田研では,最終的に英文の論文が執筆できることを目標に研究指導を行います.英文論文を執筆しない場合でも,学会発表は多くの学生が行っています.浜田研の発表成果の詳細は,こちらを参照してください.
研究環境
自宅などのリモート環境で研究を行うことが可能な環境が整っています.コロナ禍においても,それ以前と変わらずに研究を推進することが可能です.
遺伝研スーパーコンピュータシステムのアカウント発行
ネットワーク環境があれば,どこからでもログインして計算を行うことが可能
(必要に応じて)ノートPCを貸与
MacBookが基本
研究に必要となる書籍等は教員に許可を取ることなく自由に購入可能
Google Education(商用版Google Suite)アカウントの発行(hamadalab.comドメイン)
Gmail / Google Driveが容量無制限で利用可能(卒業後も利用可能)
有償版 Slack アカウントの発行
リモートでのやりとりの大部分はSlackを通して行います
教員やスタッフとのリモートでのディスカッションも随時可能です.
浜田研での研究生活
ゼミ
全体ゼミ(半期に一度)学生は原則対面
自分の研究の発表を行います(15分~20分程度の質疑・ディスカッション).学会発表に準じた発表を行うことを目標とします.
ジャーナルクラブ(各JC毎週1コマ)発表者および司会者は原則対面、その他はハイブリッド
春学期は以下の2つのJCが開催されています(学生は最低1つのJCに参加)
機械学習JC
バイオインフォマティクスJC
テーマ別ゼミ(各テーマ毎週1コマ程度)
興味のあるテーマについて学生主体で議論します
春学期は以下の6つのテーマ別ゼミが開催されています
論文輪読ゼミ
統計・機械学習JCゼミ
アルゴリズムゼミ
解析相談ゼミ
創薬進捗ゼミ
MLパイプライン開発ゼミ
個別ゼミ(半期に3回程度)原則対面
教員に研究の進捗を報告し、今後の研究方針について相談します
浜田研講演会(不定期)
最先端で活躍されている外部の研究者を招聘して講演を行ってもらいます
東京バイオインフォマティクスミーティング(TBM)(年1回)
東京近郊のバイオインフォマティクス関連研究室合同のミーティングです.学生が中心となって行います.
卒論中間発表・最終発表(村田研,井上研と合同)
情報系研究室合同の発表会となります.研究室以外の方のコメントがいただける貴重な機会となります.
浜田研学生の進路
例年大部分の学生は修士課程に進学します.また,研究関連の職に就く学生も多いと思います.
研究関連
NTT研究所(3名)
株式会社日立製作所 中央研究所
ソニー研究所
エーザイ研究所
日本学術振興会特別研究員(DC1, 2名)
東京大学大学院
製薬企業
武田薬品工業
中外製薬株式会社
塩野義製薬
エーザイ
その他
キーエンス
株式会社NTTドコモ
特許庁(国家公務員1種試験合格)
野村総合研究所(2名)
日立製作所(2名)
NEC
テルモ株式会社(開発職)
日本アイ・ビー・エム(2名)
日本マイクロソフト (2名)
SCSK
大和総研
日本総合研究所
株式会社アートテクノロジー
Indeed
金融庁(国家公務員1種)
など
浜田教授が執筆に関与した書籍
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